Προσδιορισμός γονοτύπων ατόμων σε περιοχές ‘γενετικών δεικτών’

ΓΕΝΕΤΙΚΟΙ ΧΑΡΤΕΣ

ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΩΝ

ΧΑΡΤΟΓΡΑΦΗΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΝ

ΑΣΘΕΝΕΙΩΝ

ΣΥΓΚΡΙΣΗ / ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΣΗΑΤΟΜΩΝ / ΠΛHΘYΣΜΩΝ

Xαρακτηριστικά γενετικού δείκτη

Μοναδιαία θέση

Μενδελική κληρονόμηση

Πολυμορφισμός

A1

A2

Mοναδιαία αλληλουχία

Εκκινητές PCR

Eπανάληψη 1-5bp

Μικροδορυφόροι

(GT)n(GAC)n(GATA)n……

1/ 20 Kb στο ανθρώπινο γονιδίωμα

Παράδειγμα : μικροδορυφόρος Α

……………………………………ACAACCCTAC CTGGCACTGC ATTGTGGGCC GAAACTTCGG GAGTTATGTG ACACATGAAC CCAAACACTT CATCTACTTC TACCTGGGTC GGGTGGCCAG TCTTCTGTTC AAATCTGGTT AAGAGCATGG ACTGTGCCAA ACACCCAGTG ACCCATCCAA AAACAAGGAC TGCATCCAAA

GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT

TYCCAAATAC CAGAGACTGA ATCTTCAGCC TTGCTAAGGG AACACCTCGT TTGAATCTGT TGTGTTGTGT ACAGGGCTTC ATTCTCTGTA CAAGTCTGTG GTTATAAAAT TAGTAAAACC GCTTACATTT GTATTTATTT TCTAGTCCAT ACTTCTGTAC CCTGAGCGGC CGCTGGATCC………………….

Εκκινητής 2

Εκκινητής 1

10

PCR

6% πολυακρυλαμίδη0.5x TBE,7 M Urea

Marker 1 2

100

104

108

112

116

120

(bp)

3 4

1

23

2

4 4

4

5

PCRDNAs (1, 2, 3, 4)

PCR εκκινητές (σήμανση του εκκινητή 1 με 32P)

1 2 3 4

Ηλεκτροφόρηση

Αυτοραδιογραφία

Πειραματική διαδικασία

12

34

56

1 / 6 1 / 2 2 / 3 6 / 6 3 / 4 1 / 5 2 / 2 2 / 4

ΑΝΑΛΥΣΗ ΓΟΝΟΤΥΠΩΝ

Συχνότητα αλληλομόρφου

Ποσοστό ετεροζυγωτίας γενετικού δείκτη

Αριθμός εμφανίσεωντου αλληλομόρφου

Αριθμός χρωμοσωμάτωνπου εξετάζονται

Αριθμός ετερόζυγων ατόμων

Σύνολο ατόμων Χ 100 %

12

34

56

1 / 6 1 / 2 2 / 3 6 / 6 3 / 4 1 / 5 2 / 2 2 / 4

Aλληλόμορφα Μεγέθη (bp) Συχνότητες

1 210 3 / 16

2 214 5 / 16

3 218 2 / 16

4 222 2 / 16

5 226 1 / 16

6 230 3 / 16

Ποσοστό ετεροζυγωτίας:

Ετερόζυγα άτομα / σύνολο ατόμων =6 / 8 = 75%

(άτομα μη συγγενικά !!)

Α Β Γ Δ Ε ΣΤ Ζ Η

0

0,1

0,2

0,3

0,4

0,5

0,6

0,7

0,8

0,9

1 2 3 4 5 6 7 8

0

0,05

0,1

0,15

0,2

0,25

0,3

0,35

1 2 3 4 5 6 7 8

Γενετικός δείκτης 1

Αλληλόμορφα : 8

% ετεροζυγωτίας : 20%

Γενετικός δείκτης 2

Αλληλόμορφα : 8

% ετεροζυγωτίας : 85%

Συχνότητες αλληλομόρφων

‘Αξιολόγηση’ γενετικών δεικτών

1 2

3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

13 14 15 16Οικογένεια CEPH # 104

DNA

D10S2314

2.1

2.2

37.1

37.2

17.1

17.2

21.1

21.2

23.1

23.2

28.1

28.2

35.1

35.2

1345

.113

45.2

1346

.113

46.2

1350

.113

50.2

45.1

45.2

1331

.113

31.2

1334

.113

34.2

1375

.113

75.2

1377

.113

77.2

1408

.114

08.2

1420

.114

20.2

1423

.114

23.2

1329

3.1

1329

3.2

1329

2.1

1329

2.2

Άσκηση 1η

Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA από 40 μη συγγενικά άτοματων οικογενειών CEPH, για τον μικροδορυφόρο D10S2314 (*)

(*) D10S2314: επανάληψη του τετρανουκλεοτιδίου (GATA) στο χρωμόσωμα 10

Ατομο Γονότυπος ΆτομοΓονότυπος

2.1 2 / 2 45.1 5 / 6

2.2 3 / 4 45.2 4 / 5

37.1   1331.1  

37.2   1331.2  

17.1   1334.1  

17.2 3 / 7 1334.2  

21.1   1375.1  

21.2   1375.2  

23.1   1377.1 2 / 5

23.2   1377.2  

28.1 4 / 4 1408.1 3 / 3

28.2 4 / 5 1408.2  

35.1   1420.1 2 / 2

35.2   1420.2  

1345.1 4 / 5 1423.1 3 / 4

1345.2 1 / 4 1423.2  

1346.1 2 / 3 13293.1 2 / 4

1346.2   13293.2  

1350.1   13292.1  

1350.2 4 / 7 13292.2 2 / 3

ΠΙΝΑΚΑΣ 1 : Αποτελέσματα ανάλυσης γονοτύπων για τον D10S2314

1o ZHTOYMENO

Mε βάση τον Πίνακα 1 να υπολογιστούν:

-Οι συχνότητες των αλληλομόρφων και

-το ποσοστό ετεροζυγωτίας του μικροδορυφόρου D10S2314

Άσκηση 2η

Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA 61 φοιτητών για τον

μικροδορυφόρο DXS101

DΧS101: επανάληψη του τρινουκλεοτιδίου (CΤΤ) στο χρωμόσωμα Χ

Δείγματα Τετάρτης Τ

2

3

45

67

8

9

10

1112

13

m m m mm

1 2 3* 4 5 6 7 8 9 10 11 121415 16 1718192021222324 252627282930 31

Δείγματα Πέμπτης Π

1 2 3 4* 5 6 7 8 9 10 11 1213141516 17181920 21 22 2324 25 26 27282930 32

m m m m m

1

2

3

45

67

89

1011

12

13

Δείγμα Γονότυπος

Τ1

Τ2

Τ3

Τ4

Τ5

Τ6

Τ7

Τ8

Τ9

Τ10

Τ11

Τ12

Τ14

Τ15

Τ16

Τ17

Τ18

Τ19

Τ20

Τ21

Τ22

Δείγμα Γονότυπος

T23

T24

T25

T26

T27

T28

T29

T30

T31

Π1

Π2

Π3

Π4

Π5

Π6

Π7

Π8

Π9

Π10

Π11

Π12

Δείγμα Γονότυπος

Π13

Π14

Π15

Π16

Π17

Π18

Π19

Π20

Π21

Π22

Π23

Π24

Π25

Π26

Π27

Π28

Π29

Π30

Π32

ΠΙΝΑΚΑΣ 2 : Αποτελέσματα ανάλυσης γονοτύπων για τον μικροδορυφόρο DXS101

2o ZHTOYMENO

Mε βάση τον Πίνακα 2 να υπολογιστούν:

-Οι συχνότητες των αλληλομόρφων και

-το ποσοστό ετεροζυγωτίας του μικροδορυφόρου DXS101

Άσκηση 3η

Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA 55 φοιτητών για τον

μικροδορυφόρο DXS101

DΧS101: επανάληψη του τρινουκλεοτιδίου (CΤΤ) στο χρωμόσωμα Χ

Δείγματα Τετάρτης 2012

m m m m m

10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

1

23

4

78

910

11

121314

Δείγματα Πέμπτης 2012

m m m m m

10 8* 9 11 12 13 1415 16 17 19 20 21 222324 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

1

23

4

6

78

910 11

12

Δείγμα Γονότυπος

Τ10

Τ11

Τ12

Τ13

Τ14

Τ15

Τ16

Τ17

Τ18

Τ19

Τ20

Τ21

Τ22

Τ23

Τ24

Τ25

Τ26 -

Τ27

Τ28

Τ29

Τ30

Δείγμα Γονότυπος

T31

Τ32

T33

T34

T35

T36

Π8

Π9

Π10

Π11

Π12

Π13

Π14

Π15 -

Π16

Π17

Π19

Π20

Π21

Π22

Π23

Δείγμα Γονότυπος

Π24

Π25

Π26

Π27

Π28

Π29

Π30

Π31

Π32

Π33

Π34 -

Π35

Π36

ΠΙΝΑΚΑΣ 3 : Αποτελέσματα ανάλυσης των γονοτύπων σας για τον μικροδορυφόρο DXS101

3o ZHTOYMENO

Mε βάση τις εικόνες των πηκτωμάτων των δειγμάτων σας,

να καταγράψετε τους γονότυπους στον Πίνακα 3