“ISOLASI DNA”

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI

 

 

Oleh :

1.        Afiifa Istamarra

2.       Aulia Rahman F

3.       Nur Laila F

4.        Siti Muawanah

 

SMAN 1 JEMBER

2010/2011

ISOLASI DNA(Ekstraksi DNA)

Dasar Teori

Genetika  adalah ilmu yang mempelajari sifat-sifat keturunan (hereditas) serta

segala seluk beluknya secara ilmiah.senyawa kimia di dalam inti sel (uanine) yang

disebut asam nukleat. Asam nukleat berfungsi sebagai informasi uanine yang mengatur

pemunculan sifat suatu makhluk hidup. Suatu sifat akan dimunculkan melalui

pengendalian enzim-enzim atau senyawa protein lain yang disintesis oleh asam nukleat.

Selain itu dengan adanya asam nukleat segala aktivitas hidup dikendalikan (proses-proses

uanineal dalam tubuh makhluk hidup yang terjadi di dalam setiap sel) melalui

pengendalian enzim-enzim yang disintesis oleh asam nukleat. Fungsi pengendalian dan

pengaturan sintesis protein inilah yang dijadikan dasar untuk menyebut asam nukleat

sebagai substansi genetika (pembawa informasi uanine).

Asam nukleat dibedakan atas DNA (Deoxyribonucleic acid) dan RNA

(Ribonucleic acid). Kedua macam asam nukleat tersebut disusun oleh unit-unit uanineal

yang disebut nukleutida, sehingga asam nukleat dapat dinamakan juga polinukleutida

(polimer nukleutida). Setiap nukleutida terdiri dari gula uanine (gula 5 atom karbon),

gugus fosfat dan basa nitrogen. Basa nitrogen dikelompokkan menjadi dua, yaitu basa

purin (basa nitrogen yang memiliki dua struktur cincin, meliputi basa adenine (A) dan

guanine (G)) dan basa pirimidin (basa nitrogen yang memiliki satu struktur cincin,

meliputi basa timin (T), sitosin (C) dan urasil (U).

Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan dinding sel, yang

dapat dilakukan baik dengan cara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh

maupun dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim. Langkah berikutnya adalah

lisis sel. Bahan-bahan sel yang relatif lunak dapat dengan mudah diresuspensi di dalam

medium bufer nonosmotik, sedangkan bahan-bahan yang lebih kasar perlu diperlakukan

dengan deterjen yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS).

Pada eukariot langkah ini harus disertai dengan perusakan membran nukleus.

Setelah sel mengalami lisis, remukan-remukan sel harus dibuang. Biasanya pembuangan

remukan sel dilakukan dengan sentrifugasi. Protein yang tersisa dipresipitasi

menggunakan fenol atau pelarut organik seperti kloroform untuk kemudian disentrifugasi

dan dihancurkan secara enzimatis dengan proteinase. DNA yang telah dibersihkan dari

protein dan remukan sel masih tercampur dengan RNA sehingga perlu ditambahkan

RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA. Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut

kemudian dimurnikan dengan penambahan amonium asetat dan alkohol atau dengan

sentrifugasi kerapatan menggunakan CsCl .

Teknik isolasi DNA tersebut dapat diaplikasikan, baik untuk DNA genomik

maupun DNA vektor, khususnya plasmid. Untuk memilih di antara kedua macam

molekul DNA ini yang akan diisolasi dapat digunakan dua pendekatan. Pertama, plasmid

pada umumnya berada dalam struktur tersier yang sangat kuat atau dikatakan mempunyai

bentuk covalently closed circular (CCC), sedangkan DNA kromosom jauh lebih longgar

ikatan kedua untainya dan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi. Perbedaan

tersebut menyebabkan DNA plasmid jauh lebih tahan terhadap denaturasi apabila

dibandingkan dengan DNA kromosom. Oleh karena itu, aplikasi kondisi denaturasi akan

dapat memisahkan DNA plasmid dengan DNA kromosom.

 

 

 

 

 

 

 

 

II. Teknik Isoalsi DNA

Pendekatan kedua didasarkan atas perbedaan daya serap etidium bromid, zat

pewarna DNA yang menyisip atau melakukan interkalasi di sela-sela basa molekul DNA.

DNA plasmid akan menyerap etidium bromid jauh lebih sedikit daripada jumlah yang

diserap oleh DNA kromosom per satuan panjangnya. Dengan demikian, perlakuan

menggunakan etidium bromid akan menjadikan kerapatan DNA kromosom lebih tinggi

daripada kerapatan DNA plasmid sehingga keduanya dapat dipisahkan melalui

sentrifugasi kerapatan.

 

Tujuan  : 

Mengekstraksi  DNA dari hati ayam

Megetahui bentuk dari DNA itu sendiri

 

Alat dan Bahan  : 

- Hati ayam

- Garam dapur 1/8 sdt

- 1 cup (200 ml) air dingin/ cool water

- 1 sdm sunlight

- Daun papaya yang sudah diuleg/dijus (+ air secukupnya)

Prosedur Kerja  :

1.    Hati ayam + garam (sebagai buffer memberikan suasana ionic) ditambah air

dingin (untuk melarutkan enzim lisosim menjadi tidak aktif)

2.    Lalu diuleg (sehalus muungkin)

3.    Ditambah 1-2 sdm sunlight (untuk memecah sel)

4.    Dimix, tunggu selama 10 menit

5.    Isikan ke mikrotub 1/3 bagian saja

6.    Tambah perasan/jus daun papaya (sekitar 1 ml)

7.    Kocok secara lembut (stir gently)

8.    Tambahkan 70-95 % etanol/isopropanol/alcohol 70-95%A

Analisa Hasil Kerja

Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan dinding sel, yang

dapat dilakukan baik dengan cara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh

maupun dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim. Langkah berikutnya adalah

lisis sel. Bahan-bahan sel yang relatif lunak dapat dengan mudah diresuspensi di dalam

medium bufer nonosmotik, sedangkan bahan-bahan yang lebih kasar perlu diperlakukan

dengan deterjen yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS).

Pada eukariot langkah ini harus disertai dengan perusakan membran nukleus.

Setelah sel mengalami lisis, remukan-remukan sel harus dibuang. Biasanya pembuangan

remukan sel dilakukan dengan sentrifugasi. Protein yang tersisa dipresipitasi

menggunakan fenol atau pelarut organik seperti kloroform untuk kemudian disentrifugasi

dan dihancurkan secara enzimatis dengan proteinase. DNA yang telah dibersihkan dari

protein dan remukan sel masih tercampur dengan RNA sehingga perlu ditambahkan

RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA. Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut

kemudian dimurnikan dengan penambahan amonium asetat dan alkohol atau dengan

sentrifugasi kerapatan menggunakan CsCl .

Pada analisa ini, kami melihat adanya suatu pergerakan molekul larutan yaitu

berupa menyerupai serabut-serabut benang pada saat di bawa ke daerah yang lebih

terang. Setelah kami menanyakan kepada guru pembimbing ternyata itu adalah DNA hati

ayam yang terisolasi.

 

Gambar Hasil Kerja