commit to user - · PDF fileshalawat kepada Nabi Muhammad SAW. ... Tonang Dwi Ardianto, dr.,...

perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id

commit to user

i

DISERTASI

PENGARUH POLIMORFISME GEN INTERFERON-γ +874T/A DAN

GEN INTERLEUKIN-10 -1082G/A TERHADAP KONVERSI

BIAKAN SPUTUM PASIEN TB-MDR SUKU JAWA

Peminatan: Manajemen Penyakit Tropis dan Infeksi

HARSINI

NIM T501108004

PROGRAM STUDI ILMU KEDOKTERAN (S-3)

PROGRAM PASCASARJANA

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA

2016


commit to user

ii

MOTTO

Janganlah takut untuk melangkah, karena jarak 1000 mil dimulai dengan langkah

pertama.

Pendidikan bukan merupakan sesuatu yang diterima, melainkan sesuatu yang

didapatkan.


commit to user

iii

PENGARUH POLIMORFISME GEN INTERFERON-γ +874T/A DAN

GEN INTERLEUKIN-10 -1082G/A TERHADAP KONVERSI

BIAKAN SPUTUM PASIEN TB-MDR SUKU JAWA

Peminatan: Manajemen Penyakit Tropis dan Infeksi

DISERTASI

Untuk memperoleh gelar Doktor

Dalam Program Studi Ilmu Kedokteran Jenjang S-3

Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret

Oleh:

H A R S I N I

NIM T501108004

PROGRAM STUDI ILMU KEDOKTERAN (S-3)

PROGRAM PASCASARJANA

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA

2016


commit to user

iv

PERNYATAAN ORISINILITAS

Yang bertanda tangan di bawah ini :

Nama : HARSINI

NIM : T501108004

Mahasiswa : Program Studi Ilmu Kedokteran (S-3) Fakultas Kedokteran UNS

Dengan ini menyatakan bahwa :

1. Disertasi saya yang berjudul “PENGARUH POLIMORFISME GEN

INTERFERON-γ +874T/A DAN GEN INTERLEUKIN-10 -1082G/A

TERHADAP KONVERSI BIAKAN SPUTUM PASIEN TB-MDR SUKU

JAWA” adalah Karya Ilmiah asli dan belum pernah diajukan untuk

mendapatkan Gelar Akademik Doktor di perguruan tinggi manapun.

2. Disertasi ini adalah murni ide, rumusan dan hasil penelitian saya, serta

dilakukan tanpa bantuan orang lain, kecuali oleh Tim Promotor dan

Narasumber.

3. Dalam disertasi ini tidak terdapat karya atau pendapat yang telah ditulis atau

dipublikasikan oleh orang lain, kecuali secara tertulis dicantumkan sebagai

acuan dalam naskah dengan disebutkan nama pengarang dan judul aslinya

serta dicantumkan sebagai daftar pustaka.

4. Pernyataan ini dibuat dengan sesungguhnya dan apabila dikemudian hari

terdapat penyimpangan dan ketidakbenaran dalam pernyataan ini maka saya

bersedia menerima sanksi akademik berupa pencabutan gelar yang telah saya

peroleh dan sanksi lain sesuai norma yang berlaku di Universitas Sebelas

Maret.

Surakarta, Mei 2015

Yang membuat pernyataan

HARSINI


commit to user

v


commit to user

vi

HALAMAN PENETAPAN PANITIA PENGUJI

Ketua Penguji: Prof. Drs. Sutarno, M.Sc.Ph.D

Anggota Penguji:

1. Prof. Dr. Mohammad Furqon Hidayatullah, M.Pd.

2. Prof. Dr. Hartono, dr., M.Si.

3. Prof. Dr. Suradi, dr., Sp.P.(K), M.A.R.S.

4. Prof. Dr. Bambang Purwanto, dr., Sp.P.D-KGH, FINASIM.

5. Prof. Dr. Ambar Mudigdo, dr., Sp.P.A.(K).

6. Prof. Dr. Harsono Salimo, dr., Sp.A.(K).

7. Prof. Bhisma Murti, dr., M.P.H., M.Sc., Ph.D.

8. Dr. Reviono, dr., Sp.P.(K).

9. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D.

10. Dr. Erlina Burhan, dr., Sp.P.(K)


commit to user

vii

UCAPAN TERIMA KASIH

Saya panjatkan segala puji hanya kepada Allah SWT dan salam serta

shalawat kepada Nabi Muhammad SAW. Puji syukur saya panjatkan ke hadirat

Allah SWT atas segala rahmat, karunia, hidayah dan anugerah nikmat sehat dan

sempat yang telah dilimpahkan kepada saya sehingga dapat menyelesaikan

disertasi ini. Banyak bimbingan, masukan, arahan, dorongan, nasihat dan bantuan

moril dan materiil mulai dari persiapan dan selama pendidikan, persiapan

penulisan dan ujian proposal, persiapan dan pelaksanaan penelitian, serta

penulisan laporan penelitian disertasi ini. Semoga disertasi ini dapat berguna dan

bermanfaat bagi pendidikan kedokteran khususnya dan kesehatan pada umumnya.

Oleh karena itu, perkenankan saya menghaturkan banyak terima kasih dan

perhargaan yang setinggi-tingginya kepada yang terhormat:

1. Prof. Dr. Ravik Karsidi, M.S., selaku Rektor Universitas Sebelas Maret yang

telah memberikan izin dan fasilitas selama pendidikan di Program Studi Ilmu

Kedokteran (PSIK)/ (S-3) di Universitas Sebelas Maret sampai selesai

penyusunan disertasi ini.

2. H. Bibit Waluyo, selaku Gubernur Jawa Tengah (saat itu) yang telah

memberikan izin belajar untuk menempuh pendidikan di Program Studi Ilmu

Kedokteran (PSIK)/ (S-3) di Universitas Sebelas Maret.

3. Ganjar Pranowo, S.H., selaku Gubernur Jawa Tengah (saat ini), yang telah

memberikan izin belajar untuk menempuh pendidikan di Program Studi Ilmu



commit to user

viii

4. Prof. Dr. Mohammad Furqon Hidayatullah M.Pd., selaku Direktur Program

Pascasarjana Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah memberikan izin

dan fasilitas selama pendidikan di Program Studi Ilmu Kedokteran (S-3) di

Universitas Sebelas Maret, hingga penyusunan disertasi ini.

5. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.P.D-KR, FINASIM, selaku Dekan

Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret (saat itu) atas kesempatan

yang diberikan kepada saya untuk mengikuti pendidikan di Program Studi

Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3) di Universitas Sebelas Maret.

6. Prof. Dr. Hartono, dr., M.Si, selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas

Sebelas Maret (saat ini) atas kesempatan yang diberikan kepada saya untuk

mengikuti pendidikan di Program Studi Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3) di

Universitas Sebelas Maret.

7. R. Basoeki Soetardjo, drg., M.M.R., selaku Direktur RSUD Dr. Moewardi

(saat itu) yang telah memberikan izin dan selalu mendorong serta memberi

semangat untuk belajar di Program Studi Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3) di

Universitas Sebelas Maret.

8. Endang Agustinar, dr., M.Kes., selaku Direktur RSUD Dr. Moewardi (saat

ini) yang memberi izin untuk menyelesaikan belajar di Program Studi Ilmu


9. Prof. Dr. Suradi, dr., Sp.P.(K), M.A.R.S., Guru Besar Pulmonologi dan

Kedokteran Respirasi Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret selaku

Ketua Program Studi Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3) (saat ini) dan Promotor

yang banyak memberikan bimbingan dan pengarahan serta tambahan

wawasan keilmuan dalam penulisan disertasi ini. Beliau selaku Promotor yang


commit to user

ix

sarat dengan kesibukan dan berbagai tugas yang diembannya, selalu

meluangkan waktu membimbing, mengoreksi dan memberikan saran

perbaikan dalam penelitian ini.

10. Prof. Dr. A. Guntur Hermawan, dr., Sp.P.D-KPTI, FINASIM (almarhum),

Guru Besar Ilmu Penyakit Dalam Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas

Maret selaku Ketua Program Studi Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3) (saat awal

pendidikan) dan Ko Promotor I (saat itu) yang selalu mendorong, dan

membimbing sehingga saya dapat menyelesaikan proposal dan penelitian.

Beliau telah dipanggil Yang Maha Kuasa sehingga tidak dapat menyaksikan

saya dalam menyelesaikan disertasi. Semoga arwah beliau di terima di sisi

Allah SWT.

11. Dr. Reviono, dr., Sp.P.(K), Wakil Dekan II Fakultas Kedokteran Universitas

Sebelas Maret sebagai Ko Promotor, teman sekantor di Kelompok Staf Medis

(KSM) Paru yang selalu membimbing, memberi saran dan masukan dalam

penulisan disertasi ini.

12. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D., sebagai Ko Promotor yang membimbing,

memberi semangat, memberi saran dan masukan dalam penulisan disertasi ini.

13. Dr. Erlina Burhan, dr., Sp.P.(K), Kepala Divisi Infeksi dan Dosen

Pulmonologi dan Kedokteran Respirasi Fakultas Kedokteran Universitas

Indonesia/ RSUP Persahabatan selaku narasumber dan penguji yang banyak

memberi saran dan masukan demi perbaikan penulisan disertasi ini.

14. Prof. Bhisma Murti, dr., M.P.H., M.Sc., Ph.D., Guru Besar Ilmu Kesehatan

Masyarakat Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta selaku


commit to user

x

Konsultan dalam Metodologi Penelitian, khususnya dalam rancangan dan

analisis statistik, serta dengan sabar memberi bimbingan kepada saya.

15. Seluruh penguji saya Prof. Drs. Sutarno, M.Sc, Ph,D Prof. Dr. Bambang

Purwanto, dr., Sp.P.D-KGH, FINASIM; Prof. Dr. Ambar Mudigdo, dr.,

Sp.P.A.(K); Prof. Dr. Harsono Salimo, dr., Sp.A.(K) yang telah menguji saya

sehingga saya dapat menyelesaikan tahapan pendidikan S-3.

16. Seluruh staf pengajar di Program Studi Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3)

Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret: Prof. Dr. Suroto, dr.,

Sp.S.(K); Prof. Dr. Aris Sudiyanto, dr., Sp.K.J.(K); Prof. Dr. Syamsulhadi, dr.,

Sp.K.J.(K); Paramasari Dirgahayu, dr., Ph.D., dan banyak nama yang tidak

mungkin saya sebutkan satu persatu di Program Studi Ilmu Kedokteran

(PSIK)/ (S-3) Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret, selaku

narasumber yang telah memberikan ilmu dan wawasan yang sangat

bermanfaaf bagi pendidikan saya.

17. Tonang Dwi Ardianto, dr., Sp.P.K., Ph.D., selaku Sekretaris Program Studi

Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3) Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas

Maret (saat itu) yang telah banyak membantu dalam masalah administrasi

pendidikan S-3.

18. Dr. Risya Cilmiaty, drg., M.Si., Sp.K.G., selaku Sekretaris Program Studi

Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3) Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas

Maret (saat itu) yang telah banyak membantu dalam masalah administrasi

pendidikan S-3.

19. Semua teman sejawat di Kelompok Staf Medis (KSM) Paru RSUD Dr.

Moewardi/ Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret, antara lain Dr.


commit to user

xi

Eddy Surjanto, dr., Sp.P.(K); Yusup Subagio Sutanto, dr., Sp.P.(K); Ana

Rima, dr., Sp.P.(K); Jatu Aphridasari, dr., Sp.P.(K); Farih Raharjo, Sp.P.;

Dewi Markabah , dr., Sp.P. atas semua bantuan, dorongan dan kerjasamanya,

sehingga saya dapat menyelesaikan pendidikan S-3.

20. Teman-teman seperjuangan angkatan pertama tahun 2011 di Program Studi

Ilmu Kedokteran(PSIK)/ (S-3) Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas

Maret: Dr. Trisulo Wasyanto, dr., Sp.J.P.(K), FIHA yang telah lulus lebih

dahulu; Bambang Sutopo, dr., Sp.P.D-KGEH; Eriana Melinawati, dr.,

Sp.O.G.(K); Hanis Setiono, dr., Sp.B.S.; Heru Prianto, dr., Sp.O.G.(K); Ida

Nurwati, dr., M.Kes.; Retno Setyaning, dr., Sp.K.F.R.(K); Rita Budiarti, dr.,

Sp.Rad.(K-Onk); Setyo Anton, dr., Sp.U; Siswarni, dr., Sp.K.F.R.(K);

Tangkas Sibarani, dr., Sp.O.T. dan Widyanti, dr., Sp.B.(K-Onk), semoga

semua dapat segera menyelesaikan pendidikan Program Studi Ilmu

Kedokteran (PSIK)/ (S-3)-nya.

21. Keponakan saya Vitri Widyaningsih, dr., M.P.H. beserta keluarga yang telah

banyak memberi masukan pada analisis data penelitian ini.

22. Diding Heri P, dr., Sp.P.D., M.Si. yang telah banyak memberi masukan

penulisan disertasi ini.

23. Semua guru saya sejak dari Sekolah Dasar, Sekolah Menengah Pertama dan

Sekolah Menengah Atas, semua Dosen saya di Fakultas Kedokteran

Universitas Sebelas Maret, di Program Pendidikan Dokter Spesialis Paru dan

Kedokteran Respirasi Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret, atas

semua ilmu yang telah diberikan kepada saya.


commit to user

xii

24. Pimpinan Balai Laboratorium Kesehatan (BLK) Semarang dan semua stafnya

atas kesediaan membantu memeriksa sampel dahak untuk pemeriksaan biakan

dan Pimpinan Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Universitas

Sebelas Maret beserta semua stafnya atas kesediaan membantu memeriksa

sampel darah untuk polimorfisme gen Interferon-γ dan Interleukin-10.

25. Semua PPDS-1 Paru baik yang lulus maupun yang belum lulus terutama

Helena, dr., Sp.P.; Novita Eva, dr., Sp.P.; Zakiah, dr., Sp.P.; Lulu

Anggraini,dr ., Sp.P.; Mahendra, dr., Sp.P.; Dicky, dr.; Bobby, dr.; Moniqa,

dr.; Sammy, dr., dan semua yang tidak dapat disebut satu persatu atas

bantuannya selama ini sehingga saya dapat menyelesaikan pendidikan

Program Studi Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3).

26. Karyawan KSM Paru (Mas Waluyo, Mas Arief, Mbak Yamti, Mbak Anita,

Mbak Nanda), KNCV (Dr. Ratna Ekasari, M.Kes, Mas Dinding), Mas Harnoko,

Mbak Tri dan perawat di TB-MDR yang senantiasa membantu saya dalam

menyelesaikan pendidikan Program Studi Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3).

27. Almarhum Bapak dan Ibu atas perjuangannya membesarkan saya, almarhum

Bapak dan Ibu mertua, berkat doa mereka yang telah dikabulkan oleh Allah

sehingga saya dapat menyelesaikan pendidikan Program Studi Ilmu

Kedokteran (PSIK)/ (S-3).

28. Suami saya tercinta yang telah mendampingi saya di saat suka maupun duka,

selalu ikhlas memberikan waktu untuk bersama dan selalu mendorong dalam

menyelesaikan pendidikan saya mulai dari S-1, Spesialis dan S-3. Dia dengan

keikhlasan dan kesabaran banyak membantu, menemani, mengasuh dan

membimbing ketiga anak saya.


commit to user

xiii

29. Ketiga anak saya yang saya sayangi, selalu membuat saya merasa ringan dan

mendorong saya agar segera menyelesaikan pendidikan Program Studi Ilmu

Kedokteran (PSIK)/ (S-3) sehingga waktu yang tersita akan kembali lagi

seperti semula.

30. Semua pihak dan handai taulan serta sejawat, perawat maupun pasien yang

tidak dapat saya sebut satu persatu, yang secara langsung maupun tidak

langsung telah ikut serta membantu dalam menyelesaikan disertasi ini

Akhirnya saya sebagai manusia tidak mungkin lepas dari kesalahan dan

khilaf baik dalam ucapan, tindakan maupun perbuatan selama saya menempuh

pendidikan Program Studi Ilmu Kedokteran (PSIK)/ (S-3). Maka dari itu pada

kesempatan ini saya mohon maaf yang sebesar-besarnya dan setulus-tulusnya.

Surakarta, Januari 2016

Penulis

H A R S I N I


commit to user

xiv

SUMMARY

The Influence of Interferon-γ +874T/A and Interleukin-10 -1082G/A Gene

Polymorphisms to Culture Conversion Among Javanese MDR-TB Patient.

Multidrug Resistant Tuberculosis (TB-MDR) is Mycobacterium

tuberculosis (M. tuberculosis) which is resistance to isoniasid (INH) and

rifampicine (R) all together with or without resistance to other anti TB drugs. The

clinical manifestations are influenced by host factors such as age, immune

reponse, malnutrition, co-morbidities, and genetic factor aside influenced from M.

tuberculosis bacterial factor and environment. The influence of genetic factor is

also can be seen from the TB morbidity rate acording to race, ethnicity, and

family. The relationships between genetic host factor and M. tuberculosis

infection susceptibility have been proven before.

The role of interferon-γ is to emphasize the phagocytosis potency of M.

tuberculosis infected macrophage by stimulating the production of phagolisosom.

The body defence mechanism to tuberculosis is significantly influenced by the

disturbance or decrease activity of Th1 and cytokines such as interferon-γ. The

essential role of interferon-γ is to provide protection to tuberculosis. Interferon-γ

has the effect in controlling the intracellular M. tuberculosis growth. The host

immune status is reflected from the balance and imbalance condition of Th1 and

Th2 cytokines which can influence clinical manifestation. The interleukin-10

1082G/A gene polymorphism correlated with the increase production of

interleukin-10 in T cells and monocytes. Interleukin-10 1082G/A polymorphism

is higher in TB patients while IL-10 -819C/T and -592C/A polymorphism have

correlation with asthma.

The objective of this study was to determine the influence of interferon-γ

+874 T/A, interleukin-10 -1082 G/A and the combination of both gene

polymorphisms culture conversion in Javanese MDR-TB patients.


commit to user

xv

This study was a prospective and retrospective cohort non experimental

clinical study. The DNA were extracted from the EDTA blood samples using

High Pure PCR Template Preparation kit (Roche). The DNA samples were then

used to examine the interferon-γ polymorphisms using specific PCR sequence

with primary couple which has been published by Pravica that are 5’-TCA ACA

AAG CTG ATA CTC CA-3’, sense +874T 5’-TTC TTA CAA CAC AAA ATC

AAA TCT-3’, dan sense +874A: 5’-TTC TTA CAA CAC AAA ATC AAA

TCA-3’. Polymorphisms in IL-10 -1082 which have been identified by using

specific alelle in PCR that has been described by Pravica. Primary (antisense:

5’-GGC AGT GGT GTA CCC TTG TAC AGG TGA TGT GA-3’; sense -

1082: 5’- CCT TTA CCC CGA TTT CAT TA-3’). Sputum cultures were

examined by MGIT method and Lowenstein Jensen. This study has been

granted ethical clearance by ethical clearance committee of medical faculty of

Sebelas Maret University surakarta/ Dr. Moewardi hospital. This study was

conducted in Programmatic Management Drug Resistance of Tuberculosis

(PMDT) in Dr. Moewardi Hospital from January 2011 until April 2014. The

total MDR-TB patients were 179, however, only 120 patients included

according to inclusion criteria and filled informed consent. The patients who

were included were examined for +874 T/A Interferon-γ gene polymorphism

and -1082 G/A Interleukin-10 gene polymorphism, sputum culture every

month, and were observed until the culture conversion appeared. The

disposition of the 120 patients who were obtained in this study were 6 patients

died during observation, 7 patients were dropped out, 46 were mono-resistant

with R resistance and 61 patients were confirmed MDR-TB patients. The mean

age of the MDR-TB patient was a little bit higher than R resistance patients

(42,0±10,9 versus 40±12,6) but it was not statistically significant. In this study

we got 36 out of 61 MDR-TB patients (59.0%) had previous anti-TB treatment

especially category 2, a little bit higher than Rifampicine resistance patients

which were 27 out of 46 patients (58.7%) but this was also not statistically

significant. The gender frequency between male and female variable was not

statistically significant as well. The frequency of BMI < 18.5 results in this

study was higher than R-Resistanance group (72.1% vs 67.4%) but it was not


commit to user

xvi

statistically significant also. There were also no statistically significant

differences based on gender, mean age, and previous history of anti-TB drugs

between MDR-TB patients and R resistance patients .

The results of +874 T/A Interferon-γ gene polymorphism examination, we

found the A/A genotype was the most genotype found in MDR-TB and R

resistance patients, followed by T/A and T/T genotype . Thirty one patients out of

sixty one MDR-TB patients (50.8%) with BMI < 18.5 had A allele (OR= 0.76;

95% CI: 0.295-1.956; p= 0.569). While in R resistance patients we found 29 out

of 46 patients (63.0%) with BMI < 18.5 had A allele (OR= 2.30; 95% CI: 0.978-

5.421; p= 0.054).

The results of -1082 G/A Interleukin-10 gene polymorphism examination,

we found the G/A genotype was the most genotype found in MDR-TB and R

resistance patients, followed by A/A and G/G genotype .Thirty nine patients out

of sixty one MDR-TB patients (50.8%) with BMI < 18.5 had A allele (OR= 1.60;

95% CI: 0.713-3.610; p= 0.252). While in R resistance patients we found 28 out

of 46 patients (60.9%) with BMI < 18.5 had A allele (OR= 1.62; 95% CI: 0.529-

4.979; p= 0.396).

The results showed that +874 A/A Interferon-γ gene polymorphisms were

higher in MDR-TB patients than R resistance patients (OR=2,0; 95% CI: 0,661-

6,086; p= 0,219). Allele A from +874 Interferon-γ were higher than allele T (OR=

1,51; 95% CI: 0,846-2,693; p= 0,163) (Table 5.4). Genotype G/A of -1082

Interleukin-10 were the most genotype found in MDR-TB patients than in R

resistance patients (OR= 2,38, 95% CI: 0,209-27,188, p= 0,485). The combination

of genotype A of +874 Interferon-γ and genotype G of -1082 Interleukin-10 were

the most genotype combination found than others combination (OR= 2,19;

95%CI: 0,660-1,072; p= 0,208). Allele -1082A Interleukin-10 were higher than

allele -1082G Interleukin-10 (OR=1,29; 95%CI: 0,748-2,220; p=0,360). The

allele combination of +874A Interferon-γ and genotype A of -1082G Interleukin-

10 were higher in MDR-TB patients than R resistance patients (OR=2,0;

95%CI:0,682-5,865; p=0,207).


commit to user

xvii

Survival analysis was done using cox regression and presented in Kapplan

Meier graphic and proportional hazard (PH) to determine the comparisson of

conversion acceleration between the groups.

The survival analysis showed there was no connection between +874

interferon-γ genotype to sputum culture conversion. Patients with -1082 A/A

interleukin-10 genotype needed longer time to sputum culture conversion than

G/A and G/G genotype (HR= 1,61; 95% CI: 0,785 - 3,281 ; p= 0,195). Patients

with mix genotype +874 A/A interferon-γ and -1082 A/A interleukin-10 needed

the longest time to sputum culture conversion (HR= 2,88; 95% CI: 1,030 – 8,028;

p= 0,040) followed by +874 T/A interferon-γ and -1082 G/A interleukin-10

(HR=1,069; 95% CI: 1,069-4,950; p= 0,030). Patients with mix genotype +874

T/T interferon-γ and -1082 G/A interleukin-10 needed the shortest culture

conversion time (HR= 0,441; 95% CI: 0,223-0,870; p=0,018). Patients with allele

+874A Interferon-γ had nearly the same conversion time with allele +874T

Interferon-γ (HR=1,08; 95%CI: 0,704-1,468; p=0,930). Patients with allele -

1082A interleukin-10 needed longer culture conversion time than allele -1082G

interleukin-10 (HR=1,16; 95%CI: 0,809-1,669; p=0,417). Patients with allele

+874T interferon-γ and -1082A interleukin-10 had the longest culture conversion

time (HR=1,11; 95%CI: 0,694-1,876; p=0,704). Patients with allele +874A

interferon-γ and -1082G interleukin-10 had the shortest culture conversion time

(HR=0,81; 95%CI: 0,505-1,302; p=0,387).

The conclusion was no influence of +874 T/A Interfeon-γ gene

polymorphism to culture conversion of Javanese MDR TB patients. There was

influence of -1082 G/A Interleukin-10 gene polymorphism to culture conversion

of MDR TB patients. There were influence of +874 T/A Interferon-γ and -1082

G/A gene polymorphism to culture conversion of Javanese MDR-TB patients.


commit to user

xviii

ABSTRAK

Pengaruh Polimorfisme Gen Interferon-γ +874T/A danGen Interleukin-10 -

1082G/A terhadap Konversi Biakan Sputum Pasien TB-MDR Suku Jawa

Ekspresi Interferon-γ dipengaruhi oleh SNP +874 dan Interelukin-10 oleh

SNP -1082. Interferon-γ dan Interleukin-10 berperan penting pada tuberkulosis.

Dengan dasar ini bahwa polimorfisme Interferon-γ +874 dan Interleukin-10 -

1082 berpengaruh pada konversi biakan sputum pasien TB-MDR

Tujuan penelitian untuk mengetahui pengaruh polimorfisme gen

Interferon-γ +874T/A and Interleukin-10 -1082G/A terhadap konversi biakan

sputum pasien TB-MDR suku Jawa.

Metode penelitian kohor retrospekstif dan prospektif non intervensional

dengan pengambilan total sampling. Data klinik dan epidemiologi dikumpulkan

dan diikuti sampai terjadi konversi biakan sputum. Darah subyek diambil 6 cc

untuk periksa polimorfisme Interferon-γ +874T/A and Interleukin-10 -1082G/A

dengan PCR. Penelitian adalah suspek TB-MDR yang berobat di RSUD Dr

Moewardi dari Januari 2011 sampai April 2014. Semua diikutidan dievaluasi

sampai terjadi konversi biakan sputum.

Dalam periode penelitian, 179 pasien suspek TB MDR, memenuhi kriteria inklusi

dan bersedia menandatangani informed consent 120 orang. Dari 120 orang

tersebut 7orang drop out dan 6 meninggal selama observasi, .61pasien

terkonfirmasi sebagai TB-MDR dan 46 pasien terkonfirmasi resisten Rifampicin

saja. Genotipe A/A, T/A, dan T/T utk SNP Interferon-γ +874 ditemukan pada 27,

21, 13, pasien. Genotipe A/A, G/A, dan G/G utk SNP Interleukin-10 -1082

ditemukan pada 10, 50, 1, pasien. Genotipe A/A utk Interferon-γ ditemukan

paling banyak pada pasien TB-MDR dibandingkan resisten-R (OR: 2,01, 95% CI:

0,661-6,086, p:2,19). Genotipe G/A utk IL-1nterleukin -1082 ditemukan paling

banyak pada pasien TB-MDR dibandingkan resisten-R (OR: 2,38, 95% CI:0,209-

27,188, p:0,485). Pasangan genotipe Interferon-γ +874A/A dan Interleukin-10-

1082G/A paling banyak dibanding pasangan genotipe yang lain (OR= 2,11;

95%CI: 0,660-46,734; p= 0,208). Pasien dengan campuran genotipe Interferon-γ

+874 A/A dan Interleukin-10 -1082 A/A ditemukan perlu waktu konversi biakan


commit to user

xix

sputum paling lama (HR= 2,88; 95% CI: 1,030 – 8,028; p= 0,040).Pasien dengan

campuran genotipe Interferon-γ +874 T/T dan Interleukin-10 -1082G/A

ditemukan memiliki waktu konversi biakan paling cepat (HR= 0,441; 95% CI:

0,223-0,870; p=0,018).

Polimorfisme gen Interleukin-10 -1082G/A berpengaruh pada konversi

biakan sputum dan Polimorfisme Interferon-γ +874 A/A dan Interleukin-10 -

1082A/A berpengaruh memperlambat konversi biakan sputum dan Polimorfisme

Interferon-γ +874 T/T dan Interleukin-10 -1082G/A berpengaruh mempercepat

konversi biakan sputum

Kata Kunci : TB-MDR, Interferon-γ, Interleukin-10, konversi biakan.


commit to user

xx

ABSTRACT

The Influence of Interferon-γ+874T/A and Interleukin-10 -1082G/A Gene

Polymorphisms to Culture Conversion Among Javanese MDR-TB Patient.

Interferon-γ expression was influenced by SNP +874, and interleukin-10

by SNP -1082. As we know, interferon-γ & interleukin-10 have important roles

in Tuberculosis. Based on this fact, polimorfism of interferon-γ +874 and

interleukin-10 -1082 are assumed have roles in MDR-TB, especially in sputum

culture conversion.

The objective of this study was to find out the influence of interferon-γ

+874T/A and interleukin-10 -1082G/A gene polymorphisms to the sputum culture

conversion of Javanese MDR-TB patients.

This clinical non-interventional retrospective and prospective cohort study

were conducted from January 2011 to April 2014 in Central Java with total

sampling technique. Epidemiology and clinical data of patients were collected

including their sputum conversion status and being analyzed. Blood sample was

taken for interferon-γ and interleukin-10 polimorfism examination molecularly

using PCR methods. This study involved outpatients MDR TB suspected in

Moewardi hospital from January 2011 until April 2014. All MDR TB suspected

were being evaluated since early detection until sputum culture conversion.

During the study period of January 2011 to April 2014, 179 patients with

suspected MDR met the inclusion criteria and 120 patients willing to sign the

informed consent. Seven of the 120 patients drop out and 6 patients died during

the observation, 61 patients were confirmed as MDR TB and 46 patients

confirmed resistant to Rifampicin alone. Genotype of +874 A/A, T/A and T/T

SNP interferon-γ was found in 27,21,13, patients. Genotype of -1082 A/A, G/A

and G/G SNP interleukin-10 was found in 10, 50, 1, patients. Genotype of A/A

interferon-γ was found in the most patients with MDR-TB compared resistant R

(OR=2.0, 95% CI: 0.661 -6.086, p=0.219). Genotype of -1082 G/A interleukin-10

was found most widely in MDR-TB patients compared to resistant-R (OR=2.38,


commit to user

xxi

95% CI: 0.209 to 27.188, p=0.485). The pair of +874 A/A interferon-γ gene and -

1082 G/A interleukin-10 was found most widely than other genotypes partner

(OR = 2.11; 95% CI: 0.660 to 46.734; p = 0.208). Patients with mixed genotypes

of +874 A/A interferon-γ and -1082 A/A interleukin-10 took the longest sputum

culture conversion (HR = 2.88; 95% CI: 1.030 -8.028; p = 0.040). Patients with

mixed genotypes of +874 T/T Interferon-γ and -1082 G/A Interleukin-10 have the

fastest time culture conversion (HR = 0.441; 95% CI: 0.223 to 0.870; p = 0.018).

The conclusion there was influence of -1082 G/A Interleukin-10 gene

polymorphism to culture conversion of MDR TB patients. There were influence

of +874 T/T Interferon-γ and -1082 A/A Interleukin-10 gene polymorphism to

decelerate culture conversion and +874 T/T Interferon-γ and -1082 G/A

Interleukin-10 gene polymorphism to accelerate the culture conversion of

Javanese MDR-TB patients.

Keywords: Multi Drugs Resistant Tuberculosis, Interferon-γ, Interleukin-10,

culture conversion


commit to user

xxii

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL .............................................................................. i

MOTTO ................................................................................................. ii

HALAMAN SAMPUL DALAM ........................................................... iii

PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS ....... iv

HALAMAN PENGESAHAN DISERTASI........................................... v

HALAMAN PENETAPAN PANITIA PENGUJI ................................ vi

UCAPAN TERIMA KASIH .................................................................. vii

SUMMARY ............................................................................................ xiv

ABSTRAK .............................................................................................. xviii

DAFTAR ISI .......................................................................................... xxii

DAFTAR GAMBAR .............................................................................. xxvi

DAFTAR TABEL .................................................................................. xxvii

DAFTAR SINGKATAN ........................................................................ xxviii

BAB 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang .................................................................. 1

1.2 Kebaruan dan Keaslian Penelitian ...................................... 3

1.3 Rumusan Masalah .............................................................. 5

1.4 Tujuan Penelitian ............................................................... 5

1.5 Manfaat Penelitian ............................................................. 6


commit to user

xxiii

BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Mycobacterium tuberkulosis .............................................. 7

2.2 Tuberkulosis ...................................................................... 9

2.3 Imunitas Alamiah terhadap M. tuberculosis ....................... 11

2.4 Imunitas Adaptif terhadap M.tuberculosis .......................... 17

2.4.1. Peran Interferon-γ pada infeksi M.tuberculosis ......... 19

2.4.2. Peran Interleukin-10 pada infeksi M.tuberculosis ..... 22

2.5 Multi Drug ResistantTuberkulosis (TB-MDR) ................... 26

2.5.1. Faktor yang mempengaruhi terjadinya resistensi ...... 27

2.5.2. Pengobatan TB-MDR ............................................... 32

2.6 Konversi Biakan Sputum ................................................... 35

2.7 Polimorfisme Gen Interferon-γ pada Tuberkulosis ............ 38

2.8 Polimorfisme Gen Interleukin-10 pada Tuberkulosis .......... 38

BAB 3 KERANGKA KONSEPTUAL DAN HIPOTESIS PENELITIAN

3.1 Kerangka Konseptual ......................................................... 40

3.2 Hipotesis Penelitian ........................................................... 42

BAB 4 MATERI DAN METODE PENELITIAN

4.1 Rancangan Penelitian ......................................................... 43

4.2 Populasi, Sampel, Besar Sampel, dan Tehnik Pengambilan

Sampel ............................................................................... 43

4.2.1 Populasi Penelitian .................................................... 43

4.2.2 Sampel Penelitian ...................................................... 43

4.2.3 Cara Pengambilan Sampel ......................................... 43


commit to user

xxiv

4.2.4 Besar Subyek Penelitian ............................................ 44

4.2.5 Pemilihan Subyek Penelitian ..................................... 44

4.2.6 Kriteria Inklusi, Eksklusi dan Diskontinyu ............... 44

4.3 Variabel Penelitian ............................................................. 45

4.3.1 Klasifikasi Penelitian ................................................. 45

4.3.2 Definisi Operasional Variabel ................................... 45

4.4 Bahan Penelitian ................................................................ 46

4.5 Instrumen Penelitian .......................................................... 47

4.6 Lokasi dan Waktu penelitian .............................................. 47

4.6.1 Lokasi penelitian ....................................................... 47

4.6.2 Waktu penelitian ....................................................... 48

4.7 Prosedur pengambilan atau pengumpulan Data ................. 48

4.7.1 Pencatatan Subyek Penelitian .................................... 48

4.7.2 Tehnik Pemeriksaan .................................................. 48

4.8 Cara Pengolahan dan Analisis Data .................................... 50

4.9 Alur penelitian ................................................................... 51

BAB 5 HASIL PENELITIAN

5.1. Data Penelitian ................................................................... 52

5.2. Analisis dan Hasil Penelitian ............................................ 56

5.2.1. Analisis hubungan antara polimorfisme gen

Interferon-γ +874 dan gen Interleukin-10 -1082

dengan kerentanan TB-MDR Subyek TB-MDR

dengan subyek Resisten Rifampisin ...................... 56


commit to user

xxv

5.2.2. Analisis survival polimorfisme gen Interferon-γ

+874 dan gen Interleukin-10 -1082 pasien TB-

MDR dan resisten Rifampisin .............................. 59

BAB 6 PEMBAHASAN

6.1. Karakteristik ...................................................................... 61

6.2. Hubungan antara polimorfisme Interferon -γ +874 dan

Interleukin -10-1082(frekuensi gen) dengan kerentanan

TBMDR............................................................................. 62

6.3. Hazard Ratio gen Interferon-γ +874, gen Interleukin-10 -

1082 dan gen Campuran terhadap waktu konversi biakan... 65

6.4. Nilai Kebaruan .................................................................. 67

BAB 7 PENUTUP

7.1. Kesimpulan ........................................................................ 69

7.3. Saran ................................................................................. 69

DAFTAR PUSTAKA ................................................................................ 70

LAMPIRAN .............................................................................................. 86


commit to user

xxvi

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1. Struktur Dinding Sel M. tuberculosis ...................................... 8

Gambar 2.2. PRRs dalam pengenalan M.tuberculosis dan jalur signaling ... 13

Gambar 2.3. Proses Fagositosis M. tuberculosis oleh makrofag .................. 16

Gambar 2.4. Imunitas adaptif terhadap infeksi M. tuberculosis ................... 19

Gambar 3.1. Kerangka Konseptual ............................................................. 41

Gambar 4.1. Alur penelitian ....................................................................... 51


commit to user

xxvii

DAFTAR TABEL

Tabel 2.1 Pengelompokan OAT ............................................................... 35

Tabel 5.1 Karakteristik berdasar jenis kelamin, riwayat OAT, IMT dan

BMI TB-MDR dan subyek resisten R ...................................... 53

Tabel 5.2 Distribusi frekuensi subyek TB-MDR dan subyek resisten R

berdasarkan Polimorfisme gen Interferon-γ +874 ...................... 54

Tabel 5.3 Distribusi frekuensi subyek TB-MDR dan subyek resisten R

berdasarkan Polimorfisme gen Interleukin-10 -1082 ................. 55

Tabel 5.4 Hubungan frekuensi gen terhadap kejadian TB-MDR antara

subyek TB-MDR dengan subyek resisten R (Res R) ................. 57

Tabel 5.5 Distribusi pasangan genotipe Interferon-γ +874 dengan

Interleukin-10 -1082 ................................................................. 58

Tabel 5.6 Hazard Ratio polimorfisme gen Interferon-γ +874, dan

Interleukin-10 -1082 Serta alel Interferon-γ +874, dan

Interleukin-10 -1082 terhadap waktu konversi biakan kuman

M.tuberculosis pada pasien TB-MDR ....................................... 60

Tabel 6.1. Distribusi polimorfisme gen Interleukin-10 -1082 pada pasien

tuberculosis dan kontrol dari beberapa negara di dunia ............. 64


commit to user

xxviii

DAFTAR SINGKATAN

AIDS : Aquired Immun Deficiency Syndrome

Am : Amikasin

Amx/Clv : Amoxycillin / Asam Clavulanat

APC : Antigen Presenting Cell

BACTEC : Batlle Area Clearence and Training Equipment

BAL : Bronchoalveolar lavage

BB : Berat Badan

Be : B efector

BLK : Balai Laboratorium Kesehatan

BMI : Body Mass Index

BTA : bakteri tahan asam

CCR : Chemokine (C-C motif) receptor

CD : Cluster differentation

Cfz : Clofazimin

CI : Confident Interval

Clr : Clarithromycin

Cm : Capreomycin

CMI : Cell-mediated immunity

CR : Complement receptor

CTL : Cytotoxic T lymphocytes

Cs : Cycloserine

DC : Dendritic Cell


commit to user

xxix

DC-SIGN : dendritic cell-specific intercellular adhesion molecule-3-

grabbing non-integrin

DIH : Drug induced hepatitis

DM : Diabetes Melitus

DNA : Deoxyribonucleic acid

DOTS : Directly observed treatment shortcourse

DST : Drug Sensitivity Test

DTH : Delayed-type hypersnsivity

E : Ethambutol

ECDC : Early Childhood Development Center

EDTA : Etylena Diamina Tetraacetat Acid

ESAT-6 ; Early secreted antigenic target-6

Eto : Ethionamide

FasL : Fas Ligan

FasR : Fas Receptor

GM-CSF : Granulocyte-macrophage colony stimulating factor

GTP : Guanosine triphosphatase

HIV : Human immunodeficiency virus

HLA : Human leukocyte antigen

HR : Hazard ratio

IFN : Interferon

Ig : Imunoglobulin

IMT : Indeks Massa Tubuh

IL : Interleukin


commit to user

xxx

INH : Isoniaside

IP : Induced Protein

Ipm : Imipenem

kDa : kilo Dalton

Km : Kanamycin

LAM : Lipoarabinomannan

Lfx : Levofloxacin

LJ : Lowenstein-Jensen

LM : Lipomannan

Lzd : Linezolid

Man-LAM : Mannose-capped lipoarabinoman

Mfx : Moxifloxacin

MGIT : Mycobacterium Growth Indicator Tube.

MHC : Major histocompatibility complex

MPI : Phosphatidyl-myo-inositol

MR : Mannose receptor

M.tuberculosis : Mycobacterium tuberculosis

MyD88 : Myeloid differentiation primary response gene 88

NK : Natural killer

NF-kB : Nucleus Factor-kB

NLR : NOD like receptor

NOD : Nucleotide binding oligomerization-domain

OAT : Obat anti tuberkulosis

OR : Odds Ratio


commit to user

xxxi

Ofx : Ofloxacin

PAS : Para Amino Salisilat

PAMP : Pattern associated molecular pattern

PBMCs : Peripheral blood mononclear cells

PCR : Polymerase chain reaction

PDPI : Perhimpunan Dokter Paru Indonesia

PI3P : Phophatidyl inositol-3 phosphate

PILAM : Phosphoinositol lipoarabinomanan

PIM : Phosphatidylinositol mannosides

PKB : Protein kinase-B

PMDT : Programmatic Management of Drug Resistance

Tuberculosis

PPARγ : Peroxisome proliferator activated receptor gamma

PRR : Pattern recognition receptor

Pto : Prothionamide

R : Rifampicin

RNA : Ribo Nucleic Acid

RNI : Reactive nitrogen intermediate

ROI : Reactive oxygen intermediate

RSUD : Rumah Sakit Umum Daerah

SGOT : Serum glutamic oxaloacetic transaminase

SGPT : Serum glutamic piruvic transaminase

SNP : Single Nucleotida Polymorphysm

SPSS : Statistical package for social science


commit to user

xxxii

SP-A : Surfactant protein-A

TB : Tuberkulosis / Tuberculosis

TIR : Toll-IL-1 receptor

TB-MDR : Multidrug Resistant Tuberculosis

TB-XDR : Extremelly drug resistant tuberculosis

TDM : Trehalose dimycolate

TGF : Tumor growth factor

Th : T helper

TLR : Toll Like Receptor

TNF : Tumor Nucleus Factor

Treg : T regulator

TRAM : TRIP-related adapter molecule

TRIP : Toll interferon inducing factor

TSH : Tyroid stimulating hormon

UNS : Universitas Sebelas Maret

UV : Ultra violet

VDR : Vitamin D nuclear receptor

WHO : World Health Organization

Z : Pyrazinamide

commit to user - · PDF fileshalawat kepada Nabi Muhammad SAW. ... Tonang Dwi Ardianto, dr.,...

Documents

Transcript of commit to user - · PDF fileshalawat kepada Nabi Muhammad SAW. ... Tonang Dwi Ardianto, dr.,...