Molecular Dynamics of Proteorhodopsin in Lipid Bilayers by Solid … · 2014. 10. 13. ·...
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15.10.2014
Molecular Dynamics of
Proteorhodopsin in Lipid Bilayers by
Solid-State NMR
Yang, Aslimovsk, Glaubitz
Moderne Anwendungen der Magnetischen Resonanz
Lena Kalinowsky
1 15.10.2014
Temperatur
Hydrathülle Lipid Doppelschicht
Struktur
Funktion
Dynamik
Motivation/Ziel
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Proteorhodopsin
• 7 α-helicales Transmembranprotein
• Von Retinal abhängiges Protein
• Vorkommen in Bakterien, Archaeen und
Eukaryoten
• Lichtabhängige Protonenpumpe
• Retinal wird als Chromophor kovalent
gebunden
• Im Photozyklus des Proteins durchläuft
Retinal eine Konformationsänderung
von all-trans (ohne Licht) zu 13-cis bei
Lichteinstrahlung
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Motivation/Ziel
J-Reste D-Reste
• Schnelle, große Amplituden
Bewegungen
• Zeitskala < 10-5 s
• Verhalten sich wie eine Lösung
• Detektion durch Experimente,
die J-Kopplung beruhen
INEPT
• Langsame, kleine Amplituden
Bewegungen
• Zeitskala 10-6 s
• Verhalten sich wie ein Festkörper
• Detektion durch Experimente, die
auf dipolarer Kopplung beruhen
Kreuzpolarisation
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Magic Angle Spinning in der Festkörper NMR
PDB: 2ZJD
B0
54,7°
1H 13C
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Dynamisches Mapping
J-Reste D-Reste
INEPT Kreuzpolarisation
1H 1H
CP
CP
decoupling
13C 13C
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Identifizierung der J-Reste
18 Aminosäuren in Tail- und
Verbindungsbereichen zu finden (rot)
J-Reste
INEPT-TOBSY
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Identifizierung der D-Reste
D-Reste
153 Aminosäuren in
Transmembran- und Loop
Regionen zu finden (grün)
1H
CP
CP
decoupling
13C
decoupling τmix
t1 Iz
PDSD: Proton Driven Spin Diffusion
DARR
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Einfluss von Wasser
T = 240 K (- 33°C) • Eis Phase
T = 273 K (0°C) • Gel Phase
T = 313 K (40°C) • Flüssig, kristalline
Phase
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Einfluss von Wasser
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Einfluss von Wasser
• Flüssiges Wasser ist für die
große Beweglichkeit
entscheidend
• Begünstigt auch durch die
erhöhte Temperatur
• Dynamische Eigenschaften
sind unabhängig vom
Aggregatzustand des
Wassers
J-Reste D-Reste
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Wasserzugänglichkeit
Gründe für unterschiedlichen Einfluss von Wasser auf
J- und D-Reste
• Großteil des Proteins liegt in der Membran
• Limitierter Wasserzugang für die Mehrzahl von Aminosäureresten
• Stärkere Interaktionen zwischen Seitenketten sorgen für eine
eingeschränkte Beweglichkeit
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Wasserzugänglichkeit
J-Reste
• Starke Korrelation zwischen
Signalintensität und
Wasserzugänglichkeit
• Größere Beweglichkeit
• Kontakt zu Wasser
ermöglicht schnelle und
große Bewegungsamplituden
INEPT-HETCOR
Rot: mit Protonen Mischschritt
Blau: ohne Protonen Mischschritt
Temperatur: 273K
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Wasserzugänglichkeit
D-Reste
DARR
Identifizierung von 4
Aminosäureresten mit
Wasserkontakt
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Einfluss der Lipid Doppelschicht auf die
Beweglichkeit
• Gel Phase (273 K)
• Flüssig, kristalline Phase (313 K)
• Der Übergang von der Gel
Phase in die flüssig,
kristalline Phase findet bei
25°C statt
• Membranelastizität und
Schichtdicke werden
dadurch verändert
Lβ Phase
Lα Phase
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Einfluss der Lipid Doppelschicht auf die
Beweglichkeit
• Änderungen in der Lipid
Doppelschicht haben keine
Auswirkung auf die Beweglichkeit
der Reste
• Ortsabhängiger Effekt ist zu
beobachten
• 15 Reste sind beim Übergang
in die Gel Phase verschwunden
• Fluktuationen wurden blockiert
• Durch reduzierte Dicke in der
flüssig, kristallinen Phase,
haben mehr Reste
Wasserkontakt, was zu einer
erhöhten Beweglichkeit führt
J-Reste D-Reste
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Einfluss der Lipid Doppelschicht auf die
Beweglichkeit
• Änderungen in der Lipid
Doppelschicht haben keine
Auswirkung auf die Beweglichkeit
der Reste
• Ortsabhängiger Effekt ist zu
beobachten
• 15 Reste sind beim Übergang
in die Gel Phase verschwunden
• Fluktuationen wurden blockiert
• Durch reduzierte Dicke in der
flüssig, kristallinen Phase,
haben mehr Reste
Wasserkontakt, was zu einer
erhöhten Beweglichkeit führt
J-Reste D-Reste
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Bedeutung der Fluktuationen
• Die Fluktuationen der D-Reste haben eine wichtige Funktion im Fotozyklus
von Proteorhodopsin
• Die Bewegungen ermöglichen das Überwinden von Energiebarrieren, um
zwischen unterschiedlichen Ladungs- und Konformationszuständen zu
wechseln
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Quellen
• J. Yang, L. Aslimovska, C. Glaubitz, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 4874–4881
• S. Reckel, D. Gottstein, J. Stehle, F. Löhr, M.-K. Verhoefen, M. Takeda, R. Silvers, M.
Kainosho, C. Glaubitz, J. Wachtveitl et al., Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 11942–
11946
• D. C. Apperley, R. K. Harris, P. Hodgkinson, Solid-state NMR. Basic principles &
practice, Momentum Press, [New York, N.Y.] (222 East 46th Street, New York, NY
10017), 2012.
• "Heteronuclear correlation - HETCOR", can be found under
http://www.chemistry.uoc.gr/synaps/lectures/spyros/lecture5.pdf.
• Rob Schurko, "Introduction to Solid State NMR. Basic SSNMR notes", can be found
under http://schurko.cs.uwindsor.ca/resources/ssnmr_schurko.pdf.
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HETCOR