PROTEÏNES - WordPress.com · 2017-10-22 · Plegament determinat per les interaccions fq entre...

50
PROTEÏNES

Transcript of PROTEÏNES - WordPress.com · 2017-10-22 · Plegament determinat per les interaccions fq entre...

PROTEÏNES

Aminoàcids (aa)• Les proteïnes estan formades per subunitats

anomenades aminoàcids hi ha + de 200 aa, però solament 20 formen les proteïnes = aa protèics o α-aa

Grup amino Grup àcid

Cadena lateral depenent de quina sigatindrem cadascun dels 20 aa determ les propietats químiques i biològiques de l’aa

Cα C més proper al grup àcid

• 3 són apolares aromátics

R: de natura aromàtica (hi ha un cicle). Són capaços de’absorbir la

llum

Phe, Tyr, Trp

• Els org heteròtrofs NO poden sintetitzar tots els aaproteics:

– aa no essencials aquells que podem sintetitzar

– aa essencials no els podem sintetitzar i per tant els hem d’ingerir en la dieta

Als humans hi ha 9 aa essencials

• Els org autòtrofs poden sintetitzar-los tots

1. Propietats

1. Caràcter amfòter en dissolució aquosa es pot comportar com a àcid o base segons el pH de la dissolució, gràcies al grup –COOH i el –NH2:

- Si pH àcid el grup amino –NH2 guanya un H+ (es comporta com una base) quedant -NH3

+

- Si pH bàsic el grup carboxil -COOH cedeix un H+ (es comporta com un àcid) quedant -COO-

- Si pH neutre s’ionitzen ambdós

zwitter

Així tenim un

compost doblement

ionitzat. Es diu que

l’aa està en forma

zwitteriònica.

Així si a un pH un aa té càrrega=0,6

• El pH al que un aa té càrrega = 0 és el punt isoelèctric

(pI) dependrà:

• del grup amino i carboxil

• de les R (poden tindre grups NH2 o COOH o encara que no en

tinguen poden influir en la facilitat per a ionitzar-se)

zwitter

60% amb càrrega +40% amb càrrega 0

Estes 3 formes es

troben en equilibri

desplaçant-se cap a un

costat o altre depenent

del pH

Electroforesi per isoelectroenfoc

pI >pH en el que está → càrrega +

pI < pH en el que está → càrrega -

Un aa tiene un pI de 6’5, si está en un

medio con pH 8, ¿hacia que electrodo

se desplazará?

pI = 6,5 a pH = 6,5càrrega= 0 = iónzwitterion con grupo NH3

+ y COO-

A pH= 8, quedará carregatnegativament es desplaçará cap a lapart + (anode)

• Qqc

2. Estereoisomeria

Com que el Cα és asimètric (excepte en la glicina) apareixen 2 configuracions L i D depenent del lloc que ocupa el NH2

Tots els aa protèics són L

Existeixen D-aa :

- PC bact

- alguns Ab

• Racemización rotació de forma que es canvia la forma L per la D i a l’inversa

• També tenen activitat òptica:– Dextrogirs si desvien el pla de llum a dreta (+)

– Levogirs si desvien la llum a l’esquerra (-)

2. Enllaç peptídic

• Entre el grup COOH d’un aa i el grup NH2 de l’aa següent

PÈPTID

• Característiques de l’enllaç peptídic

– És un enllaç covalent de tipus amida C-N

– Caràcter parcial de doble enllaç no rotació C, N i O i

H units al mateix pla

– Longitut intermitja entre

C-N i C=N

– L’O i el H units a l’enllaç es

situen en costats oposats

configuració TRANS

Proteïnes

• Són polímers lineals α-L-aa units per enllaços peptídics

• 4 nivells estructurals:

Estructura primària

És la seqüència d’aa en una cadena polipeptídica

• 20 aa protèics = 20n seq protèiques diferents

• Semblances significatives entre seq prot indicador d’evolució des d’un avantpassat comú proteïnes homòlogues

• Forma de zig-zag planaritat dels enllaços

• Determinarà la resta de les estructures de la proteïna

Estructura secundària

• És la disposició espaial que adopta

la cadena d’aa per a ser estable:

• α-hèlix:

– Dextrogira

– R cap a l’exterior

– Grups C=O i N-H cap a dalt

o cap a baix, paral·lels a l’eix

de la hèlix ponts d’H entre:

O (C=O)i H (N-H) cada 4 aa

– L’estabilitat depén dels aa

(Pro NO forma ponts d’H)

5.4 Å /volta i 3,6 aa/volta

• Full-β:

• Full pegat en zig-zag (com a l’estruct 1ª)

– S’estabilitza per ponts d’H entre O i H que queden oposats

– R cap amunt o cap avall

• No totes les parts d’una proteïna poden ser classificades com a hèlix o full hi ha plegaments i girs q permeten connectar estructures 2ª

+ compacta + freq

- compacta - freq

• En alguns casos combinacions d’estructsecund amb geometria específica:

Estructura terciaria

Plegament determinat per les interaccions fq entre diferents cadenes laterals buscant l’estabilitat al medi en que es troba

• Interaccions entre R d’aa allunyats

• Residus hidrofòbics a l’int i els polars a l’ext en contacte en el medi aquós

• 2 formes bàsiques:

– Fibrosa baix grau de plegament, allargades, insolubles en aigua, funcions estructurals (Ex: col·lagen)

– Globular molt empaquetades, esfèriques, solubles en aigua, funcions dinàmiques (Ex: mioglobina)

• Tipus d’interaccions que estabilitzen l’estruct 3ª:

– Ponts d’H entre R polars q tinguen algun grup q puga actuar com dador o acceptor de H+ o grups C=O i N-H que no intervinguen en l’estruct 2ª

– Interaccions electrostàtiques entre R amb càrregues oposades (aa àcids i bàsics) o extrem amb càrrega parcial

– Forces de Van der Waals + interaccions hidrofòbiiquesentre R apolars molt dèbils

– Ponts disulfur entre grups –SH de la Cys interaccions covalents molt fortes

Sabies que...?

• La forma del cabello, liso o rizado, depende de la manera en que se establezcan los puentes disulfuro entre las moléculas de queratina. En los cabellos lacios los puentes disulfuro entre las alfa-hélices de la queratina se establecen al mismo nivel, mientras que en los cabellos rizados los puentes establecen uniones entre regiones que se sitúan en diferente nivel, como cuando abrochamos mal los botones de una chaqueta.

• En cadenes polipeptídiques llargues (+200 aa)solen plegar-se forment agrupacions anomenades DOMINIS:

– Actuen com a unitats estructurals estables de forma independent

– Solen ser unitats funcionals els diferents dominis d’una proteïna tenen funcions diferents

– S’uneixen per parts flexibles (actuen com una frontissa)

Estructura quaternària

Hi ha proteïnes formades per + d’una cadena polipeptídica la disposició espacial d’aquestes s’anomena estructura quaternaria

– Les cadenes es mantenen unides per les mateixes interaccions que en l’estruct 3ª

– Permet + estabilitat

LA ESTRUCTURA QUATERNARIA (o la terciària si solament

tenen una cadena polipeptídica ) ÉS LA QUE DETERMINA

L’ACTIVITAT BIOLÒGICA DE LA PROTEÏNA SI EIXA ESTRUCTURA

ES PERD LA PROTEÏNA PERD LA SEUA FUNCIÓ

Jmol /Molviewer visualitzadors (insulina = 2HIU, Hb= 4HHB)https://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=2HIU&opt=3&bionumber=1

• Estruct quaternaria de l’hemoglobina amb 4 cadenes polipeptídiques (2 cadenes α i 2 β)

http://www.bionova.org.es/animbio/anim/proteoconfor.swf

• Fixeu-se quan d’important és la estructura primariaper a la conformació d’estruct 2ª,3ª i per tant de 4ª

Propietats de les proteïnes

• Es deriven de l’estructura (i de les cadenes R dels aa que queden exposats al medi):

– 1. Especificitat

– 2. Comportament àcid-base

– 3. Solubilitat

– 4. Desnaturalització

1. Especificitat

- Especificitat de funció

- Seqüència específica d’aa que determ la estruct 1ª estr 2ª estr 3ª estr 4ª FUNCIÓ

- Especialment imp en:

- EZ específiques de substrat

- Inmunoglobulines específiques d’antígen

- Especificitat d’espècie

- Estudis filogenètics

2. Comportament àcid –base

- Igual com els aa, les proteïnes presentaran una càrrega elèctrica depenent del pH del medi i els aaque la formen

Punt isoelèctric pH al que la càrrega és zero

3. Solubilitat• + aa polars i + cap a l’exterior + solubilitat

Estableixen ponts d’H amb molec d’aigua queda

envoltada de molec d’aigua capa de solvatació

- Prot fibroses + insolubles

- Prot globulars + solubles R polars a l’ext

• Salinitat + diluïdes + solubilitat ions competeixen per

envoltar-se d’aigua

Si afegim una sal a una dissolució de prot en aigua, l’aigua

passarà a envoltar els ions la proteïna perd la capa de

solvatació i precipita

• pH del medi càrregues• Tª

4. Desnaturalització

- És la pèrdua de l’estructura NATIVA (aquella a la que té funció) d’una proteïna solen conservar l’estr 1ª

- Agents desnaturalitzadors:

- Físics: Tª, pH, agitació violenta

- Químics: subst com urea i ion guanidino competeixen amb els grups COOH i NH2 de la prot per formar ponts d’H

I PER TANT LA PÈRDUA DE LA FUNCIÓ¡¡¡

• Pot ser:

– Reversible al despareixer el agent, recupera l’estructura nativa

– Irreversible No pot recuperar l’estruct nativa

Funcions de les proteïnes

• Estructural fixar forma, donar rigidesa o flexibilitat

– Col·lagen (txt conjuntiu dens, tendons), queratina (pel i ungles), fibroïna (seda), histones (ADN), glucoproteïnes (membrana), actina i miosina (músculs),

• Reservamagatzem d’aa

– Albúmina (ou), caseïna (llet), gliadina (blat)

• Reguladores del pH

• Defensiva les inmunoglobulines, trombina i fibrinògen (coagulació),

• Funcions actives interaccionen amb una altra subst (lligand) de forma específica

EZ catalitzadores en reaccions químiques

Reguladores hormones (insulina, glucagó, GH..) o receptors hormonals

Transportadores s’uneixen a un lligand i el transporten: Hbi Mb (unió a O2)

https://www.youtube.com/watch?v=2120av9wdFU

Contràctils al unir-se al lligand es produeix un canvi de conformació estirament o acurtament: miosina

Inmunes o inmunoglobulines (Ac)

s’uneixen irreversiblement a un

lligand (Ag) que és una subst tòxica

i la bloquegen

Classificació proteïnes