IDENTIFIKASI KERAGAMAN DNA MIKROSATELIT

PADA SAPI BALI DI PULAU BALI DAN

PULAU NUSA PENIDA

ALWIYAH

DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN

FAKULTAS PETERNAKAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2015

PERNYATAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi penelitian berjudul Identifikasi

Keragaman DNA Mikrosatelit pada Sapi Bali di Pulau Bali dan Pulau Nusa

Penida adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan

belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber

informasi dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari

penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada

Institut Pertanian Bogor.

Bogor, Juni 2015

Alwiyah

NIM D14110049

ABSTRAK

ALWIYAH. Identifikasi Keragaman DNA Mikrosatelit pada Sapi Bali di Pulau

Bali dan Pulau Nusa Penida. Dibimbing oleh JAKARIA dan MUHAMAD

BAIHAQI.

Sapi bali merupakan salah satu sumber daya genetik ternak asli Indonesia.

Sapi bali telah tersebar di berbagai daerah, namun Pulau Bali adalah wilayah

pusat pemurnian. Keragaman merupakan hal yang sangat penting dalam

mempertahankan suatu populasi. DNA Mikrosatelit adalah metode yang mudah

untuk identifikasi keragaman genetik. Tujuan dari penelitian ini adalah

mempelajari keragaman dari sapi bali dengan lokus ETH225, SPS115 dan

INRA037 di Pulau Bali dan Pulau Nusa Penida dengan metode DNA Mikrosatelit

berlabel. Jumlah sampel yang digunakan yaitu 48 sampel dari Pulau Bali dan 47

sampel dari Pulau Nusa Penida. Hasil genotiping dianalisis menggunakan

program GenAlEx 6.41. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lokus SPS115,

ETH225 dan INRA37 memiliki keragaman yang tinggi. Nilai heterosigosits

tertinggi ditunjukkan oleh lokus ETH225 di Pulau Bali. Nila laju inbreeding pada

sapi Bali dalam penelitian ini sampai 14.1%. Dari penelitian ini dapat disimpulkan

bahwa sapi bali yang terdapat di Pulau Bali dan Pulau Nusa Penida berbeda.

Kata kunci : DNA mikrosatelit, keragaman, Pulau Bali, Pulau Nusa Penida, sapi

bali

ABSTRACT

ALWIYAH. Polymorphism identification of microsatelite DNA on Bali cattle in

Bali island and Nusa Penida island. Supervised by JAKARIA and MUHAMAD

BAIHAQI.

Bali cattle is one of Indonesia's biodiversity with some superiority. Bali

cattle scattered in various region, built centered in Bali Island. Polymorphism is

very important for kept a population. Microsatelite is one of easiest method to

identify genetic diversity. The aim of this research was to identify genetic

pholymorpism loci bali cattle from SPS115, ETH225, and INRA37 in Bali island

and Nusa Penida island with microsatelite DNA labeling system. SPS115,

ETH225 and INRA37 had been annalyzed from total sample of 48 Bali cattle in

Bali Island and 47 in Nusa Penida Island. The result of sequent were analyzed by

GenAlEx 6.41. The results of this research showed that SPS115, ETH225 and

INRA37 are higher diversity. The highest heterozygosity were found in loci

ETH225 in Bali island. The highest PIC were found in loci INRA37 in Nusa

Penida Island. The inbreeding rate of Bali cattle until 14.1%. From this research,

that bali cattle in Bali island and Nusa Penida island is different.

Key words : bali cattle, Bali Island, Nusa Penida Island, microsatellit

DNA,Pholymorpisme

IDENTIFIKASI KERAGAMAN DNA MIKROSATELIT

PADA SAPI BALI DI PULAU BALI DAN

PULAU NUSA PENIDA

ALWIYAH

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Peternakan

pada

Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan

DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN

FAKULTAS PETERNAKAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2015

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas

segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Penelitian

yang dilaksanakan sejak bulan September 2014 hingga Maret 2015 berjudul

Identifikasi Keragaman pada Sapi Bali di Pulau Bali dan Pulau Nusa Penida.

Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk mendapatkan gelar Sarjana

Peternakan.

Penulis menyadari bahwa proses penelitian dan penyusunan karya ilmiah

ini tidak dapat berjalan dengan lancar tanpa bantuan dan dukungan dari banyak

pihak. Terima kasih penulis ucapkan kepada yang terhormat Dr Jakaria, SPt MSi

dan Muhammad Baihaqi, SPt MSc selaku komisi pembimbing atas curahan

waktu, bimbingan dan dorongan semangatnya. Terima kasih juga kepada yang

terhormat Dr Ir Henny Nuraini, MSi selaku pembimbing akademik yang selalu

memberikan dukungan selama perkuliahan. Terima kasih juga kepada yang

terhormat Sigit Prabowo, SPt MSc selaku dosen penguji ujian akhir.

Ungkapan terima kasih terdalam penulis sampaikan kepada kedua orang

tua Anis Hamzah Alhiyed dan Sofiah Alatas, Kakak tercinta Fatimahtuzahro,

Paman terbaik Kadzim Salim Alhiyed, serta seluruh keluarga atas doa, kasih

sayang, dukungan serta motivasi yang selalu diberikan pada penulis. Semoga

penulis dapat menjadi sumber kebahagiaan bagi kedua orang tua dan keluarga.

Penulis sampaikan terima kasih kepada Shelvi, SSi, Ferdy, SPt MSi, Wike

Andre, SPt MSi, Komang Alit P, SPt MSi, Isyana, SPt, Furqon, SPt, Roaslein P,

SPt, Pandu, SPt, Muhsinin, SPt, Ria Putri Rahmadani, SPt dan teman teman

ABGSci atas segala dukungan dan kebersamaannya di Laboratorium Genetika

Molekuler Ternak. Kepada yang terkhusus Aulia Rahmad Hasyim, Rindang,

Ninin, Ulfa Dj, Mustika, Hadi, Mujo, Kak Riri, Maulita,Uswatun, Riskia,

Feronika, Valen, Salva, Bibeh, Rani, Dwiki, Zuriyansyah, Tanto, Wafi, Yaher,

Fandi, Anggita dan IPTP48, Rina, Mey, Anis, teman-teman Duta Promosi IPB

terima kasih atas kebersamaan dan motivasi yang diberikan.Terimakasih juga

kepada Direktorat Pendidikan Tinggi (DIKTI) atas beasiswa Bidik Misi yang

telah diperoleh selama menjalankan pendidikan ini. Semoga hasil penelitian ini

bermanfaat. Saya ucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah

membantu, yang tidak dapat disebutkan satu persatu. Semoga karya ilmiah ini

bermanfaat.

Bogor, Juni 2015

Alwiyah

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL viii

DAFTAR GAMBAR viii

PENDAHULUAN .................................................................................................. 1

Latar Belakang .................................................................................................... 1

Tujuan Penelitian ................................................................................................. 2

Ruang Lingkup Penelitian ................................................................................... 2

METODE ................................................................................................................ 2

Waktu dan Tempat Penelitian ............................................................................. 2

Bahan ................................................................................................................... 2

Alat 3

Prosedur ............................................................................................................... 3

HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................................... 4

Amplifikasi DNA ................................................................................................ 4

Keragaman Lokus Mikrosatelit ........................................................................... 5

SIMPULAN DAN SARAN .................................................................................... 9

Simpulan .............................................................................................................. 9

Saran .................................................................................................................. 10

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 10

LAMPIRAN .......................................................................................................... 13

RIWAYAT HIDUP 19

DAFTAR TABEL

1 Lokus dan susunan nukleotida 3

2 Frekuensi alel lokus SPS115 di Pulau Bali dan Nusa Penida 6

3 Frekuensi alel lokus ETH225 di Pulau Bali dan Nusa Penida 6

4 Frekuensi alel lokus INRA037 di Pulau Bali dan Nusa Penida 7

5 Nilai ho, he, dan PIC dari tiga lokus mikrosatelit 8

6 Jarak genetik dan identitas genetik sapi Bali 9

DAFTAR LAMPIRAN

1 Lokus berdasarkan Genebank 13

2 Hasil perhitungan AMOVA 17

3 Hasil fluoresen lokus SPS115 18

1

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Sapi bali (Bos javanicus) sebagai ternak asli Indonesia hasil domestikasi

banteng (Payne dan Rollison 1974) merupakan sumberdaya genetik ternak yang

tidak ternilai harganya dan telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi

di dunia (DGLS 2003). Sapi bali memiliki beberapa keunggulan yaitu mampu

beradaptasi terhadap lingkungan marjinal dan memiliki daya reproduksi yang

tinggi terutama pada kondisi pakan yang buruk (Talib 2002). Distribusi sapi bali

di Indonesia selain di Pulau Bali juga tersebar di beberapa daerah utama populasi

sapi bali, yaitu Sulawesi Selatan, Nusa Tenggara Timur, dan Nusa Tenggara Barat

(Purwantara et al. 2012). Diberbagai lingkungan pemeliharaan di Indonesia, sapi

bali memperlihatkan kemampuannya untuk berkembang biak dengan baik yang

disebabkan beberapa keunggulan yang dimiliki sapi Bali. Keunggulan sapi bali

dibandingkan sapi lain yaitu memiliki daya adaptasi sangat tinggi terhadap

lingkungan yang kurang baik (Masudana 1990), seperti dapat memanfaatkan

pakan dengan kualitas rendah (Sastradipradja 1990), mempunyai fertilitas dan

conception rate yang sangat baik (Oka dan Darmadja 1996), persentase karkas

yang tinggi yaitu 52 sampai 57.7% (Payne dan Rollinson 1973) dan tahan

terhadap parasit internal dan eksternal (National Research Council 1983).

Program pelestarian dan pengembangan sapi bali di Pulau Bali dan salah

satunya adalah kemungkinan rencana relokasi program pembibitan sapi bali ke

daerah lain khususnya di luar Pulau Bali yaitu Pulau Nusa Penida. Program

pelestarian dan pengembangan sapi bali dilaksanakan di Pulau Bali, namun

terdapat kemungkinan untuk merelokasi program pembibitan ke luar Pulau Bali

yaitu ke Pulau Nusa Penida. Pulau Nusa Penida memiliki populasi sapi bali yang

cukup besar. Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan telah

mencanangkan Program Pembibitan sapi bali di Pulau Nusa Penida dengan SK

No.18020/kpts/PD.420/F2.3/02/2013.

Salah satu upaya untuk meningkatkan mutu sumber daya genetik ternak

sapi Bali adalah seleksi dan persilangan. Keragaman genetik pada suatu populasi

merupakan informasi penting dalam proses pelestarian sumber daya genetik

ternak secara berkesinambungan. Keragaman genetik dapat dideteksi melalui

banyak lokus, diantaranya ETH225, INRA037, dan SPS115. Ketiga lokus tersebut

menurut FAO (2011) memiliki jumlah pengulangan yang cukup tinggi. Weber

(1990), polimorfisme makin tinggi apabila unit ulangannya tergandakan lebih dari

10 kali lipat. Meningkatnya jumlah alel pada lokus yang berbeda akan

meningkatkan rata-rata keragaman genetik dalam populasi. Perkembangan

bioteknologi bidang genetika molekuler memungkinkan penggunaan penanda

molekuler untuk mengukur status keragaman genetik melalui pemanfaatan gen

penciri (marker assisted selection atau MAS). Salah satu teknik yang mudah

dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman genetik yaitu metode DNA

Mikrosatelit dengan sistem labeling. Penelitian mengenai keragaman lokus

ETH225, lokus SPS115 dan lokus INRA037 pada sapi sudah banyak dilakukan.

Namun penelitian mengenai sapi Bali di Pulau Bali dan Pulau Nusa Penida

menggunakan DNA mikrosatelit berlabel belum dilakukan.

2

Tujuan Penelitian

Tujuan dari penelitian ini adalah mempelajari keragaman genetik dari sapi

Bali dengan ETH225, SPS115, dan INRA037 di Pulau Bali dan Pulau Nusa

Penida dengan metode DNA Mikrosatelit berlabel.

Ruang Lingkup Penelitian

Identifikasi keragaman lokus SPS115, ETH225, dan INRA037 pada sapi

bali yang terdapat di Pulau Bali dan Pulau Nusa Penida dengan menggunakan

DNA Mikrosatelit berlabel.

METODE

Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak,

Bagian Pemuliaan dan Genetika, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi

Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian berlangsung

dari bulan September sampai Maret 2015.

Bahan

Sampel Darah

Sampel darah yang digunakan berasal dari 48 sampel dari sapi bali di

Pulau Bali dan 47 sampel dari sapi bali di Pulau Nusa Penida.

Ekstraksi DNA

Bahan-bahan yang digunakan untuk ekstraksi DNA terdiri atas larutan

EtOH absolute 70%, DW (destilation water), SDS (sodium dodecylsulphate) 10%,

proteinase-K (5 mg mL-1), 1×STE (sodium tris-EDTA), phenol solution, CIAA

(chloroform isoamylalcohol), NaCl 5M, dan TE (tris EDTA) 80%.

Amplifikasi DNA Template dan Pemotongan Produk PCR

Bahan-bahan yang digunakan pada teknik amplifikasi yaitu sampel DNA,

DW (destiltion water), Green MM (Master Mix) dan pasangan primer forward

dan reverse. Tabel 1 menunjukkan lokus yang diamati dalam penelitian ini yaitu

ETH225, SPS115 dan INRA037.

3

Tabel 1 Lokus dan susunan nukleotida

Lokus Kromo

som

Ulangan Sekuen (5’-3’) Forward-Reverse Label Panjang

Basa

ETH225 09 (CA)14 GATCACCTTGCCACTATTTCCT

ACATGACAGCCAGCTGCTACT

HEX 131-185

SPS115 15 (CA)18 AAAGTGACACAACAGCTTCTCCA

AACGAGTGTCCTAGTTTGGCTGTG

HEX 234-258

INRA037 10 (TG)12 GATCCTGCT ATATTTAACCAC

AAAATTCCATGGAGAGAGAAAC

TAMN 112-148

Sumber : FAO (2011)

Alat

Alat yang dibutuhkan untuk pengambilan darah yaitu tabung ependorf 1.5

mL, syringe 3 mL dan spidol permanen. Alat yang dibutuhkan untuk ekstraksi

DNA yaitu tabung ependorf 1.5 mL, 1 set pipet mikro beserta tipnya, vortex,

centrifuge, inkubator dan freezer. Alat yang dibutuhkan untuk amplifikasi DNA

yaitu 1 set pipet mikro beserta tipnya dan mesin PCR thermocycler.

Alat yang dibutuhkan untuk proses elektroforesis yaitu timbangan, pipet

mikro beserta tipnya, gelas piala, microwave, hotplate, tray pencetak gel, dan tank

elektroforesis (mupid) dilengkapi dengan power supply 100 V dan UV

transilluminator.

Prosedur

Pengambilan Sampel

Sampel yang diambil merupakan sampel darah sapi bali. Pengambilan

sampel darah sapi dilakukan pada bagian vena jugularis externa dengan

menggunakan jarum dan ditampung pada tabung venoject yang mengandung

EDTA.

Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA berdasarkan Sambrook et al. (1989). Darah diambil

sebanyak 200 μL, lalu ditambahkan 1 000 μL DW dalam tabung eppendorf 1.5

ml, kemudian divortex dan didiamkan selama 5 menit. Sampel selanjutnya

disentrifius pada kecepatan 8 000 rpm selama 5 menit dan supernatan yang

terbentuk dibuang. Endapan ditambahkan 40 μL SDS 10%, 10 μL proteinase-K (5

mgml-1) dan 1×STE sampai 400 μL, kemudian diinkubasi pada suhu 55 °C selama

2 jam sambil digoyang secara perlahan menggunakan tilter.

Degradasi bahan organik dilakukan dengan menambahkan 400 μL phenol

solution, 400 μL CIAA, dan 40 μL NaCl 5M, kemudian digoyang selama 1 jam

pada suhu ruang. Molekul DNA dipisahkan dari fenol dengan cara disentrifius

pada kecepatan 12 000 rpm selama 5 menit sehingga terbentuk fase DNA

(bening). Fase DNA sebanyak 400 μL dipindahkan ke tabung baru untuk

ditambahkan 800 μL EtOH abssolute 70% dan 40 μL NaCl 5M, kemudian

freezing (overnight). Molekul DNA disentrifius pada kecepatan 12 000 rpm

selama 5 menit untuk memisahkan EtOH absolute. Supernatan yang mengendap

dibuang. Endapan didiamkan hingga kering untuk disuspensikan dalam 100 μL

TE 80%. Sampel DNA disimpan dalam freezer

4

Amplifikasi DNA Mikrosatelit

Fragmen DNA diamplifikasi dengan teknik PCR. Sampel DNA hasil

ekstraksi sebanyak 2 μL dimasukkan ke dalam tabung PCR, lalu ditambahkan 28

μL larutan premix. Premix tersusun atas 0.3 μL primer, 12.4 μL DW, 6 μL Green

Master Mix. Campuran ini difortex lalu di sentrifugasi menggunakan spin down,

kemudian diinkubasi dalam thermocycler untuk diamplifikasi. Denaturasi awal

dilakukan pada suhu 95 °C selama 15 menit, selanjutnya denaturasi berlangsung

selama 20 detik pada suhu yang sama.

Kondisi PCR yaitu meliputi pradenaturasi 95 °C 5 menit, dilanjutkan

dengan langkah denaturasi pada 95 °C 10 detik, 20 detik annealing 58 oC ,

langkah elongasi pada suhu 72 oC selama 30 detik dan final elongasi pada suhu

72 oC selama 5 menit. Proses amplifikasi DNA ini dilakukan hingga 35 siklus.

Elektroforesis Bahan-bahan yang digunakan dalam teknik elektroforesis terdiri atas

agarose, 0.5×TBE (tris borat-EDTA), etidium bromida (EtBr) 10%, loading dye,

dan DNA marker. Elektroforesis DNA dilakukan dalam agarose gel 1%.

Elektroforesis produk PCR dilakukan dalam agarose gel 1.5%. Produk restriksi

dielektroforesis dalam agarose gel 2%.

Alat-alat yang digunakan yaitu timbangan analitik, microwave, magnetic

vortex, tray pencetak gel, elektroforesis (MUPID), dan UV transilluminator.

Setelah didapatkan produk hasil PCR kemudian dilakukan fragmentasi dengan

cara sequents.

Genotiping

Produk PCR yang telah diperoleh dari ketiga lokus ( ETH225, SPS115 dan

INRA037) yang telah dianalisis dilakukan teknik fragmentasi dengan

menggunakan sekuen berlabel HEX untuk SPS115 dan ETH225 dan TAMN

untuk lokus INRA037. Proses sekuensing dilakukan dikirimkan ke perusahaan 1st

Base di Selangor Malaysia.

Analisis Data

Alel, jumlah alel (NA) dari berbagai lokus, pengamatan nilai

heterosigositas (H0) dan heterosigositas yang diharapkan (He), jumlah alel efektif

(NE) tiap lokus, jarak genetik dan analisis variasi molekuler menggunakan

program GenAlEx 6.501 (Peakall et al. 2012).

HASIL DAN PEMBAHASAN

Amplifikasi DNA

Amplifikasi terhadap 3 lokus mikrosatelit yaitu SPS115, ETH225 dan

INRA037 berhasil diamplifikasi dengan suhu anneling 58 oC selama 20 detik

(Gambar 1).

5

a. Lokus SPS115 (234-258 bp) b. Lokus ETH225 (131-185 bp) c. Lokus INRA037 (112-148 bp)

Keberhasilan proses amplifikasi lokus mikrosatelit sangat bergantung pada

suhu annealing. Suhu annealing adalah suhu optimum untuk proses penempelan

primer sesuai dengan sekuens DNA target yang akan diperbanyak selama proses

PCR. Adanya perbedaan tersebut disebabkan oleh kondisi mesin PCR dan

campuran pereaksi PCR tiap lokus berbeda. Kondisi annealing berbeda dengan

suhu yang dilaporkan Abdullah (2008) yaitu 65 oC selama 30 detik. Menurut

Muladno (2002), suhu penempelan primer (annealing) berkisar antara 36 -72 oC,

namun suhu yang biasa digunakan adalah 50 - 60 oC. Pelt-Verkuil et al. (2008)

menyatakan bahwa waktu annealing yang dibutuhkan supaya primer dapat

berkomplemen dan menempel dengan targetnya bergantung pada kapasitas

pemanasan mesin thermocycler yang digunakan, volume campuran PCR serta

konsentrasi primer dan gen target. Primer yang telah menempel pada target

selanjutnya mengalami pemanjangan atau ekstensi pada suhu 72 oC selama 40

detik. Kemudian dilanjutkan dengan ekstensi akhir pada suhu yang sama selama 5

menit. Tiga tahapan PCR yaitu denaturasi, annealing, dan ekstensi merupakan

tahapan untuk 1 siklus termal. Pada penelitian ini dilakukan sebanyak 35 siklus.

Keragaman Lokus Mikrosatelit

Alel dan Lokus Polimorfik

Hasil analisis lokus SPS115, ETH225, dan INRA037 berdasarkan hasil

genotiping dikelompokan berdasarkan populasi yaitu Pulau Bali dan Pulau Nusa

Penida. Frekuensi alel setiap lokus dan setiap populasi sapi bali disajikan pada

Tabel 2.

M 1 2 3 4 5 M 1 2 3 4 M 1 2 3 4 5

5

Gambar 1 Produk PCR lokus mikrosatelit pada sapi bali, a. lokus SPS115 (234-

258 bp), b. Lokus ETH225 (131-185 bp), dan c. Lokus INRA037 (112-

148 bp)

6

Tabel 2 Frekuensi alel lokus SPS115 di Pulau Bali dan Nusa Penida

Bali (n=47) Nusa Penida(n=46)

Jumlah alel 6 6

Keefektifan jumlah alel 3.920 3.605

Tipe alel 242 0.043 0.011

244 0.276 0.413

246 0.213 0.250

248 0.351 0.141

250 0.085 0.152

252 0.032 0.033

Tabel 2 menunjukkan alel yang didapatkan di lokus SPS115 baik di Pulau

Bali maupun Pulau Nusa Penida. Jumlah alel sapi bali pada lokus SPS115 di

Pulau Bali dan Pulau Nusa Penida berjumlah sama yaitu 6. Hasil penelitian

Soldatovic et al. (1994) dan Vucinic (1996) pada sapi Yuglosovia di Serbia

menunjukkan bahwa lokus SPS115 memiliki jumlah alel yang sama. Namun pada

penelitian Radko et al. ( 2009) jumlah alel pada sapi Polish Merah-Putih pada

lokus SPS115 adalah 5 dan lokus SPS115 merupakan lokus yang rendah

polimorfiknya. Nomer efektif alel di populasi Pulau Bali lebih tinggi (3.920)

dibandingkan dengan di Nusa Penida (3.605). Tabel 2 menunjukkan bahwa lokus

SPS115 memiliki frekuensi alel tertinggi pada tipe alel 244 di Pulau Nusa Penida.

Adapun frekuensi alel dari lokus ETH225 disajikan pada Tabel 3.

Tabel 3 Frekuensi alel lokus ETH225 di pulau Bali dan Nusa Penida

Alel

Bali (n=46) Nusa Penida (n=47)

jumlah alel

7 6

Keektifan jumlah alel

3.201 3.938

Tipe alel 149 0.011 0.011

153 0.011 0.000

155 0.011 0.117

157 0.304 0.202

159 0.022 0.043

163 0.234 0.329

165 0.402 0.298

Lokus ETH225 memiliki jumlah alel yang berbeda di kedua wilayah yaitu

pada Pulau Bali 7 alel sedangkan pada pulau Nusa Penida 6. Penelitian Abdullah

(2008) lokus ETH225 pada sapi bali memiliki empat alel, sedangkan pada

penelitian sapi Yugoslovia di Serbia lokus ETH225 memiliki 6 alel (Soldatovic et

al. 1994). Lokus ETH225 memiliki frekuensi alel tertinggi pada tipe alel 165 yaitu

0.402. Tipe alel 153 pada lokus ETH225 hanya dimiliki oleh sapi bali yang

berasal dari Pulau Bali. Adanya alel yang spesifik pada sapi bali yang terdapat di

Pulau Bali dapat dijadikan penciri atau marker khusus pada sapi bali di Pulau

Bali. Nomer keefektifan alel yang tetinggi pada lokus ETH225 adalah 3.938 di

7

populasi Pulau Nusa Penida. Frekuensi alel pada lokus INRA037 disajikan pada

Tabel 4

Tabel 4 Frekuensi alel lokus INRA037 di Pulau Bali dan Nusa Penida

Alel

Bali (n=46) Nusa Penida (n=47)

Jumlah alel

10 11

Keefektifan jumlah alel

6.162 6.686

Tipe alel 114 0.000 0.022

118 0.064 0.217

120 0.160 0.076

122 0.075 0.054

124 0.011 0.174

126 0.234 0.196

128 0.234 0.022

130 0.032 0.141

132 0.117 0.054

134 0.043 0.032

136 0.032 0.011

Lokus INRA037 memiliki jumlah alel 10 di pulau Bali dan 11 di Pulau

Nusa Penida. Lokus INRA037 memiliki jumlah alel yang paling banyak

dibandingkan dengan lokus lain. Amstrong et al. (2006) pada penelitiannya di

sapi Creolo Uruguay menyatakan bahwa lokus INRA037 merupakan lokus yang

paling polimorfik pada mikrosatelit dengan jumlah sepuluh alel. Lokus INRA037

memiliki frekuensi alel tertinggi pada tipe alel 126 dan 128 yaitu 0.234. Tipe alel

114 tidak ditemukan di pulau Bali namun ditemukan di pulau Nusa Penida.

Adanya alel spesifik tersebut bisa menjadi alel penciri untuk sapi Bali yang

terdapat di pulau Nusa Penida. Nomer keefektifan alel pada lokus INRA037 yang

tertinggi terdapat di populasi pulau Nusa Penida.

Pengukuran keragaman genetik sampel sapi bali dengan menggunakan 3

lokus mikrosatelit, menunjukkan lokus yang digunakan pada sapi bali di Pulau

Bali dan Pulau Nusa Penida adalah polimorfik. Nei (1987) menyatakan bahwa

suatu alel dikatakan polimorfik jika memiliki frekuensi alel sama dengan atau

kurang dari 0.99. Keragaman genetik atau polimorfisme genetik adalah

terdapatnya lebih dari 1 bentuk atau macam genotipe di dalam populasi.

Fenomena jumlah alel yang tinggi pada sapi bali karena variasi genetik

sapi bali pada lokus-lokus mikrosatelit tersebut sangat beragam. Keragaman

mikrosatelit disebabkan karena adanya variasi dalam jumlah pengulangan runutan

basa. Perbedaan yang muncul dianggap sebagai alel yang berbeda. Perbedaan alel

yang dihasilkan disebabkan perbedaan jumlah pengulangan basa (Bennet 2000).

Lokus INRA037 memiliki jumlah alel yang paling tinggi dibandingkan

dengan lokus yang lain. Keragaman yang tinggi pada lokus-lokus mikrosatelit ini

dipengaruhi oleh tingkat mutasinya. Menurut Muladno (2006), DNA mikrosatelit

memiliki laju perubahan basa nukleotida tinggi yang disebabkan adanya

perubahan jumlah ulangan dari urutan basa bergandengan mencapai 10 sampai

3 gamet-1generasi-1. Laju perubahan mikrosatelit dipengaruhi oleh motifnya.

Mikrosatelit dengan motif dinukleotida memiliki laju mutasi 1.5-2 kali lebih cepat

8

dibandingkan dengan motif tetra-nukleotida. Variasi lokus penting untuk

memberikan gambaran mengenai keragaman genetik pada suatu populasi.

Menurut Lan et al.(2013) lokus mikrosatelite yang memiliki jumlah alel lebih dari

4, maka sangat efektif untuk digunakan sebagai evaluasi keragaman genetik.

Nilai Heterosigositas

Lokus SPS115, ETH225, dan INRA037 memiliki keragaman yang tiggi

berdasarkan nilai heterozigositasnya. Tabel 5 menyajikan hasil nilai

heterosigositas.

Tabel 5 Nilai Ho, He dan PIC dari 3 lokus mikrosatelit

Populasi Lokus N Ho He PIC

BPTU Bali

SPS115 47 0.745 0.753 0.703

ETH225 46 0.717 0.695 0.628

INRA037 47 0.532 0.847 0.819

Nusa Penida

SPS115 46 0.652 0.713 0.688

ETH225 47 0.872 0.754 0.663

INRA037 46 0.413 0.860 0.462

Marson et al. (2005) menyatakan bahwa keragaman genetik suatu populasi

dapat diukur menggunakan nilai heterosigositas yang bertujuan untuk membantu

program seleksi. Tabel 3 menunjukkan bahwa nilai heterosigositas pengamatan

(Ho) sapi bali di Pulau Bali cukup tinggi yaitu 0.745, 0.753 dan 0.553. Sapi bali di

Pulau Nusa Penida memiliki nilai Ho yang tidak terlalu berbeda jika dibandingkan

dengan Ho di Pulau Bali. Namun kedua wilayah tersebut memiliki nilai

heterosigositas yang cukup tinggi, menurut Javanmard et al. (2005) bahwa nilai

heterosigositas di bawah 0.5 (50%) mengindikasikan rendahnya variasi suatu gen

dalam populasi. Tombasco et al. (2003) menyatakan bahwa jika nilai Ho

(heterosigositas pengamatan) lebih rendah dari He (heterosigositas harapan) maka

dapat mengindikasikan adanya proses seleksi yang intensif. Hal ini terlihat dari

Tabel 3 sapi bali yang terdapat di Pulau Bali dan Nusa Penida pada lokus SPS115

dan INRA037 nilai Ho lebih rendah dari He. Menurut Tambasco et al. (2003)

perbedaan antara nilai heterosigositas pengamatan (Ho) dan nilai heterosigositas

harapan (He) dapat dijadikan sebagai indikator adanya ketidakseimbangan

genotipe pada populasi sapi yang diamati yang diindikasikan bahwa sudah ada

kegiatan seleksi yang dilakukan dan tidak adanya perkawinan acak. Allendorf et

al. (2013) menyatakan bahwa suatu populasi dinyatakan berada dalam

keseimbangan jika frekuensi genotipe dan frekuensi alelnya konstan dari generasi

ke generasi yang diakibatkan oleh penggabungan gamet yang terjadi secara acak

dalam populasi yang besar. Keseimbangan gen dalam populasi terjadi jika tidak

adanya mutasi, seleksi, migrasi, dan genetic drift.

Lokus ETH225 di Pulau Bali merupkan lokus yang memiliki nilai Ho

yang tinggi, namun nilai He yang tinggi ditunjukkan pada lokus INRA037 di Nusa

Penida. Heterosigositas yang tinggi dalam suatu populasi menunjukkan bahwa

sapi ini mengandung alel-alel sapi lain atau alel mutasi dengan frekuensi rendah

Keterangan: N: jumlah sampel; Ho: heterozigositas observasi; He: heterozigositas harapan; PIC:

Polymorphism Information Content.

9

(Abdullah 2008). Nilai PIC yang tertinggi terdapat pada lokus INRA037 di Pulau

Bali. Nilai PIC yang tinggi menggambarkan tingkat informasi penciri atau lokus

yang digunakan sangat informatif sebagai penciri (marker).

Jarak Genetik dan Keragaan Sapi Bali

Hasil perhitungan nilai jarak genetik pada sapi bali di Pulau Bali dan Pulau

Nusa Penida terdapat pada Tabel 6.

Tabel 6 Jarak genetik dan identitas genetik sapi bali

Wilayah Jarak genetik Kesamaan genetik Fit

Bali – Nusa Penida

0.111

0.895

0.141 Keterangan : Fit: laju inbreeding total

Matriks jarak genetik Pairwise, menunjukkan bahwa sapi bali di Pulau

Bali memiliki tingkat perbedaan sebesar 11.1%. Hal ini berarti sapi bali yang

terdapat di Pulau Bali dengan Pulau Nusa Penida memiliki kesamaan. Kesamaan

antara sapi bali di Pulau Bali dan Nusa Penida sebesar 89.5%. Penelitian ini

memberi gambaran bahwa sapi bali yang terdapat di Pulau Bali dan Nusa Penida

mengandung materi gentik yang hampir sama.

Hasil AMOVA menunjukkan bahwa keragaan pada 3 lokus yang

digunakan untuk sapi Bali yang terdapat di pulau Bali dan Nusa Penida berbeda

nyata dengan taraf perbedaan 3%. Hal ini menunjukkan bahwa sapi bali yang

terdapat di Pulau Bali dan Pulau Nusa Penida berbeda.

Hasil aanlisis tiga lokus mikrosatelit yang digunakan menunjukkan nilai

laju inbreeding total (Fit) (0.141) pada kedua populasi sapi bali. Laju Inbreeding

yang tinggi akan cenderung menghilangkan variasi genetik. Hal ini tidak

diharapkan, jika variasi genetik yang hilang tersebut adalah variasi genetik yang

menguntungkan.

Sapi bali masih terus dikembangkan dan ditingkatkan produktivitasnya,

baik yang ada di Pulau Bali maupun di luar daerah yang diketahui sebagai daerah

tempat pengembangan sapi bali. Sapi bali yang terdapat di daratan Nusa Penida

ditetapkan sebagai wilayah pembibitan dan pemurnian sapi bali. Rendahnya nilai

keragaman dalam populasi juga bisa disebabkan oleh penggunaan jumlah lokus

yang terbatas. Jumlah lokus yang digunakan dalam penelitian ini adalah 3 lokus.

Menurut FAO (2011) jumlah lokus yang sebaiknya digunakan untuk

mengidentifikasi keragaman genetik pada sapi adalah 30 lokus mikrosatelit.

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Berdasarkan DNA mikrosatelit sapi bali memiliki derajat heterosigositas

yang tinggi. Lokus INRA037, ETH225, dan SPS115 memiliki keragaman yang

tinggi. Berdasarkan hasil analisis variasi molekuler dapat disimpulkan bahwa sapi

bali yang terdapat di Pulau Bali dan Pulau Nusa Penida berbeda.

10

Saran

Sebaiknya perlu dilakukan penelitian mengenai keragaman DNA

mikrosatelit pada wilayah pengembangan sapi bali di Indonesia dengan

menambahkan jumlah lokus yang digunakan. Selain itu pengaturan pola

perkawinan harus disesuaikan dengan target pemuliaan yang ingin dicapai.

Penggunaan jantan untuk kawin juga harus diatur dengan baik.

DAFTAR PUSTAKA

Abdullah MAN. 2008. Karakterisasi genetik sapi aceh menggunakan analisis

keragaman fenotipik, daerah D-Loop DNA mitokondria dan DNA

mikrosatelit [disertasi]. Bogor (ID):Institut Pertanian Bogor.

Allendorf FW, Luikart G, Aitken SN. 2013. Conservation and The Genetics of

Populations. 2th ed. UK (GB): Wiley-Blackwel.

Amstrong E, Postiglioni1 A, Martínez A, Rincón1 G and Vega-Pla J L. 2006.

Microsatellite analysis of a sample of Uruguayan Creole bulls (Bos

taurus). J Genet Mol Biol. 29(2):267-272.

Arora R, Bhatia S, Jain A 2010. Morphological and genetic characterization of

Ganjam sheep. J Anim. Genet. Resour. 46:1- 9.

Bennet P. 2000. Microsatellites. J Clin Pathol Mol. Pathol 53:177-183.

[DGLS] Directorate Generale of Livestock Services. 2003. National report on

animal genetic resources in Indonesia. Directorate Generale of Livestock

Services, Directorate of Livestock Breeding (ID).

[Ditjennak] Direktorat Jenderal Peternakan. 2002. Buku Statistik Peternakan

Tahun 2002. Direktorat Jenderal Bina Produksi Peternakan. Jakarta (ID).

Departemen Pertanian.

[FAO] Food and Agriculture Organization of the United Nations. 2011. Moleculer

Genetic Characterization of Animal Genetic Resource. ISAG-FAO

recommended microsatelite markers. Hal 68-69.

Javanmard A, Asadazadeh N, Banabazi MH, Tavakolian J. 2005. The allele and

genotype frequencies of bovine pituitary specific transcription factor and

leptin genes in Iranian cattle and buffalo populations using PCR-RFLP. J

Iranian Biotechnol. 3: 104-108.

Lan DP, Duy ND, Nguyen TB, Le QN, Nguyen VB, Tran TT, Tran XH, Vu CC,

Haja N, Kadarmideen. 2003. Assessment of genetic diversity and

structure of Vietnam indigineus cattle population by microsatellite. J

Lives Sci. 155:17-22.

Marson EP, Ferraz JBS, Meirelles FV, Balieiro JCC, Eler JP, Figuerido LGG,

Mourao GB. 2005. Genetic characterization of European-Zebu composite

bovine using RFLP markers. J Genet Mol Res. 4: 496-505.

Masudana I W. 1990. Perkembangan sapi Bali di Bali dalam sepuluh tahun

terakhir (1980- 1990). Proceeding Seminar Nasional Sapi Bali. Denpasar,

20-22 September 1990. Denpasar (ID) : Fakultas Peternakan Universitas

Udayana. Hlm A-11-A-30.

Muladno. 2002. Teknik Rekayasa Genetika. Bogor (ID) : Pustaka Wirausaha

Muda

11

Muladno. 2006. Aplikasi teknologi molekuler dalam upaya peningkatan

produktivitas hewan. Pelatihan Teknik Diagnostik Molekuler untuk

Peningkatan Produksi Peternakan dan Perikanan di Kawasan Timur

Indonesia. Kerjasama Pusat Studi Ilmu Hayati, Lembaga Penelitian dan

Pemberdayaan Masyarakat Institut Pertanian Bogor dan Direktorat

Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas, Bogor (ID).

Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Ed Ke-2. Bogor (ID): IPB Pr.

[NRC] National Research Council. 1983. Little-Known Asian Animals with a

Promising Economic Future. Washington, D.C (US): National Academic

Press.

Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York (US):

Oxford University Pr.

Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. New York (US): Columbia

University Pr.

Oka IGL, Darmadja D. 1996. History and development of Bali Cattle. Proceeding

seminar on Bali Cattle, a special spesies for the dry tropics, held by

Indonesia Australia Eastern University Project (IAEUP), 21 September

1996. Bukit Jimbaran, Bali (ID) : Udayana University Lodge

Payne W J A, Rollinson DHL. 1973. Bali cattle. J World Anim. Rev. 7: 13-21.

Peakall R, Smouse O. 2012. GenAlEx 6.5: Genetic analysis in Excel. Population

genetic software for teaching and research – an update. J Bioinformatics.

28: 1-3.

Pelt-Verkuil, van E, Belkum van A, Hays JP. 2008. Principles and Technical

Aspects of PCR Amplification. Netherlands (NL): Springer.

Purwantara B, Noor RR, Anderson G, Rodriguez-Martinez H. 2012. Banteng and

Bali cattle in Indonesia: status and forecasts. Reprod Dom Anim.

47(1):2-6. doi: 10.1111/j.1439-0531.2011.01956.x.

Radko A, Rychlik T. 2009. Use of blood group tests and microsatellite DNA

markers for parentage verification in a population of Polish Red-and-

White cattle. J Anim Sci. 9(2):119–125.

Sambrook J, Fritsch EF, Medrano JF. 1989. Molecular Cloning: a Laboratory

Manual. 2th ed. New York (US): Cold Spring Harbor Laboratory Pr.

Sastradipradja, D. 1990. Potensi internal sapi Bali sebagai salah satu sumber

plasma nutfah untuk menunjang pembangunan peternakan sapi potong

dan ternak kerja secara nasional. Procceding Seminar Nasional Sapi Bali.

Denpasar, 20-22 September 1990. Denpasar (ID) : Fakultas Peternakan

Universitas Udayana. Hal A-47–A54.

Soldatovic B, Stanimirovic Z, Vucinic M, Djokic D, Vucicevic M. 1994:

Robertsonian fusion in a Simmental cow-bull mother (part II). J Acta

Veterinaria. 44:(173–178).

Talib C. 2002. Sapi Bali di daerah sumber bibit dan peluang pengembangannya.

Wartazoa 12(3):100-107.

Tambasco DD, Paz CCP, Tambasco-Studart M, Pereira AP, Alencar MM, Freitas

AR, Coutinho LL, Packer IU, Regitano CA. 2003. Candidate genes for

growth traits in beef cattle crosses Bos taurus x Bos indicus. J Anim

Breed Genet. 120: 51-56.

12

Vucinic M, Soldatovic B, Stanimirovic Z. 1996. Robertsonian translocation T1/29

in the bovine karyotype. Strategia and Faculty of Veterinary Medicine

University of Belgrade, Belgrade, Serbia, 1–163. (in Serbian).

Weber J L. 1990, Informativeness of Human (dCdA) n.(dG-dT)n polymorphisms.

J Genomics. 7:(524-530).

13

LAMPIRAN

Lampiran 1 lokus berdasarkan Genebank

B.taurus microsatellite (ETH225)

GenBank: Z14043.1

LOCUS Z14043 189 bp DNA linear MAM 13-JUL-1992

DEFINITION B.taurus microsatellite (ETH225).

ACCESSION Z14043

VERSION Z14043.1 GI:572

KEYWORDS microsatellite.

SOURCE Bos taurus (cattle)

ORGANISM Bos taurus

Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;

Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia;

Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos.

REFERENCE 1 (bases 1 to 189)

AUTHORS Steffen,P., Eggen,A., Dietz,A.B., Womack,J.E., Stranzinger,G. and

Fries,R.

TITLE Isolation and mapping of polymorphic microsatellites in

cattle

JOURNAL Unpublished

REFERENCE 2 (bases 1 to 189)

AUTHORS Fries,R.

TITLE Direct Submission

JOURNAL Submitted (09-JUL-1992) Ruedi Fries, Animal Science, Swiss

Federal

Institute of, Technology, ETH-Zentrum, TAN D1, Zurich, CH-

8092,

Switzerland

FEATURES Location/Qualifiers

source 1..189

/organism="Bos taurus"

/mol_type="genomic DNA"

/db_xref="taxon:9913"

/chromosome="U2"

/clone="ETH225"

repeat_region 43..78

14

ORIGIN

1 gatcaccttg ccactatttc ctccaacata tgtgtgtgcg tgcacacaca cacacacaca

61 cacacacaca cacacacatg atagccactc ctttctctaa tgccacagaa ttacacagtc

121 aactctctag tagcagctgg ctgtcatgtg tcatttggca atatccatat cttcccccct

181 Tgctgtaaa

B.taurus microsatellite sequence INRA037

GenBank: X71551.1

LOCUS X71551 164 bp DNA linear MAM 23-OCT-2008

DEFINITION B.taurus microsatellite sequence INRA037.

ACCESSION X71551

VERSION X71551.1 GI:535800

KEYWORDS microsatellite.

SOURCE Bos taurus (cattle)

ORGANISM Bos taurus

Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;

Euteleostomi, Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria;

Cetartiodactyla; Ruminantia;

Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos.

REFERENCE 1 (bases 1 to 164)

AUTHORS Vaiman,D., Mercier,D., Moazami-Goudarzi,K., Eggen,A.,

Ciampolini,R., Lepingle,A., Velmala,R., Kaukinen,J.,

Varvio,S.L., Martin,P. et al.

TITLE A set of 99 cattle microsatellites: characterization, synteny

mapping, and polymorphism

JOURNAL Mamm. Genome 5 (5), 288-297 (1994)

PUBMED 7545949

REFERENCE 2 (bases 1 to 164)

AUTHORS Vaiman,D.

TITLE Direct Submission

JOURNAL Submitted (20-APR-1993) D. Vaiman, Laboratoire de Gloique

Biochimique, INRA-CRJ Domaine de Vilvert, 78352 Jouy-en-

Josas

Cedex, FRANCE

FEATURES Location/Qualifiers

source 1..164

/organism="Bos taurus"

/mol_type="genomic DNA"

/db_xref="taxon:9913"

/cell_line="lymphocytes"

repeat_region 1..164

15

/standard_name="microsatellite INRA037"

ORIGIN

1 gatcctgctt atatttaacc accatgtatg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgcatgcatg

61 acgctcagtc tggattgtag cctccaagtt tctctctcca tggaattttc caggcaagaa

121 tcctggagtg ggttgttgtt tccttctcca ggggatcctc taga

Bos taurus isolate SC06 microsatellite SPS115 sequence

GenBank: FJ828564.1

FASTA Graphics PopSet

Go to:

LOCUS FJ828564 255 bp DNA linear MAM 07-

FEB-2011

DEFINITION Bos taurus isolate SC06 microsatellite SPS115 sequence.

ACCESSION FJ828564

VERSION FJ828564.1 GI:226433860

KEYWORDS .

SOURCE Bos taurus (cattle)

ORGANISM Bos taurus

Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;

Euteleostomi;

Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla;

Ruminantia;

Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos.

REFERENCE 1 (bases 1 to 255)

AUTHORS Feng,D., Zhao,H., Luo,Y. and Han,J.

TITLE Species specific alleles at three microsatellite loci in yak

and

cattle

JOURNAL Gansu Nong Ye Da Xue Xue Bao 45 (4), 22-27 (2010)

REFERENCE 2 (bases 1 to 255)

AUTHORS Feng,D. and Han,J.

TITLE Direct Submission

JOURNAL Submitted (15-MAR-2009) CAAS-ILRI Joint Laboratory on

Livestock and

Forage Genetic Resources, Institute of Animal Science,

Chinese

Academy of Agricultural Sciences (CAAS), No. 2, Yuan Ming

Yuan Xi

Lu, Haidian District, Beijing 100193, China

FEATURES Location/Qualifiers

16

source 1..255

/organism="Bos taurus"

/mol_type="genomic DNA"

/isolate="SC06"

/db_xref="taxon:9913"

/clone="1"

/country="China: Tibet, Sibu"

repeat_region 1..255

/rpt_type=tandem

/rpt_unit_range=41..76

/rpt_unit_seq="ca"

/satellite="microsatellite:SPS115"

ORIGIN

1 aaagtgacac aacagcttct ccagagcatc tccaatatct cacacacaca cacacacaca

61 cacacacaca cacacataca cacacacaca tctcattcct ctagtgtctt ttgcctttaa

121 agaaaaaaaa aactaagcag atcaacatgg gatctccttt ttgtagattt atagaaaggg

181 ttcctttgtt gcgcactcac ttgtaagaaa atgagacaaa aacgtgaaac ccacagccaa

241 actaggacac tcgtt

17

Lampiran 2 Hasil perhitungan AMOVA

Data Sheet 1 sampel sapi bali1.

Data Title data mikrosatelite sapi bali nawal

Jumlah sampel 95

Jumlah Populasi 2

Jumlah region 1

No. Permutations

999 No. PW Pop

Permutations 999

Hasil Tabel AMOVA

Sumber

Derajat

Bebas

Jumlah

Kuadrat

Kuadrat

Tengah

Estimasi

Keragaman %

Diantara Populasi 1 6.749 6.749 0.084 3%

Dalam Populasi 93 258.387 2.778 2.778 97%

Total 94 265.137

2.862 100%

Stat Value P(rand >= data)

PhiPT 0.029 0.003

Among Pops3%

Within Pops97%

Percentages of Molecular Variance

18

Lampiran 3 Hasil flouresen

Sinyal fluoresen yang dihasilkan menunjukkan hasil amplifikasi DNA

mikrosatelit dengan menggunakan marker SPS115

19

RIWAYAT HIDUP

Penulis lahir di Cirebon pada tanggal 20 April 1993. Penulis adalah anak

dari pasangan Anis Hamzah Alhiyed dan Sofiah Alatas. Penulis merupakan anak

kedua dari 2 bersaudara yaitu Fatimmah Tuzahro. Penulis mengawali pendidikan

sekolah dasar pada tahun 1999 di SD Negeri Lawu Asih dan menyelesaikan

sekolahnya pada tahun 2005. Selanjutnya penulis melanjutkan pendidkan ke

tingkat pertama pada tahun 2005 di SMPN 2 Cirebon dan selesai pada tahun 2008.

Penulis melanjutkan pendidikan di SMA Muhammadiyah Cirebon dari tahun

2008 hingga 2011.

Penulis diterima di Institut Pertanian Bogor pada tahun 2011 melalui jalur

SNMPTN Tulis dan diterima di Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi

Peternakan, Fakultas Peternakan. Selama menjadi mahasiswa, Penulis

mendapatkan Beasiswa Bidik Misi dari DIKTI. Selama menjadi mahasiswa

penulis aktif di berbagai organisasi mahasiswa, sebagai Bendahara di Keluarga

Allawiyin IPB 2011-2013. Sebagai pengurus Divisi Eksternal 2012-2013 dan

Ketua Divisi Internal 2013-2014 di Himpunan Mahasiswa Peternakan

(HIMAPROTER), sebagai Ketua Divisi Internal KSPR 2013-2014, sebagai

pengurus divisi Budaya, Olahraga dan Seni di Ikatan Kekeluargaan Cirebon

(IKC), sebagai Ketua Teater Kandang Fapet 2013-2014. Penullis juga menjadi

juara 1 baca puisi di Cowboy Show Time 2015. Penulis juga menjadi juara 1

tahun 2014 dan juara 2 tahun 2015 lomba lari estafet Dekan Cup. Penulis juga

pernah mengikuti Program Kreativitas Mahasiswa tahun 2013 Bidang Karsa Cipta

yang didanai DIKTI yang berjudul Sistem Informasi dan Manajemen Cattle (SIM-

C) dalam Rangka Seleksi untuk Meningkatkan Kualitas Ternak di Indonesia.

Penulis juga merupakan Duta Promosi IPB tahun 2014-2015. Penulis juga pernah

mengikuti lomba karya tulis ilmiah di Fapet IPB dan di UMY. Penulis juga aktif

mengikuti berbagai macam kepanitiaan baik di Fakultas Peternakan, di Institut

Pertanian Bogor maupun di luar kampus. Dalam bidang akademik, penulis pernah

mengikuti Seleksi Mahasiswa Berprestasi di tingkat Departemen (2013) dan di

tingkat Fakultas (2014). Penulis juga pernah menjadi Asisten Praktikum mata

kuliah Teknologi Pengolahan Daging pada tahun 2014.