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Journée inter‐hospitalière de formation des  correspondants paramédicaux22 novembre 2012

LES BACTERIES

Définition

• Bactérie= cellule

• Cellule: la plus petite unité de matière vivante qui mène une existence indépendante et qui peut se reproduire.

Structure d’une bactérie

Taille De 0,3 à 200 μm , en moyenne 2 μm

Structures constantes• Chromosome : ADN circulaire• Cytoplasme contenant les ribosomes, vacuoles...• Membrane cytoplasmique• Paroi externe rigide qui confère la forme

Structures facultatives• Flagelles• Pili• Plasmides• Capsule• Spores

Structure d’une bactérie

Pili autour d ’une entérobactérie

Pneumocoque (diplocoque) capsulé

flagelle

Deux formes de bactéries

cocci bacille

Identification par la coloration de Gram (forme et couleur) et la mise en culture (besoins en nutriments, en oxygène…) 

Coloration simple (ex bleu de méthylène)

Coloration différentielle: coloration de Grambactéries Gram + colorées en violetbactéries Gram - en rose

Gonocoques dans un pus uréthral

Différents aspects de cocci à la coloration de Gram

Cocci à Gram +en amas

(staphylocoques)

Cocci à Gram -en diplocoques, en grains de café

(Neisseria spp.)

Cocci à Gram +en chainette

(streptocoques)

Cocci à Gram +en diplocoques

(pneumocoque= streptocoque)

Représentation schématique de la paroi des bactéries à Gram positif, négatif et des mycobactéries

Porine

Porine Autres lipides

Acides mycoliques

Peptidoglycane

Périplasme

Membrane cytoplasmique (bicouche de

phospholipides)

Cytoplasme

Lipopolysaccharides

Phospholipides

Gram positif (ex S. aureus)

Gram négatif (ex E. coli)

Mycobactérie (ex M. tuberculosis)

Au total

• Cocci Gram +– Ex : staphylocoque, streptocoque, pneumocoque, etc…

• Cocci Gram –– Ex : méningocoque, gonocoque

• Bacille Gram +– Ex : corynebacterie, clostridium, bacillus, listeria, etc…

• Bacille Gram –– Ex : entérobactéries, pseudomonas, 

Bactéries et corps humain

• Peau: Staph coag ‐, Corynebactérium,Propionibacterium acnes

• Tube digestif:Entérobactéries, Entérocoques ,Anaérobies (ex: clostridium)

• Gorge: Strepto A, Haemophilus, méningocoque

• Nez:Staph aureus

Mise en culture(besoins en nutriments, en oxygène…) 

Différentes techniques diagnostiques• Cultures

– Technique classique– Clinique oriente la recherche : on trouve plus facilement quand on sait ce que l’on cherche (ex : coqueluche)

– Savoir ce que l’on peut attendre de la bactériologie (ex : prescription d’une coproculture et C.difficile)

• Antigène– Recherche de partie de la bactérie

• Anticorps– Recherche d’Ac dirigés contre la bactérie

• Mise en évidence du génome– PCR 

EX : légionellose• Culture :

– Milieu spécifique BCYE => permet de comparer la souche clinique à une souche environnementale

• Antigènémie urinaire– Spécifique de L.pneumophila de type1

• Sérologie– Recherche d’Ac dirigés contre la bactérie, permet de diagnostiquer les autres L.pneumophila (ex : type6) 

– mais diagnostique  rétrospectif• PCR

– Mise en évidence du génome de la bactérie sur des prélèvements cliniques et environnementaux 

LES ANTIBIOTIQUES

Antibiotique :substance d’origine naturelle, hémi‐synthétique ou synthétique, ayant la capacité d’arrêter la multiplication ou de détruire des bactéries

Définitions

….

Familles d’antibiotiques• Beta lactamines

– Penicillines => PeniG, Peni M, Peni A…– Cephalosporines => C1G, C2G, C3G– Penèmes => Imipénème, ertapénème, doripénème

• Aminosides (gentamicine, amikacine, etc…)• Macrolides et apparentés

– Macrolides – Lincosamides– streptogramines

• Glycopeptides• Quinolones• Autres

– Rifampicine– Fosfomycine– cyclines

Mode d’action des Antibiotiques 

• Paroi– B lactamine, Glycopeptide, fosfomycine

• Ribosome– Macrolides, Aminosides, cyclines

• ADN– Quinolones (réplication), rifampicine (transcription), sulfamides (synthèse)

Inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne : B-lactamines, glycopeptides, fosfomycine

Inhibition de la synthèse protéique : tétracyclines, aminosides, chloramphénicol, macrolides, acide fucidique, linézolide

Action sur la membrane plasmique : polymyxines

Inhibition de la synthèse ou du fonctionnement des acides nucléiques : quinolones, sulfamides, rifampicine, 5-nitroimidazolés, nitrofuranes

Mode d’action des Antibiotiques

Résistance aux antibiotiques• Résistance naturelle ou constitutionnelleIl s'agit d'une résistance qui touche toutes les bactéries d'une même espèce. Ces résistances définissent les spectres d'activité des antibiotiques.

ex : bactéries anaérobies et aminosides.

• Résistance acquiseC'est la survenue dans une espèce naturellement sensible aux antibiotiques d'une souche résistante.

ex : E. coli normalement sensible à l'Amoxicilline, mais 20‐25% sont résistants.

Mécanismes de résistance aux antibiotiques

• Enzymatique (penicillinase, BLSE, carbapenemase)

• Modification de cible (PLP2a)• Efflux actif• Imperméabilité

– Porines (porine D2)– Épaississement de paroi

Porine

ATBImperméabilité de la membrane

Topoisomérase

ADN gyrase

Modification de la cible

ATB

ATB

Pompes d ’efflux actifs

Sécrétion d ’enzyme qui va détruire l ’antibiotique

Mécanismes de résistance

1. Résistance chromosomique : ‐ elle se fait par mutation au niveau du 

chromosome ‐ phénomène rare 

2.  Résistance plasmidique : ‐ en pratique : la plus fréquente ‐ d'autant plus dangereuse qu'elle est épidémique, 

transférable de bactéries en bactéries.

Origine des mécanismes de résistance acquise

L’Antibiogramme

Antibiogramme par diffusion en gélose

Antibiogramme automatisé

La Pression de sélection

• Ensemble des conditions de l'environnement qui favorisent l'émergence des bactéries possédant des gènes de résistance.– en pratique liée directement à l'utilisation des antibiotiques.

• Sélection des mutants spontanés• Sélection des bactéries qui ont reçu un gène de résistance par transfert

Effet de la pression de sélection sur l’émergence de 

mutants

Antibiotique 2h

Antibiotique 4j

Paradoxe des antibiotiques

• Plus on utilise les ATB moins ils sont efficaces.

• Les antibiotiques sélectionnent les souches qui leurs résistent dans une population de bactéries

• Avoir une utilisation raisonnée des ATB 

Les bactéries multi résistantes  Les « BMR »

• SARM : Cf. USA augmentation +++ – apparition de souches de sensibilité diminuée aux glycopeptides : GISA et de souches totalement résistantes à la vancomycine = VRSA (2002)

– Apparition de souches plus virulentes (SASM et SARM): leucocidine de Panton‐Valentine Vandenesch Emerging infect 

2003

• Entérocoques résistants à la vancomycine (ERV)• Augmentation des entérobactéries résistantes aux ATB : résistances aux carbapénèmes , ex : imipénème TIENAM®

Augmentation de la résistance aux antibiotiques

Ex : Entérobactéries productrices de NDM1Kumarasamy Lancet Infect Dis 2010 Grundmann

Lancet 2006

LES VIRUS

QU'EST‐CE QU'UN VIRUS ?• virus non vivants, à la différence des bactéries et des 

parasites• 1 virus = 1 génome avec une protection, dans le milieu 

extérieur

• contient un seul type d’acide nucléique : ADN ou ARN 

• reproduction par réplication à partir de son seul matériel génétique 

• le virus nécessite pour son développement un parasitisme intracellulaire absolu 

• Absence de croissance, structure définitivement organisée• Ne sont pas sensibles aux antibiotiques

Structure générale

A. Génome ‐Acide nucléique des virus : ARN ou ADN

B. Capside protéique 2 types de nucléocapsides (= capsides) :

C. Enveloppe Certains virus sont enveloppés, d’autres non. L’enveloppe s’acquiert au détriment de la membrane plasmique.

CLASSIFICATION

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Principaux virus rencontrés

A‐ Virus respiratoireGrippe, VRS (virus respiratoire syncytial), Varicelle, Oreillons, Rubéole, Rougeole... B‐ Virus entériques Rotavirus, Adenovirus, Entérovirus, Hépatite A… C‐ virus cutanés Herpes, Varicelle …D‐ Virus du sang et des tissus Hépatite B, Hépatite C, HIV…

Ex: Virus de la Grippe

• Virus H1N1• H = Hémagglutinine

– Permet au virus de la grippe de se fixer aux cellules respiratoires et de penétrer à cellules

• N = Neuraminidase– Permet aux nouveaux virions de sortir des cellules infectées

– Cible des nouveaux traitements => anti‐neuraminidase (tamiflu, relenza) 

LES CHAMPIGNONS

Les champignons

• Infections dues à des champignons microscopiques : mycoses bénignes le plus souvent et graves chez les immunodéprimés

• Principales mycoses rencontrées : ‐ Candidoses : C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis ... ‐ Cryptococcoses‐ Aspergilloses• Mycoses superficielles : cutanées ou muqueuses• Mycoses profondes : un organe touché ou disséminées.

Les champignons

• Champignons filamenteux : structure filamenteuse : ex : Aspergillus fumigatus 

• Levures : unicellulaire : ex: Candida albicans

Saccharomycescerevisiaeboulardii

Geotrichumcandidumcapitatum

Trichosporoncutaneum

beigelii

Cryptococcusneoformans

Candidaalbicanstropicalis

LEVURESUnicellulaires

Bourgeonnantes

Histoplasmecapsulatum

duboisii

DIMORPHIQUESLevures à 37°C

Filaments à 25°C

Epidermophytonfloccosum

Trichophytonrubrum

soudanense

Microsporumcanis

audouini

DermatophytesPathogènesSuperficiels

Mucor sp. Rhizopus sp. Absidia sp.

Mucorales

Scedosporiumapiospermum

Fusarium sp

Aspergillusfumigatus

niger

MoisissuresOpportunistes

Profonds

FILAMENTEUX

CHAMPIGNONS

Facteurs favorisant les infections à levures

Chirurgie digestiveou chimiothérapie

ABT large spectre

Cathéter et sondes

Autres patients porteurs ouinfectés, personnel soignant

Surfaces, matériel, solutés..

Traitement antifongiqueinadaptéRisque lié à l’alitement

(chaleur et humidité)

Traitementsimmunosuppresseurs

Pathologiesimmunosuppressives

Différences entre Infections Nosocomiales (IN) virales et IN bactériennes et fongiques

IN bactériennes et fongiques

IN virales

Incubation

habituellement < 48-72H

très variable selon les agents (quelques heures à quelques

mois)

Principales manifestations cliniques (en termes de fréquence)

infections urinaires infections du site opératoire

infections sur cathéters bactériémies pneumonies

infections gastro-intestinales infections du tractus respiratoire

hépatites infections cutanéo-muqueuses

Populations à risque patients soumis à des traitements invasifs

(intubation-ventilation, sondages, explorations

endoscopiques, implantation de matériel étranger...)

opérés immunodéprimés

sujets âgés

nouveau-nés et jeunes enfants sujets hospitalisés en service de

long séjour immunodéprimés

transplantés hémodialysés hémophiles

hémodialysés personnel soignant

Prise en compte dans les enquêtes de surveillance

très correcte fortement sous-estimée

Principaux éléments de prévention et de

traitement spécifiques

antibioprophylaxie antibiothérapie curative

traitements antifongiques

vaccination traitements antiviraux