structurale mecaniceDrojdii Fungi muscată ... Purificarea proteinei 1.1. Prepararea extractului...
Transcript of structurale mecaniceDrojdii Fungi muscată ... Purificarea proteinei 1.1. Prepararea extractului...
Functiile
proteinelor
structurale
mecanice
Control
pH
canale
pompe
transport
3/4 din capacitatea
totala de
tamponare a
organismului
http://static.fastbleep.com/
http://static.memrise.com/
TipuriStructura cuaternara – 4 subunități
Hemoglobina
Deoxihemoglobina A
PDB 1HBB
HbA 2β2
96% Hb adult
25 % nou-născut
HbA1c 2β2 glicozilată
(subunitatea β NH2-Val)
5% Hb adult sănătos
↑ 5% Hb diabetici
HbA2 2δ2
2-3% Hb adult sănătos
↑ 3% β-talasemia
HbF 22
1% Hb adult
75 % nou-născut
HbF~O2 > HbA~O2
Anemia falciformă (siclemia)
Hemoglobina
http://www.medicalstudent.ro/contravizita/
anemia-falciforma.html
www.chem.wisc.edu
HbS 2β2
β GLU6VAL
acces restrâns al O2 la HbS
Oboseala
https://www.intechopen.com/
Proteine – masa moleculară
https://www.researchgate.net/
http://onlinembr.info
Tehnici de separare si caracterizare
a proteinelor
Studiul proteinelor -obiective
1. Purificarea proteinei
prepararea extractului
precipitarea
centrifugarea
separarea cromatografica
verificarea puritatii
dializa
ultrafiltrarea
1. Purificarea proteinei
1.1. Prepararea
extractuluimicroorganisme
plante
Alegerea sursei
Procariote
(archea, eubacterii)
Eucariote
Drojdii
Fungi
muscată
tutun
Spanac
Arabidopsis thalianaorigine
animală
Ficat, pancreas, creier
http://anatomyofthefoot.com/
1. Purificarea
proteinei
1.1. Prepararea
extractului ultrasonicare
utilizarea presei franceze
cicli inghetare-dezghetare
Ruperea
membranelor
celulare
enzimatic
folosirea detergenților
http://www.mdpi.com/
1.1. Prepararea extractului
ultrasonicare presa franceza
1. Purificarea proteinei
celulele bacteriene P = 20.000 psi (1360 atm)
Vmin= 40mL samples• scumpă
• zgomotoasă
• timp îndelungat funcționare/curățire
celulele procariote
eucariote
țesuturi animale• zgomotoasă
• reproductibilitatea (denaturare)
cicli inghetare-dezghetare distrugerea membranei celulare
1.1. Prepararea extractului
joy-of-bioprocess.blogspot.com
- Utilizarea lizozimului
- Utilizarea detergentilor
www.plospathogens.org
1. Purificarea proteinei
celulele bacteriene
animale
+ ieftină•reproductibilitatea (denaturare)
1.2. Precipitarea proteinelor
A. Precipitarea la pH = pI
Papaina (papaia) pI = 8,85
Ureaza (fasole) pI = 5 - 5,1
B. Precipitarea cu (NH4)2SO4
precipitat
Precipitarea fractiunilor care contin HSA
a) Inainte de adaugarea sarii;
b) Suspensie de precipitat proteic in solutie 85% de sulfat de amoniu;
c) Precipitat proteic rezultat in urma centrifugarii (60 min la 5000 rpm).
1. Purificarea proteinei
1.2. Precipitarea proteinelor
C. Precipitarea cu PEG
D. Precipitarea cu solventi organici
Acetona EtOH
1.3. Dializa
Amestec
supus
dializei
Sac de
dializa
A B
Solutie
tampon
Proteina
Molecule mici
difuzie
1. Purificarea proteinei
1.3. Dializa – îndepărtarea sărurilor/solvenților organici
1. Purificarea proteinei
http://www.spectrumlabs.com/
https://www.thermofisher.com/
Saci de dializa
(esteri celuloza)
http://static.coleparmer.com/
https://www.thermofisher.com/
1.4. Ultrafiltrarea (concentrarea probei)
1. Purificarea proteinei
N2 (presiune)
Sticla
sinterizata
Ultrafiltrat
Membrana
Magnet pentru
agitareSolutia de proteina
supusa concentrarii
Agitator magnetic
Membrane semipermeabile
- Acetat de celuloza
- Nylon
- polivinilidena
Mai rapida decat dializa
Concentrarea probei
http://www.sigmaaldrich.com/
1.4. Ultrafiltrarea (concentrarea probei)
Membrane semipermeabile
-presiune-
www.ebay.tv
http://www.emdmillipore.com/
Membrane
semipermeabile/centrifugare
www.fishersci.com
1. Purificarea proteinei
1.5. Centrifugarea
1. Purificarea proteinei
rPrecede alte operatii
sonicare
precipitare
Separarea
M
forma
densitate
natura
solventului
Viteze mici < 6000 rpm
Particule mai mari
nucleu celule
rosii
1.5. Ultracentrifugarea
1. Purificarea proteinei
Viteze mari > 20000 rpm
Organite celulare
mitocondrii reticulul
endoplasmatic
1 Svedberg = 1S = 1 x 10-13 s
Hemoglobina 4,5 S
Mioglobina 1,8 SProcariote Eucariote
http://1.bp.blogspot.com
1.5. Centrifugare vs ultracentrifugarea
1. Purificarea proteinei
http://namrataheda.blogspot.ro
1.5. Ultracentrifugarea
1. Purificarea proteinei
http://image.slidesharecdn.com/
http://www.visionlearning.com/
http://www.biologydiscussion.com/
1.6. Separarea cromatografica
1. Purificarea proteinei
1.6.1. Cromatografie de excludere
Coloana
cromatografica
Amestec
supus
separarii
GelA B
http://www.waters.com/
1.6. Separarea cromatografica
1.6.1. Cromatografie de permeabilitate in geluri
Tipul gelulului Intervalul de
separare
(M, KDa)
Sephadex G-10 < 0.7
Sephadex G-25 1-5
Bio-Gel P-60 3-60
Sephadex G-75 3-70
Sephadex G-100 4-100
Bio-Gel P-100 5-100
Sephadex G-200 30-200
Sephacryl S-300 10-1.500
Sepharose 2B 70-40.000
10
100
1000
0 20 40 60 80 100 120
Volume/ml
MW
/kD
a
Estimarea masei
moleculare relative Mr
1.6. Separarea cromatografica
1.6.1. Cromatografie de permeabilitate in geluri
http://www.ap-lab.com/images/LS_setup.gif
Sistem de purificare cromatografică
http://wolfson.huji.ac.il/purification/
Superdex 200 Increase 10/300 GL
http://www.gelifesciences.com/
1.6. Separarea cromatografica
1.6.1. Cromatografie de permeabilitate
in geluri
Avantaje
Timp scurt de analiză;
Separare bine-definită;
Benzi înguste și sensibilitate bună;
Nu există pierderi ale compusilor separați;
Volum mic de fază mobilă ;
Rată de eluție controlabilă.
Separare cromatografica
HiLoad™ 16/60 Superdex™ 200HEPES 50 mM pH 7.4 +50 mM NaCl)
Zaharia, M. & Gradinaru, R.,
J. Appl. Spectrosc.,
82 (2), 285-292 (2015)
Etapă finală la purificarea proteinelor
1.6. Separarea cromatografica
1. Purificarea enzimei
1.6.3. Cromatografie prin interactii hidrofobe
www.pall.com
http://www.jncamericany.com/
Cromatografie mixtă – hidrofobă + ionică
http://www.genengnews.com/
1.6. Separarea cromatografica
1. Purificarea proteinei
1.6.2. Cromatografie de schimb ionic
– –– –––
–Proteina
Schimbator
anionicIoni din
tampon
–
–––
––
–
A B
1.6. Separarea cromatografica
1. Purificarea proteinei
1.6.2. Cromatografie de schimb ionic
https://www.chromacademy.com/
ww.bio-rad.com/webroot
Schimbatori anionici Gruparea functionala Taria
schimbatorului
Dietil-amino-etil (DEAE) -O-CH2-CH2-N+( CH2CH3)2 slaba
Cuaternara aminoetil
(QAE)
-O-CH2-CH2-N+( C2H5)2- CH2-CH2OH-CH3 puternica
Cuaternara amoniu (Q) -O-CH2-CHOH-CH2-O-CH2-CHOH-CH2-N+(CH3)3 puternica
Schimbatori cationici Gruparea functionala Taria
schimbatorului
Carboximetil (CM) -O-CH2-COO- slaba
Sulfopropil (SP) -O-CH2-CHOH-CH2-O-CH2- CH2- CH2-SO3- puternica
Sulfonat de metil -O-CH2-CHOH-CH2-O-CH2- CHOH- CH2-SO3- puternica
Grupări functionale ale schimbatorilor de ioni
1.6. Separarea cromatografica
1. Purificarea proteinei
1.6.2. Cromatografie de schimb ionic
1.6. Separarea cromatografica
1. Purificarea proteinei
1.6.4. Cromatografie de afinitate
https://www.creative-biostructure.com/
1.6. Separarea cromatografica
1. Purificarea proteinei
1.6.4. Cromatografie de afinitate
ADN cu secventa suplimentara
Insertie in
bacterii (E coli)
Distrugerea
membranelor
proteina cu
secventa
adiacenta
alte
proteine
legare
Ma
trice d
e a
finita
te
Spalare
Elutie
Indepatare
secventa
suplimentara
= ligand
1.6. Separarea cromatografica
1. Purificarea proteinei
1.6.4. Cromatografie de afinitate –aplicații
Purificarea acizilor nucleici
Purificarea proteinelor membranare
Purificarea enzimelor
Purificarea anticorpilor
Purificarea receptorilor (pentru hormoni)
Purificarea proteine neurotransmiţătoare
10
100
1000
0 10 20 30
distance/mm
MW
/kD
a
97 kDa
45 kDa
30 kDa
20 kDa
66 kDa
14 kDa
1.6. Verificarea puritatii - electroforeza
1. Purificarea proteinei
1.6. Verificarea puritatii – SDS electroforeza
1. Purificarea proteinelor
Avantajele SDS electroforezei
SDS (detergent) solubilizeaza aproape
toate proteinele;
Izoproteinele nu apar sub forma unor benzi
diferite;
Micelele de SDS-proteina, fiind puternic incarcate
negativ, poseda o mobilitate electroforetica;
Lanturile polipeptidice sunt despachetate
separarea = f(dimensiune a porilor, M);
www.pnas.org
Dezavantaje
Proteinele separate prin SDS-electroforeza -
leaga bine colorantul.
Tris-Tricine SDS PAGE (Schaegger)
• 16.5% 2-25 kDa
Sisteme de electroforeza folosite (cu detergent)
1.6. Verificarea puritatii - electroforeza
1. Purificarea proteinei
Tris-glycine SDS PAGE (Laemmli)
• 7.5% 40-400 kDa
• 12.5% 20-100 kDa
• 20% 3-25 kDa
Sisteme de electroforeza nativa
- fara SDS
- agenti reducatori (DTT)
Sisteme de electroforeza folosite
1.6. Verificarea puritatii - electroforeza
1. Purificarea proteinei
Mecanism de polimerizare
1.6. Verificarea puritatii – SDS - electroforeza
1. Purificarea proteinei
Acril-
amida
(%)
Intervalul
de separare
(KDa)
15 15-45
12,5 15-60
10 18-75
7,5 30-120
5 60-210
1.6. Verificarea puritatii – SDS - electroforeza
1. Purificarea proteinei
Mecanism de polimerizare
http://www.gelifesciences.com/
Reducerea puntilor disulfidice
1.6. Verificarea puritatii – SDS - electroforeza
1. Purificarea proteinei
http://www.crc.dk/yeast/
Reducerea puntilor disulfidice
1.6. Diagnoză - electroforeza
1. Purificarea proteinei
https://www.researchgate.net/topic/Sickle-Cell-Disease
1.6. Verificarea puritatii – electroforeza bidimensională
1. Purificarea proteinei
http://www.bio-rad.com
1.6. Separarea proteinei - HPLC verificarea puritatii
1. Purificarea proteinei
elte.prompt.hu
dionex.com
1.6. Spectrometria de masa – determinarea masei moleuclare
1. Puritatea proteinei / complecsi
1.6. Verificarea puritatii – spectrometria de masa (MALDI-TOF)
1. Puritatea proteinei / complecsi
www.atdbio.com
http://www.kcl.ac.uk/
1.6. Verificarea puritatii – spectrometria de masa (ESI-MS)
1. Puritatea proteinei
1.6. Verificarea puritatii – spectrometria de masa (ESI-MS)
1. Purificarea peptidelor/proteinelor
Proba
Sursă de
ionizareMS1 Fragmentare
(cameră de
coliziune)
MS2
Spectru
de masă 1
Spectru
de masă 2
EI, ESI
MALDI
Detector
1.6. Verificarea puritatii – spectrometria de masa in tandem
1. Analiza proteinei
1.6. Verificarea puritatii – spectrometria de masa in tandem
1. Purificarea proteinei
AA M (Da) AA M (Da) AA M (Da) AA M (Da)
Ala, A 71.0 Gln, Q 128.1 Leu, L 113.1 Ser, S 87.0
Arg, R 156.1 Glu, E 129.0 Lys, K 128.1 Thr, T 101.0
Asn, N 114.0 Gly, G 57.0 Met, M 131.0 Trp, W 186.1
Asp, D 115.0 His, H 137.1 Phe, F 147.1 Tyr, Y 163.1
Cys, C 103.0 Ile, I 113.1 Pro, P 97.1 Val, V 99.1
Aplicatiile MS
Identificarea proteinelor
(2D gel)
Caracterizarea proteinelor
recombinate
Modificarile postranslationale
ale proteinelor
1.6. Verificarea puritatii – spectrometria de masa (ESI-MS)
1. Purificarea proteinei
Expert Protein Analysis
System ExPASy
1- si -globine ( 12 KDa); 2- -actine ( 12 KDa)
3- acetil colin esteraza; 4- spectrine cu lant -actine
Proba din ficatul uman
Determinarea masei moleculare