BBL Oxi/Ferm II Tube Biocode Manual - mibius · Avant d'utiliser le BBL Oxi/Ferm Tube II System,...

BBL Oxi/Ferm Tube II Biocode Manual

CM-212116.01 Rev.: July 2004

BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 of 45

BBL Oxi/Ferm II Tube Biocode Manual

Leitfaden zur Interpretation (Codebuch)

Manuel des biocodes

Manuale dei biocodici

Biocode Manual

Manual de Biocódigos

Biokodehåndbog

Biokodmanual

Εγχειρίδιο βιοκωδικών

Podręcznik kodów biologicznych

GB, DE, FR, IT, ES, PT, DK, SE, GR, PL

BD Diagnostic Systems Tullastrasse 8 – 12 D-69126 Heidelberg/Germany

CONTENTS / INHALT/ CONTENU/ CONTENUTO/ CONTENIDO/

INDHOLDSFORTEGNELSE/ INNEHÅLL/ ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ/ ZAWARTOŚĆ Pages/ Seiten/

Pagine/ Páginas/ Side/ Sidan/

Σελίδες/Strona IMPORTANT NOTES/ WICHTIGE HINWEISE/ REMARQUES IMPORTANTES/ NOTE IMPORTANTI/ NOTAS IMPORTANTES/ VIGTIGE OPLYSNINGER/ VIGTIGT/ ΣΗΜΑΝΤΙΚΕΣ ΣΗΜΕΙΩΣΕΙΣ/ WAŻNE UWAGI

3

BIOCODE DATABASE/ DATENBASIS/ BASE DES DONNÉES / BASE DATI DEI BIOCODICI/ BASE DE DATOS DEL BIOCÓDIGO/ BASE DE DADOS DE BIOCÓDIGOS/ BIOKODE DATABASE/ BIOKOD-DATABAS/ ΒΑΣΗ ∆Ε∆ΟΜΕΝΩΝ ΒΙΟΚΩ∆ΙΚΩΝ/ PODRĘCZNIKU KODÓW BIOLOGICZNYCH

4-20

APPENDIX 1: List of abbreviations used in the Biocode database…… Liste der Abkürzungen in der Biocode Datenbasis........................................... Liste des abréviations utilisées dans la base de données des biocodes....... Elenco delle abbreviazioni usate nella base dati dei biocodici……………….. Lista de abreviaturas utilizadas en la base de datos de biocódigo................. Lista das abreviaturas utilizadas na Base de dados de biocódigos................ Liste over forkortelser anvendt i biokode database.......................................... Lista på förkortningar som används i biokoddatabasen.................................. Λίστα συντµήσεων που χρησιµοποιούνται στη βάση δεδοµένων βιοκωδικών............................................................................................................ Lista skrótów stosowanych w bazie danych kodów biologicznych ...............

21 21 22 23 24 24 25 25 26 27

APPENDIX 2: Recommended procedures for confirmatory tests…….. Empfohlene Verfahren für die Bestätigungstests.............................................. Procédures recommandées pour les tests de confirmation…………………… Procedure raccomandate per i test di conferma…………………………………. Procedimientos recomendados para pruebas de confirmación...................... Procedimentos recomendados para a realização de testes de confirmação. Anbefalede procedurer til bekræftelsestests…………………………………….. Rekommenderade procedurer för bekräftande tester…………………………... Συνιστώµενες διαδικασίες για εξετάσεις επιβεβαίωσης................................... Zalecane procedury testów potwierdzających .................................................

28 29 31 32 34 35 37 38 40 41

APPENDIX 3: Availability of media and reagents needed for the performance of the confirmatory tests/ Verfügbarkeit von Medien und Reagenzien für die Durchführung der Bestätigungstests/ Disponibilité des milieux et des réactifs nécessaires pour réaliser les tests de confirmation/ Disponibilità dei terreni e reagenti necessari per l’esecuzione dei test di conferma/ Disponibilidad de los medios y reactivos necesarios para la realización de las pruebas de confirmación/ Apresentação dos meios e reagentes necessários para o desempenho de testes de confirmação/ Tilgængelighed af nødvendige medier og reagenser til udførelse af bekræftelsestests/ Tillgänglighet för medier och reagens som behövs för utförande av bekräftande tester/ ∆ιαθεσιµότητα υλικών καλλιέργειας και αντιδραστηρίων που χρειάζονται για την εκτέλεση των εξετάσεων επιβεβαίωσης/ Dostępność podłoży i odczynników niezbędnych do wykonania analizy wydajności testów potwierdzających

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BBL Oxi/Ferm Tube II Biocode Manual

CM-212116.00 Rev.: July 2003

CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 of 45

Important Notes: Before using the BBL Oxi/Ferm Tube II System, please read the Instructions for Use (IA-212116)! Abbreviations used in this manual are explained in APPENDIX 1. Wichtige Hinweise: Vor Verwendung des BBL Oxi/Ferm Tube II-Systems bitte die Gebrauchsanweisung (IA-212116) lesen! Die hier verwendeten Abkürzungen sind in APPENDIX 1 erklärt. Remarques importantes : Avant d'utiliser le BBL Oxi/Ferm Tube II System, veuillez lire son Mode d'emploi (Document IA-212116). Les abréviations utilisées dans ce manuel sont décrites dans l'Annexe 1. Note importanti Prima di usare il sistema BBL Oxi/Ferm Tube II , leggere le Istruzioni per l’uso (documento IA-212116)! Le abbreviazioni usate in questo manuale sono spiegate nell’APPENDICE 1. Notas importantes: Antes de utilizar el sistema BBL Oxi/Ferm Tube II, ¡lea las Instrucciones de uso! (documento IA-212116) Las abreviaturas utilizadas en este manual se explican en el APENDICE 1. Notas importantes: Antes de se utilizar o Sistema BBL Oxi/Ferm Tube II, ler as Instruções de utilização (Documento IA-212116)! As abreviaturas utilizadas neste manual estão explicadas no ANEXO 1. Vigtige oplysninger: Inden BBL Oxi/Ferm Tube II System anvendes, skal brugsanvisningen læses igennem (dokument IA-212116)! Forkortelserne i denne håndbog er forklaret i TILLÆG I. Viktigt: Läs igenom bruksanvisningen (dokument IA-212116) innan BBL Oxi/Ferm Tube II-systemet används! Förkortningarna som används i denna manual förklaras i BILAGA 1. Σηµαντικές σηµειώσεις: Πριν από τη χρήση του συστήµατος BBL Oxi/Ferm Tube II, διαβάστε την ενότητα “Οδηγίες χρήσης” (Έγγραφο IA-212116)! Οι συντµήσεις που χρησιµοποιούνται στο εγχειρίδιο αυτό επεξηγούνται στο ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ 1. Ważne uwagi: Przed użyciem systemu BBL Oxi/Ferm Tube II należy przeczytać Instrukcje stosowania (IA-212116)! Zastosowane skróty wyjaśniono w DODATKU 1.

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


Cat YPig DNA 00000 Acinetobacter lwoffii + - Kingella denitrificans L - - Empedobacter brevis L + + + Oligella urethralis L + - Sphingomonas paucimobilis L + + - Mot Plump

cocci

00001 Pasteurella multocida 45% - - Moraxella spp. 42% - + Pseudomonas spp. not Ps. aeruginosa +/ (-) Alcaligenes faecalis L + Mot 00002 Acinetobacter lwoffii - Pseudomonas alcaligenes L + Flagella 00003 Pseudomonas spp. not Ps. aeruginosa pol/ - Pseudomonas alcaligenes L pol Alcaligenes faecalis L peri 00004 Acinetobacter lwoffii Mot DNA TOB 00005 Moraxella spp. 44% - - S Shewanella putrefaciens 34% + + S Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter 19% + - R Bordetella bronchiseptica L + - S Oligella urethralis L - - S Mot 00006 Acinetobacter lwoffii 82% - Stenotrophomonas maltophilia 16% + Flagella YPig 00007 Bordetella bronchiseptica 27% peri - Myroides odoratus 24% - + Moraxella spp. 18% - - Alcaligenes spp. L peri - Delftia acidovorans L pol - Ochrobactrum anthropi L peri -/(+) YPig 00011 Brevundimonas diminuta 83% - Brevundimonas vesicularis 13% + 00012 Stenotrophomonas maltophilia Mot DNA 00013 Brevundimonas diminuta 56% + - Flavobacterium spp. 34% - v Shewanella putrefaciens 10% + + 00015 Shewanella putrefaciens 00016 Stenotrophomonas maltophilia 00017 Shewanella putrefaciens

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


00042 Stenotrophomonas maltophilia 00046 Stenotrophomonas maltophilia Cet Gel AMI 00103 Pseudomonas stutzeri 39% - - S Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 25% + - R

Pseudomonas fluorescens 9% + + S Mot McC DNA 00107 Sphingobacterium multivorum 45% - - - Achromobacter spp. 26% + + - Myroides odoratus 13% - + + Mot McC DNA 00113 Pseudomonas putida 42% + + R Flavobacterium spp. 38% - - R Brevundimonas diminuta 19% + - S 00115 Flavobacterium spp. Mot 00117 Pseudomonas putida 86% + Flavobacterium spp. 14% - 00123 Chryseobacterium meningosepticum 00141 Flavobacterium spp. 00147 Sphingobacterium multivorum 00161 Chryseobacterium meningosepticum 00165 Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter 00202 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus Cet 00203 Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 64% -

Pseudomonas stutzeri 31% - RUr Cet POL 00207 Achromobacter spp. 56% + - S Ralstonia pickettii 23% - - R Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 20% - + S

RUr 00247 Achromobacter spp. 89% + Brevundimonas diminuta 16% - NO3 00301 Pseudomonas stutzeri 84% + Brevundimonas diminuta 16% -

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


YPig 00302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus - Pseudomonas oryzihabitans L + Gel AMI TOB 00303 Pseudomonas fluorescens 47% + S R Pseudomonas putida 25% - S S Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 12% - R R

00305 Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter YPig 00306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus - Pseudomonas oryzihabitans L + RUr 00307 Ralstonia pickettii 63% - Achromobacter spp. 23% + 00313 Pseudomonas putida 00317 Pseudomonas putida 00342 Pseudomonas oryzihabitans L YPig 00346 Achromobacter spp. - Pseudomonas oryzihabitans L + RUr Cet AMI 00347 Achromobacter spp. 52% + - S Ralstonia pickettii 41% - - R Pseudomonas putida 7% - + S 00353 Pseudomonas putida 00365 Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter 00366 Achromobacter spp. 00401 Flavobacterium spp. 00403 Flavobacterium spp. 00407 Flavobacterium spp. 00411 Flavobacterium spp. 00413 Flavobacterium spp. 00417 Flavobacterium spp. 00421 Chryseobacterium meningosepticum 00441 Flavobacterium spp. 00501 Flavobacterium spp. 00503 Flavobacterium spp.

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


00541 Chryseobacterium meningosepticum L DNA 00543 Chryseobacterium meningosepticum 54% + Chryseobacterium indologenes 46% 1 Mot 01001 Brevundimonas vesicularis 67% + Pasteurella multocida 23% - 01003 Moraxella spp. 01005 Brevundimonas vesicularis L Mot YPig 01007 Moraxella spp. 79% - - Sphingobacterium multivorum 11% - + Achromobacter spp. 10% + - Comamonas testosteroni/terrigena L YPig ßhem 01011 Brevundimonas diminuta 60% - - Brevundimonas vesicularis 40% + - 01201 Brevundimonas vesicularis 01303 Achromobacter spp. Mot Flagella 02001 Moraxella spp. 51% - Alcaligenes faecalis 16% + Peri Pseudomonas stutzeri 15% + Pol Flagella 02003 Pseudomonas stutzeri 52% Pol Alcaligenes spp. 45% Peri Mot DNA 02005 Shewanella putrefaciens 46% + + Moraxella spp. 41% - - Alcaligenes faecalis 10% + - Mot 02007 Myroides odoratus 51% - Alcaligenes spp. 36% + Pseudomonas spp. 12% + 02011 Brevundimonas diminuta DNA 02013 Brevundimonas diminuta 88% - Shewanella putrefaciens 12% + 02015 Shewanella putrefaciens 02017 Shewanella putrefaciens Cet 02103 Pseudomonas stutzeri 88% - Achromobacter xylosoxidans subsp.

denitrificans 9% +

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


Mot 02107 Ralstonia pickettii 83% + Myroides odoratus 14% - 02141 Pseudomonas stutzeri Mot 02147 Ralstonia pickettii 85% + Myroides odoratus 14% - Cet 02203 Pseudomonas stutzeri 74% - Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 24% +

02301 Pseudomonas stutzeri Cet AMI POL 02303 Pseudomonas stutzeri 46% - S S Ralstonia pickettii 40% - R R Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 14% + R S

02307 Ralstonia pickettii 03001 Brevundimonas diminuta YPig 04001 Flavobacterium spp. + Pasteurella multocida L - 04002 Stenotrophomonas maltophilia 04003 Flavobacterium spp. Mot 04005 Sphingobacterium multivorum 54% - Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter 44% + YPig 04006 Stenotrophomonas maltophilia 83% + Achromobacter spp. 16% - Mot 04007 Bordetella bronchiseptica 69% + Sphingobacterium multivorum 26% - 04042 Stenotrophomonas maltophilia 04046 Stenotrophomonas maltophilia 04102 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus Mot 04106 Achromobacter spp. 53% + Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 47% - 04107 Sphingobacterium multivorum

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


Mot 04143 Chryseobacterium meningosepticum 79% - Achromobacter spp. 21% + 04147 Sphingobacterium multivorum 04202 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 04203 Achromobacter spp. 04302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus RUr 04303 Pseudomonas fluorescens 79% + Achromobacter spp. 21% 04306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 04323 Achromobacter spp. 04365 Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter YPig 04401 Pasteurella multocida 48% - Flavobacterium spp. 47% + 04501 Flavobacterium spp. TCBS 05001 Pasteurella multocida - Vibrio alginolyticus + 05002 Achromobacter spp. 05005 Sphingobacterium multivorum Mot 05007 Sphingobacterium multivorum 88% - Achromobacter spp. 12% + 05161 Aeromonas hydrophila 05171 Aeromonas hydrophila 05401 Pasteurella multocida Flagella 06003 Pseudomonas stutzeri 53% Pol Alcaligenes spp. 44% Peri 10000 Acinetobacter lwoffii Flagella 10001 Pseudomonas spp. 61% Pol Alcaligenes faecalis 23% Peri Mot 10002 Stenotrophomonas maltophilia 85% + Acinetobacter lwoffii 15% -

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


TOB Flagella 10003 Delftia acidovorans 32% R Pol Pseudomonas alcaligenes 20% S Pol Achromobacter xylosoxidans subsp.

denitrificans 13% Peri

10006 Stenotrophomonas maltophilia RUr Flagella 10007 Achromobacter xylosoxidans subsp.

denitrificans 34% - Peri

Delftia acidovorans 26% - Pol Bordetella bronchiseptica 17% + Peri 10012 Stenotrophomonas maltophilia 10013 Pseudomonas spp. not P. aeruginosa 10016 Stenotrophomonas maltophilia 10017 Shewanella putrefaciens AMI 10041 Burkholderia cepacia 59% R Brevundimonas diminuta 40% S 10042 Stenotrophomonas maltophilia YPig 10043 Burkholderia cepacia 65% - Stenotrophomonas maltophilia 32% + 10046 Stenotrophomonas maltophilia YPig 10047 Stenotrophomonas maltophilia 84% + Burkholderia cepacia 15% - 10052 Stenotrophomonas maltophilia 10056 Stenotrophomonas maltophilia 10057 Stenotrophomonas maltophilia 10101 Burkholderia cepacia 10102 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 10103 Burkholderia cepacia AMI CAR Flagella 10107 Burkholderia cepacia 37% R R Pol Pseudomonas mendocina 32% S S Pol Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 22% R S Peri

10123 Burkholderia cepacia 10143 Burkholderia cepacia

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


10147 Burkholderia cepacia 10203 Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans

10207 Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans

10302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus AMI CAR POL 10303 Burkholderia cepacia 30% R R R Pseudomonas putida 28% S S S Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 25% R S S

10306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus Cet AMI Flagella 10307 Pseudomonas putida 32% + S Pol Ralstonia pickettii 28% - R Pol Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 22% + R Peri

10317 Pseudomonas putida 10327 Burkholderia cepacia AMI 10343 Burkholderia cepacia 69% R Pseudomonas putida 31% S 10401 Vibrio parahaemolyticus 11101 Brevundimonas diminuta 11763 Vibrio cholerae L serol AMI Flagella 12001 Alcaligenes faecalis 63% v Peri Comamonas testosteroni/terrigena 14% S Pol Delftia acidovorans 10% R Pol Cet TOB 12003 Alcaligenes faecalis (odorans) 67% + S Alcaligenes faecalis 17% - S Achromobacter xylosoxidans subsp.

denitrificans 15% - R

12007 Alcaligenes spp. DNA 12013 Brevundimonas diminuta 81% - Shewanella putrefaciens 17% + 12017 Shewanella putrefaciens 12101 Pseudomonas stutzeri 12103 Pseudomonas mendocina

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


12117 Pseudomonas mendocina 12203 Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans

Cet 12207 Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 80% +

Ralstonia pickettii 20% - 12301 Pseudomonas stutzeri AMI 12303 Pseudomonas mendocina 55% S Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 37% R

Cet AMI TET 12307 Ralstonia pickettii 70% - R S Pseudomonas mendocina 20% + S S Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 10% + R R

12347 Ralstonia pickettii 12357 Pseudomonas putida 14002 Stenotrophomonas maltophilia 14003 Stenotrophomonas maltophilia 14006 Stenotrophomonas maltophilia Flagella 14007 Bordetella bronchiseptica Peri Delftia acidovorans L Pol 14012 Stenotrophomonas maltophilia 14042 Stenotrophomonas maltophilia 14046 Stenotrophomonas maltophilia 14047 Stenotrophomonas maltophilia 14102 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 14306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus Gel 14401 Plesiomonas shigelloides 87% - Vibrio parahaemolyticus 13% + 15021 Vibrio alginolyticus 15421 Vibrio alginolyticus

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


Gel AMI TOB 20103 Pseudomonas putida 68% - S S Pseudomonas fluorescens 17% + S S Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 11% - R R

42C TOB 20107 Pseudomonas putida 70% - S Pseudomonas fluorescens 12% - R Pseudomonas aeruginosa 10% + S 20143 Pseudomonas putida AMI 20203 Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 82% R

Pseudomonas putida 18% S 42C TOB 20303 Pseudomonas putida 48% - S Pseudomonas aeruginosa 29% + S Pseudomonas fluorescens 22% - R 42C TOB 20307 Pseudomonas aeruginosa 53% + S Pseudomonas putida 36% - S Pseudomonas fluorescens 11% - R 20313 Pseudomonas putida 20323 Pseudomonas aeruginosa 20327 Pseudomonas aeruginosa AMI 22103 Pseudomonas aeruginosa 62% S Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans 33% R

22303 Pseudomonas aeruginosa 22307 Pseudomonas aeruginosa 22323 Pseudomonas aeruginosa 22327 Pseudomonas aeruginosa 24107 Pseudomonas fluorescens 24303 Pseudomonas fluorescens 24307 Pseudomonas fluorescens 30003 Achromobacter xylosoxidans subsp.

denitrificans L

AMI Flagella 30007 Pseudomonas putida S Pol Bordetella bronchiseptica L S Peri Achromobacter xyl. subsp. denitrificans L R Peri

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


AMI CAR 30103 Pseudomonas mendocina 47% S S Pseudomonas putida 24% S R Burkholderia cepacia 20% R R 42C 30107 Pseudomonas mendocina 57% + Pseudomonas putida 29% - 30141 Burkholderia cepacia L 30203 Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans L

42C TOB 30303 Pseudomonas putida 65% - S Pseudomonas aeruginosa 21% + S Pseudomonas fluorescens 8% - R 42C 30307 Pseudomonas putida 52% - Pseudomonas aeruginosa 40% + 30313 Pseudomonas putida 42C 30317 Pseudomonas putida 89% - Pseudomonas aeruginosa 9% + 30323 Pseudomonas aeruginosa 30327 Pseudomonas aeruginosa 32007 Achromobacter xylosoxidans subsp.

denitrificans 67%

Alcaligenes spp. 28% 32103 Pseudomonas mendocina 32107 Pseudomonas mendocina 32113 Pseudomonas mendocina 32137 Pseudomonas aeruginosa 32143 Burkholderia pseudomallei serol 32147 Burkholderia pseudomallei serol 32163 Burkholderia pseudomallei serol 32203 Achromobacter xylosoxidans subsp.

xylosoxidans

32217 Pseudomonas aeruginosa 32303 Pseudomonas aeruginosa 32307 Pseudomonas aeruginosa 32313 Pseudomonas aeruginosa

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


32317 Pseudomonas aeruginosa 32323 Pseudomonas aeruginosa 32327 Pseudomonas aeruginosa 32333 Pseudomonas aeruginosa 32337 Pseudomonas aeruginosa 33307 Pseudomonas aeruginosa 42C 34307 Pseudomonas mendocina 66% + Pseudomonas fluorescens 34% - 34401 Plesiomonas shigelloides 34501 Plesiomonas shigelloides 34541 Plesiomonas shigelloides 36103 Pseudomonas mendocina 40001 Brevundimonas vesicularis 50% Sphingomonas paucimobilis 35% Mot 40003 Sphingomonas paucimobilis 59% + Flavobacterium spp. 36% - 40007 Achromobacter spp. Mot YPig 40011 Brevundimonas diminuta 56% + - Brevundimonas vesicularis 37% + + Flavobacterium spp. 7% - + 40101 Flavobacterium spp. Gel 40103 Pseudomonas fluorescens 72% + Pseudomonas putida 16% - 40141 Chryseobacterium meningosepticum 40201 Brevundimonas vesicularis ßhem 40302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus - Acinetobacter haemolyticus L + Gel 40303 Pseudomonas fluorescens 89% + Pseudomonas putida 11% - 40306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 40313 Pseudomonas putida

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


RUr 40347 Achromobacter spp. 75% + Pseudomonas putida 25% - 40401 Flavobacterium spp. 40403 Chryseobacterium indologenes DNA 40421 Chryseobacterium meningosepticum 86% + Chryseobacterium indologenes 10% - 40423 Flavobacterium spp. 40501 Flavobacterium spp. Mot DNA 40521 Chryseobacterium meningosepticum 71% - + Vibrio parahaemolyticus 15% + Chryseobacterium indologenes 14% - - 40567 Chryseobacterium indologenes 41347 Achromobacter spp. 41541 Chryseobacterium indologenes 44046 Achromobacter spp. 44102 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 44107 Achromobacter spp. 44302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 44303 Pseudomonas fluorescens 44306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 44326 Achromobacter spp. 44347 Achromobacter spp. 44523 Chryseobacterium meningosepticum 44561 Flavobacterium spp. 44571 Vibrio parahaemolyticus 45141 Aeromonas hydrophila 45161 Aeromonas hydrophila ßhem 45163 Aeromonas hydrophila + Aeromonas caviae - 45373 Aeromonas hydrophila 45173 Aeromonas hydrophila

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


45563 Aeromonas hydrophila 45571 Aeromonas hydrophila 45573 Aeromonas hydrophila 45575 Aeromonas hydrophila 50101 Burkholderia cepacia 50103 Burkholderia cepacia AMI CAR 50107 Burkholderia cepacia 68% R R Pseudomonas mendocina 14% S S Pseudomonas putida 10% S R 50143 Burkholderia cepacia 50302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus AMI TOB 50303 Pseudomonas fluorescens 50% S R Burkholderia cepacia 25% R R Pseudomonas putida 24% S S 50306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus Gel 50307 Pseudomonas fluorescens 55% + Pseudomonas putida 39% - 50323 Burkholderia cepacia AMI 50343 Burkholderia cepacia 68% R Pseudomonas putida 32% S AMI 50347 Pseudomonas putida 78% S Burkholderia cepacia 22% R 50501 Vibrio parahaemolyticus 50541 Vibrio parahaemolyticus Sali 50543 Vibrio vulnificus L + Vibrio cholerae L - serol 50560 Vibrio parahaemolyticus L 50561 Vibrio parahaemolyticus VP POL 51563 Vibrio cholerae L var var serol Vibrio mimicus L - S 52571 Vibrio parahaemolyticus

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


42C 54103 Pseudomonas mendocina 68% + Pseudomonas fluorescens 14% - 42C 54107 Pseudomonas mendocina 90% + Pseudomonas fluorescens 10% - 54160 Vibrio alginolyticus 54161 Vibrio alginolyticus 54306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus Gel 54401 Plesiomonas shigelloides 82% - Vibrio parahaemolyticus 18% + Gel 54441 Plesiomonas shigelloides 79% - Vibrio parahaemolyticus 21% + Gel 54501 Plesiomonas shigelloides 72% - Vibrio parahaemolyticus 28% + 54523 Vibrio alginolyticus Gel 54541 Plesiomonas shigelloides 68% - Vibrio parahaemolyticus 32% + 54543 Vibrio vulnificus L 54560 Vibrio parahaemolyticus L 54561 Vibrio parahaemolyticus 87% Vibrio alginolyticus 13% 54563 Vibrio alginolyticus 55131 Vibrio alginolyticus NOV 55161 Vibrio alginolyticus 74% S Aeromonas hydrophila 26% R NOV 55163 Aeromonas hydrophila 52% R Vibrio alginolyticus 48% S 55167 Aeromonas hydrophila NOV 55173 Aeromonas hydrophila 86% R Vibrio alginolyticus 14% S 55523 Vibrio alginolyticus 55543 Vibrio cholerae L serol

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


NOV 55561 Vibrio alginolyticus 56% S Aeromonas hydrophila 44% R NOV ONPG VP POL55563 Aeromonas hydrophila 71% R + + Vibrio alginolyticus 29% S - + Vibrio cholerae L serol + +/- R/S Vibrio mimicus L - S Aeromonas veronii bv. veronii L + + 55573 Aeromonas hydrophila 55761 Vibrio parahaemolyticus L 56571 Vibrio parahaemolyticus Gel 60103 Pseudomonas fluorescens 52% + Pseudomonas putida 48% - Gel 60303 Pseudomonas fluorescens 66% + Pseudomonas putida 34% - Gel 60307 Pseudomonas fluorescens 57% + Pseudomonas putida 43% - 60313 Pseudomonas putida 60517 Pseudomonas putida 62303 Pseudomonas putida 62307 Pseudomonas putida Col 64101 Chromobacterium violaceum L violet 65161 Aeromonas caviae L 65163 Aeromonas hydrophila 65167 Aeromonas hydrophila L Sali 65561 Aeromonas hydrophila + Aeromonas veronii bv. veronii bv.

sobria L -

65563 Aeromonas hydrophila 65571 Aeromonas hydrophila 65573 Aeromonas hydrophila 65575 Aeromonas hydrophila L

BIOCODE

ORGANISM

%

CF Tests


TET 70143 Burkholderia pseudomallei 88% S serol Burkholderia cepacia 8% R 70167 Burkholderia pseudomallei serol Gel 70303 Pseudomonas putida 65% - Pseudomonas fluorescens 33% + Gel 70307 Pseudomonas putida 74% - Pseudomonas fluorescens 25% + 70313 Pseudomonas putida 70317 Pseudomonas putida 70323 Burkholderia cepacia 70347 Pseudomonas putida 72003 Pseudomonas putida 72103 Pseudomonas mendocina 42C 72303 Pseudomonas mendocina 78% + Pseudomonas putida 22% - 42C 72307 Pseudomonas mendocina 78% + Pseudomonas putida 22% - 74541 Plesiomonas shigelloides 75163 Aeromonas hydrophila 75171 Aeromonas hydrophila 75366 Burkholderia cepacia L 75563 Aeromonas hydrophila 75766 Burkholderia cepacia L


APPENDIX 1 GB:

List of Abbreviations Used in the Biocode Database Abbreviation Explanation % Percent in the headline of the biocode database indicates likelihood in % 42C Growth at 42° C AMI Amicacin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) CAR Carbenicillin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) Cat Catalase (3% H2O2) Cet Cetrimide (Growth on Pseudosel Agar) CF Tests Confirmatory tests Col Colony coloration (non-diffusible pigment) on Trypticase Soy Agar after 2 to 3 days incubation at

optimal growth temperature DNA DNase Test (DNase Test Agar) Flagella Type of flagellation: either pol (polar) or peri (peritrichous) Gel Gelatinase L Profile number determined with limited number of strains only McC Growth on MacConkey II Agar Mot Motility NO3 Nitrate reduction to nitrite NOV Novobiocin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) ONPG ONPG reaction peri Peritrichous flagellation POL Polymyxin B (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) pol Polar flagellation R Resistant RUr Rapid Urease (18 to 24 h incubation) S Susceptible Sali Acid formation from salicin serol Confirm identification with serological tests ßhem Beta hemolysis on sheep blood agar (Columbia Agar + 5% Sheep Blood) TCBS Growth on TCBS Agar TET Tetracyclin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) TOB Tobramycin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) var Variable result (either + or -, R or S) possible VP Voges Proskauer reaction Ypig Yellow pigment on Trypticase Soy Agar

APPENDIX 1 DE:

Liste der Abkürzungen in der Biocode Datenbasis Abkürzung Erklärung % Prozent in der Kopfzeile der Biocode Datenbasis gibt die Wahrscheinlichkeit in % an. 42C Wachstum bei 42° C AMI Amicacin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) CAR Carbenicillin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) Cat Katalase (3% H2O2) Cet Cetrimid (Wachstum auf Pseudosel Agar) CF Tests Bestätigungstests Col Koloniefarbe (nicht ins Medium diffundierendes Pigment) auf Trypticase Soja Agar nach 2 bis 3

Tagen bei optimaler Wachstumstemperatur DNA DNase Test auf DNase Test Agar Flagella Typ der Begeißelung: entweder polar (pol) oder peritrich (peri) Gel Gelatinase L Profilnummer wurde nur mit begrenzter Anzahl von Stämmen bestimmt McC Wachstum auf MacConkey II Agar Mot Beweglichkeit NO3 Nitratreduktion zu Nitrit NOV Novobiocin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) ONPG ONPG Reaktion


Abkürzung Erklärung peri Peritriche Begeißelung POL Polymyxin B (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) pol Polare Begeißelung R Resistent RUr Schnelle Urease (Harnstoffspaltung innerhalb von 18 bis 24 h Bebrütung) S Empfindlich Sali Säurebildung aus Salicin serol Bestätigen Sie das Identifizierungs-ergebnis mit serologischen Tests ßhem Betahämolyse auf Schafblutagar (Columbia Agar + 5% Sheep Blood) TCBS Wachstum auf TCBS Agar TET Tetracyclin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) TOB Tobramycin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) var Variables Ergebnis (entweder + oder -, R oder S) möglich VP Voges-Proskauer Test Ypig Gelbes Pigment auf Trypticase Soy Agar

ANNEXE 1

FR: Liste des abréviations utilisées dans la base de données des biocodes

Abréviation Description % Dans le titre de la base de données des biocodes, pourcentage indiquant la probabilité 42C Croissance à 42 °C AMI Amikacine (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) CAR Carbénicilline (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) Cat Catalase (3 % H2O2) Cet Cétrimide (croissance sur Pseudosel Agar) CF Tests Tests de confirmation Col Coloration de colonie (pigment non diffusible) sur Trypticase Soy Agar après 2 à 3 jours

d'incubation à température optimale de croissance DNA Test DNase (DNase Test Agar) Flagella Type de flagelle : pol (polaire) ou peri (péritriche) Gel Gelatinase L Profil numérique déterminé avec un nombre limité de souches McC Croissance sur BD MacConkey II Agar Mot Motilité NO3 Réduction du nitrate en nitrite NOV Novobiocine (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) ONPG Réaction ONPG peri Flagelles péritriches POL Polymyxine B (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) pol Flagelles polaires R Résistant RUr Uréase rapide (18 à 24 h d'incubation) S Sensible Sali Formation d'acide à partir de la salicine serol Confirmer l'identification avec des tests sérologiques ßhem Bêta-hémolyse sur gélose au sang de mouton (Columbia Agar + 5% Sheep Blood) TCBS Croissance sur TCBS Agar TET Tétracycline (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) TOB Tobramycine (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) var Résultat variable (+ ou -, R ou S) possible VP Réaction de Voges-Proskauer Ypig Pigment jaune sur Trypticase Soy Agar


APPENDICE 1 IT:

Elenco delle abbreviazioni usate nella base dati dei biocodici Abbrevia-zione Spiegazione % Il segno di percento nell’intestazione della base dati dei biocodici indica le probabilità in %. 42C Crescita a 42 °C AMI Amicacina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) CAR Carbenicillina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) Cat Catalasi (3% H2O2) Cet Cetrimide (Crescita su agar Pseudosel) CF Tests Test di conferma Col Colorazione delle colonie (pigmento non diffusibile) su Trypticase Soy Agar dopo 2 – 3 giorni di

incubazione a temperatura ottimale per la crescita. DNA Test DNasi (agar per test DNasi) Flagella Tipo di distribuzione dei flagelli: pol (polare) o peri (peritrica) Gel Gelatinasi L Numero di un profilo determinato solo con un numero limitato di ceppi McC Crescita su agar MacConkey II Mot Motilità NO3 Riduzione di nitrato a nitrito NOV Novobiocina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) ONPG Reazione ONPG (2-nitrofenil-beta-D-galattopiranoside) peri Distribuzione peritrica dei flagelli POL Polimixina B (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) pol Distribuzione polare dei flagelli R Resistente RUr Ureasi rapida (18 – 24 h di incubazione) S Sensibile Sali Formazione di acido da salicina serol Confermare l’identificazione con test sierologici ßhem Beta emolisi su agar sangue di montone (Agar Columbia + 5% di sangue di montone) TCBS Crescita su agar TCBS TET Tetraciclina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) TOB Tobramicina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) var Possibile risultato variabile (+ o -, R o S) VP Reazione di Voges-Proskauer Ypig Pigmento giallo su Trypticase Soy Agar

APENDICE 1 ES:

Lista de abreviaturas utilizadas en la base de datos de biocódigo Abreviaturas Explicación % El porcentaje en el título de la base de datos del biocódigo indica la probabilidad en % 42C Crecimiento a 42 °C AMI Amikacina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) CAR Carbenicilina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) Cat Catalasa (H2O2 al 3%) Cet Cetrimida (crecimiento en agar Pseudosel) CF Tests Pruebas de confirmación Col La coloración de colonias (pigmento sin difusión) en agar de soja Trypticase después de 2 a 3 días

de incubación a una temperatura óptima para crecimiento DNA Prueba de DNasa (agar ensayo de DNasa) Flagella Tipo de flagelos: pol (polar) o per (perítrica) Gel Gelatinasa L Número de perfil determinado con un número limitado de cepas solamente McC Crecimiento en agar MacConkey II Mot Movilidad NO3 Reducción de nitrato a nitrito NOV Novobiocina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) ONPG Reacción ONPG peri Flagelación perítrica POL Polimixina B (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II)


Abreviaturas Explicación pol Flagelación polar R Resistente RUr Ureasa rápida (18 – 24 h de incubación) S Sensible Sali Formación de ácido a partir de salicina serol Confirmar la identificación con pruebas serológicas ßhem Beta-hemólisis en agar sangre de carnero (agar Columbia + sangre de carnero al 5%) TCBS Crecimiento en agar TCBS TET Tetraciclina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) TOB Tobramicina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) var Resultado variable (+ o -, R o S) posible VP Reacción de Voges Proskauer Ypig Pigmento amarillo en agar de soja Trypticase

ANEXO 1:

PT: Lista das abreviaturas utilizadas na Base de dados de biocódigos

Abreviatura Explicação % A percentagem no cabeçalho da base de dados de biocódigos indica a probabilidade em % 42C Crescimento a 42°C AMI Amicacina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) CAR Carbenicilina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) Cat Catalase (H2O2 a 3%) Cet Cetrimida (Crescimento em agar Pseudosel) CF Tests Testes de confirmação Col Coloração das colónias (pigmento não difusível) em agar de soja Trypticase após 2 a 3 dias de

incubação à temperatura ideal para crescimento DNA Teste DNase (Agar de teste DNase) Flagella Tipo de flagelação: pol (polar) ou peri (peritríquia) Gel Gelatinase L Número de perfil determinado com apenas um número limitado de estirpes McC Crescimento em agar de MacConkey II Mot Motilidade NO3 Redução de nitrato em nitrito NOV Novobiocina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) ONPG Reacção a ONPG peri Flagelação peritríquia POL Polimixina B (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) pol Flagelação polar R Resistente RUr Urease rápida (18 a 24 h de incubação) S Sensível Sali Formação ácida a partir da salicina serol Confirmar identificação com testes serológicos ßhem Beta-hemólise em agar de sangue de ovelha (Agar Columbia + sangue de ovelha a 5%) TCBS Crescimento em agar TCBS TET Tetraciclina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) TOB Tobramicina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) var Possível resultado variável (+ ou -, R ou S) VP Reacção Voges Proskauer Ypig Pigmento amarelo em agar de soja Trypticase


TILLÆG 1 DK:

Liste over forkortelser anvendt i biokodedatabasen Forkortelse Forklaring % Procentangivelse i overskriften i biokodedatabasen henviser til sandsynlighed udtrykt i % 42C Vækst ved 42 °C AMI Amicacin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) CAR Carbenicillin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) Cat Catalase (3 % H2O2) Cet Cetrimid (vækst på Pseudosel Agar) CF Tests Bekræftende tests Col Kolonifarvning (ikke-diffunderende pigment) på Trypticase Soy Agar efter 2 til 3 dages inkubation

ved optimal væksttemperatur DNA DNase Test (DNase Test Agar) Flagella Type flagellation: enten pol (polar) eller peri (peritrich) Gel Gelatinase L Profiltallene fastlægges kun med et begrænset antal stammer McC Vækst på MacConkey II Agar Mot Bevægelighed NO3 Nitratreduktion til nitrit NOV Novobiocin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) ONPG ONPG reaktion peri Peritrich flagellation POL Polymyxin B (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) pol Polar flagellation R Resistent RUr Rapid Urease (18 til 24 h inkubation) S Følsom Sali Syredannelse fra salicin serol Bekræft identifikation med serologiske tests ßhem Betahæmolyse på blodagar fra får (Columbia Agar + 5 % fåreblod) TCBS Vækst på TCBS Agar TET Tetracyclin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) TOB Tobramycin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) var Variabelt resultat (enten + eller -, R eller S) er mulig VP Voges Proskauer reaktion Ypig Gult pigment på Trypticase Soy Agar

BILAGA 1 SE:

Lista på förkortningar som används i biokoddatabasen Förkortning Förklaring % Procent i biokoddatabasens rubrik anger sannolikhet i % 42C Tillväxt vid 42 °C AMI Amikacin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) CAR Carbenicillin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) Cat Katalas (3 % H2O2) Cet Cetrimid (Tillväxt på Pseudosel-agar) CF Tests Bekräftande tester Col Kolonifärgning (icke-diffusibelt pigment) på Trypticase sojaagar efter 2 till 3 dagars inkubering vid

optimal tillväxttemperatur DNA DNase-test (DNase-testagar) Flagella Flagellationstyp: antingen pol (polär) eller peri (peritrik) Gel Gelatinas L Profilnummer som bestämts med begränsat antal stammar McC Tillväxt på MacConkey II-agar Mot Rörlighet NO3 Nitrat-reduktion till nitrit NOV Novobiocin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) ONPG ONPG-reaktion peri Peritrik flagellation POL Polymyxin B (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) pol Polär flagellation


Förkortning Förklaring R Resistent RUr Snabb ureas (18 till 24 h inkubering) S Känslig Sali Gasutveckling från salicin serol Identifieringen skall bekräftas med serologiska tester ßhem Beta-hemolys på fårblodagar (Columbia-agar med 5 % fårblod) TCBS Tillväxt på TCBS-agar TET Tetracyklin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) TOB Tobramycin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) var Variabelt resultat (antingen + eller -, R eller S) är möjligt VP Voges-Proskauer-reaktion Ypig Gult pigment på Trypticase sojaagar

ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ 1 GR:

Λίστα συντµήσεων που χρησιµοποιούνται στη βάση δεδοµένων βιοκωδικών Σύντµηση Επεξήγηση % Το ποσοστό στην επικεφαλίδα της βάσης δεδοµένων βιοκωδικών υποδηλώνει την πιθανότητα σε %42C Ανάπτυξη στους 42 °C AMI Αµικασίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) CAR Καρβενικιλλίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) Cat Καταλάση (H2O2 3%) Cet Σετριµίδη (Ανάπτυξη πάνω σε άγαρ Pseudosel) CF Tests Εξετάσεις επιβεβαίωσης Col Χρώση αποικιών (µη διαχεόµενη χρωστική) πάνω σε άγαρ σόγιας Trypticase µετά από 2 έως

3 ηµέρες επώασης σε βέλτιστη θερµοκρασία ανάπτυξης DNA Εξέταση DNάσης (Άγαρ εξέτασης DNάσης) Flagella Τύπος διαµόρφωσης µαστιγίων: είτε pol (πολική) είτε peri (περίτριχη) Gel Ζελατινάση L Ο αριθµός προφίλ προσδιορίζεται µε περιορισµένο αριθµό στελεχών µόνον McC Ανάπτυξη σε άγαρ MacConkey II Mot Κινητικότητα NO3 Αναγωγή νιτρικών σε νιτρώδη NOV Νοβοβιοκίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) ONPG Αντίδραση ONPG peri Περίτριχη διαµόρφωση µαστιγίων POL Πολυµυξίνη Β (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) pol Πολική διαµόρφωση µαστιγίων R Ανθεκτικό RUr Ταχεία εξέταση ουρεάσης (επώαση 18 έως 24 ωρών) S Ευαίσθητο Sali Σχηµατισµός οξέος από τη σαλικίνη serol Επιβεβαίωση ταυτοποίησης µε ορολογικές εξετάσεις ßhem Β-αιµόλυση πάνω σε άγαρ µε αίµα προβάτου (Άγαρ Columbia + αίµα προβάτου 5%) TCBS Ανάπτυξη πάνω σε άγαρ TCBS TET Τετρακυκλίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) TOB Τοµπραµυκίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) var Μεταβλητό αποτέλεσµα (είτε + είτε -, R είτε S) είναι δυνατό VP Αντίδραση Voges Proskauer Ypig Κίτρινη χρωστική πάνω σε άγαρ σόγιας Trypticase


DODATEK 1: PL:

Lista skrótów stosowanych w bazie danych kodów biologicznych Skrót Wyjaśnienie % Wartość odsetkowa w nagłówku bazy danych kodów biologicznych oznacza prawdopodobieństwo

wyrażone w procentach (%). 42C Wzrost w temp. 42°C AMI Amikacyna (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) CAR Karbenicylina (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) Cat Katalaza (3% H2O2) Cet Cetrymid (wzrost na podłożu agarowym Pseudosel™) CF Tests Testy potwierdzające Col Zabarwienie kolonii (niedyfundujący barwnik) na podłożu agarowym Trypticase Soy Agar po

inkubacji przez 2–3 dni, w optymalnej temperaturze. DNA Test z dezoksyrybonukleazą (na agarze z DNazą) Flagella Rodzaj urzęsienia: biegunowe lub okołorzęsne Gel Gelatynaza L Numer profilu wyznaczono na podstawie ograniczonej liczby szczepów McC Wzrost na podłożu agarowym BD MacConkey II Agar Mot Ruchliwość NO3 Redukcja azotanów do azotynów NOV Nowobiocyna (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) ONPG Reakcja ONPG peri Urzęsienie okołorzęsne POL Polimyksyna B (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) pol Urzęsienie biegunowe R Oporne RUr Szybki test ureazowy (inkubacja 18–24 godz.) S Wrażliwe Sali Tworzenie kwasu z salicyny serol Potwierdzić identyfikację przy użyciu testów serologicznych ßhem Hemoliza beta na agarze z krwi owczej (Agar Columbia + 5% krew owcza) TCBS Wzrost na podłożu agarowym TCBS Agar TET Tetracyklina (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) TOB Tobramycyna (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) Var Możliwe różne wyniki testu (+, -, Oporne lub Wrażliwe) VP Reakcja Vogesa-Proskauera Ypig Żółte zabarwienie na podłożu agarowym Trypticase


APPENDIX 2 GB:

Recommended Procedures for Confirmatory Tests 1. Growth at 42° C (42C) Prepare a light suspension in a suitable liquid medium (e.g. Trypticase Soy Broth) with not more than 1 colony of the isolate and incubate at 42° C (preferably in a water bath) for 18 to 24 hours. Growth is indicated by an increase of turbidity of the medium. 2. Antimicrobial disc diffusion tests Conventional disc diffusion procedures and the zone size limits usually used should be applied (use Mueller Hinton II Agar plates). Consider both „intermediate“ and „susceptible“ zones as susceptible (S) for this purpose. The following discs are used:

Abbreviation Antimicrobial Disc load AMI Amicacin 30 µg CAR Carbenicillin 100 µg NOV Novobiocin 30 µg POL Polymyxin B 50 IU TET Tetracycline 30 µg TOB Tobramycin 10 µg

3. Catalase (Cat) Apply a drop of freshly prepared 3% hydrogen peroxide (H2O2) to a glass slide. With a loop, remove a colony of the isolate from a 24 to 48 h plate and mix it with the hydrogen peroxide drop. Bubble formation and foaming indicates a positive reaction. Alternatively, a drop of 3% hydrogen peroxide may be applied to the colonies grown on Trypticase Soy Agar. Do not apply the hydrogen peroxide to blood agars (false positive reaction may occur!). 4. Cetrimide (Cet) Streak the isolate on Pseudosel Agar (=Cetrimide Agar). Incubate for 18 to 24 hours at the optimal temperature of the isolate. Growth on this medium means positive. 5. Colony coloration (Col) Streak the isolate on Trypticase Soy Agar and incubate for 2 to 3 days at the optimal temperature. Inspect for colony coloration (normal, non-pigmented colonies appear white, gray, or pale yellow). Pigmented colonies appear yellow to brownish or violet, depending on the species. 6. DNase activity (DNA) Streak the isolate on DNase Test Agar. Incubate for 2 days at 36 +/- 1° C. Flood the plate with 1 N HCl and wait for about 1 min. A clear zone is produced around DNase positive colonies while a homogeneously turbid medium indicates DNase negativity. 7. Flagella stain A variety of methods is given in the literature, all of which require some experience. 8. Gelatinase (Gel) Stab-inoculate a tube with Nutrient Gelatin with a heavy inoculum and incubate at room temperature. A positive test is indicated by liquefaction of the medium at the surface within 18 to 48 hours. Negative reaction: no liquefaction. 9. Growth on MacConkey II Agar (McC) Prepare a light suspension of the isolate in saline or Trypticase Soy Broth and immediately inoculate a plate of MacConkey II Agar with a loopful of this suspension. Incubate at 36 +/- 1° C for 20 to 24 hours. If the strain shows poor growth on a blood plate incubated at 36 +/- 1° C, incubate the MacConkey II Agar plate at a lower temperature, but not longer than 48 hours. 10. Motility (Mot) Place a drop of a broth culture of the isolate which has been incubated for 6 to 8 hours at 25° C onto a slide. Place a cover slip onto the slide and observe by phase contrast microscopy (oil immersion) for motile bacteria. A regular oil immersion objective may also be used if the microscopic field can be darkened. True motility is shown by a rapid change in position of individual bacterial cells relative to other cells. 11. Nitrate reduction (NO3) Inoculate a tube of Nitrate Broth with a loopful of organisms taken from a pure culture. Incubate for 18 to 48 h at 32 to 36° C with cap slightly loosened. Evaluate the test by adding 0.5 ml of each of the two nitrate reagents to detect the formation of nitrite from nitrate (red coloration). If the reaction is negative (colorless), add some zinc dust to detect unused nitrate. If the color turns red after the addition of zinc dust, nitrate has not been used (=reaction is negative); if it remains colorless after the addition of zinc dust, nitrate has been reduced passed nitrite (=denitrification; positive).


12. ONPG The hydrolysis of ONGP (ortho-nitrophenyl-ß-D-galactoside) can be tested by means of an ONPG disc. A yellow color indicates a positive reaction. 13. Rapid urease (Rur) A strong positive urea reaction in the UREA reaction chamber of the OXI/FERM tube at 18 to 24 hours of incubation, indicated by a strong pink coloration is positive. 14. Acid formation from salicin (Sali) Certain bacteria produce acids from salicin. Use CTA Medium with Salicin for this test and follow the instructions given for this medium. 15. Serology (serol) The identification results Vibrio cholerae and Pseudomonas pseudomallei must be confirmed by serological tests. Eventually, a reference laboratory must be consulted for identification! 16. Beta hemolysis (ßhem) Streak the isolate on a sheep blood agar plate (e.g. Columbia Agar with 5% Sheep Blood). Incubate at the optimal temperature of the isolate not longer than 48 hours. Clear zones around the colonies indicate beta hemolysis. 17. Growth on TCBS Agar (TCBS) Streak the isolate on a TCBS (Thiosulfate-Citrate-Bile Salts-Sucrose Agar) plate. An incubation temperature of 30 to 36° C is optimal. TCBS Agar is a selective differential medium for Vibrio species. 18. Voges Proskauer Reaction (VP) Certain bacterial species produce acetoin (acetyl methyl carbinol) from glucose. The test can be conducted in MR-VP broth, following the instructions given for this medium.

APPENDIX 2 DE:

Empfohlene Verfahren für die Bestätigungstests 1. Wachstum bei 42° C (42C) Stellen Sie eine leichte Suspension in einem geeigneten Flüssigmedium (z.B. Trypticase Soja Bouillon) mit nicht mehr als einer Kolonie des Isolates her und bebrüten Sie die Kultur bei 42° C, vorzugsweise in einem Wasserbad, für 18-24 Stunden. Wachstum wird durch eine Zunahme der Trübung angezeigt. 2. Agardiffusionstests Die üblichen Verfahren und Hemmhofgrenzen, sollten verwendet werden (Mueller Hinton II Agarplatten). Interpretieren Sie „intermediär“ und „empfindlich“ für diesen Test als empfindlich (S). Die folgenden Testblättchen werden benötigt:

Abkürzung

Antibiotikum

Beladung des Blättchens

AMI Amicacin 30 µg CAR Carbenicillin 100 µg NOV Novobiocin 30 µg POL Polymyxin B 50 IU TET Tetracyclin 30 µg TOB Tobramycin 10 µg

3. Katalase (Cat) Geben Sie einen Tropfen frisch hergestellte 3%iger Wasserstoffperoxidlösung (H2O2) auf einen Objektträger. Nehmen Sie mit der Öse eine Kolonie des Isolates von einer 24 bis 48 h alten Kultur auf einem Agarmedium ab und vermischen Sie sie mit dem Wasserstoffperoxidtropfen. Blasenbildung oder Schäumen gibt eine positive Reaktion an. Alternativ kann das Wasserstoffperoxid direkt auf die Kolonien gegeben werden. Hierzu nur blutfreie Medien (z.B. Trypticase Soja Agar) verwenden. Bei Verwendung von Blutagar kann es zu falsch positiven Reaktionen kommen. 4. Cetrimid (Cet) Streichen Sie das Isolat auf Pseudosel Agar (=Cetrimid Agar) aus. Bei der optimalen Temperatur 16 bis 24 h lang bebrüten. Wachstum bedeutet ein positives Ergebnis. 5. Koloniefarbe (Col) Isolat auf Trypticase Soja Agar ausstreichen und 2 bis 3 Tage bei der optimalen Temperatur bebrüten. Koloniefarbe überprüfen (normale, nicht pigmentierte Kolonien sehen weiß, grau, oder blaß gelblich aus). Pigmentierte Kolonien sind gelb bis bräunlich oder violett, je nach Species.


6. DNase-Aktivität (DNA) Isolat auf DNase Test-Agar ausstreichen und 2 Tage lang bei 36 +/- 1° C bebrüten. Platte mit 1 N HCl fluten und ca. 1 min einwirken lassen. Eine klare Zone um die Kolonien herum gibt eine positive Reaktion an. Ein homogen trübes Medium ist negativ. 7. Geißelfärbung Für diesen Test gibt es verschiedene publizierte Verfahren. Alle erfordern einige Erfahrung. 8. Gelatinase (Gel) Ein Röhrchen mit Nährgelatine wird im Stich dicht beimpft und bei Raumtemperatur bebrütet. Ein positiver Test wird durch Verflüssigung des Mediums an der Oberfläche innerhalb von 18 bis 48 h angezeigt. Negative Reaktion: Keine Verflüssigung. 9. Wachstum auf MacConkey II Agar (McC) Eine leichte Suspension des Isolates in physiologischer NaCl oder Trypticase Soja- Bouillon herstellen und auf MacConkey II Agar ausstreichen. Bei 36 +/- 1° C 20 bis 24 h lang bebrüten. Wenn der Stamm bei dieser Temperatur auf Blutagar schlecht gewachsen war, die MacConkey Agarplatte bei einer niedrigeren Temperatur, aber nicht länger als 48 h lang bebrüten. 10. Beweglichkeit (Mot) Gegen Sie einen Tropfen einer Flüssigkultur, die etwa 6 bis 8 h bei 25° C bebrütet worden war auf einen Objektträger. Legen Sie ein Deckgläschen auf und mikroskopieren Sie die im Phasenkontrast mit Ölimmersion oder im Dunkelfeld mit Ölimmersion. Echte Beweglichkeit wird durch schnelle Lageveränderung einzelner Zellen zueinander angezeigt. 11. Nitratreduktion (NO3) Beimpfen Sie ein Röhrchen Nitrat-Bouillon mit einer Öse voll Material von einer Reinkultur. Inkubieren Sie 18-48 Stunden lang bei 32 bis 36° C mit leicht gelöster Röhrchenkappe. Zur Beurteilung des Tests geben Sie 0.5 ml von jedem der zwei Nitratreagenzien zu, um die Bildung von Nitrit nachzuweisen (Rotfärbung). Falls die Reaktion negativ ausfällt (farblos), geben Sie ein wenig Zinkstaub zu, um nicht verbrauchtes Nitrat nachzuweisen. Falls nun eine Rotfärbung auftritt, ist Nitrat nicht verwertet worden (=Reaktion negativ); falls es nach Zugabe von Zinkstaub farblos bleibt, so ist Nitrat über Nitrit hinaus reduziert worden. 12. ONPG Die Hydrolyse von ONPG (ortho-Nitrophenyl-ß-D-galactosid) kann mittels ONPG Testblättchen untersucht werden. Gelbe Verfärbung zeigt eine positive Reaktion an. 13. Schnelle Urease (RUr) Eine stark positive Reaktion in der HARNSTOFFkammer des Oxi/Ferm-Röhrchens nach 18 bis 24 h Bebrütung (pink) gilt als positiv. 14. Säurebildung aus Salicin (Sali) Bestimmte Bakterien bilden Säuren aus Salicin. Hierfür können das CTA-Medium mit Salicinzusatz und die für das CTA-Medium gegebenen Instruktionen verwendet werden. 15. Serologie (serol) Die Identifizierungsergebnisse Vibrio cholerae und Pseudomonas pseudomallei müssen mit serologischen Tests bestätigt werden. Eventuell muß die Identifizierung von einem Referenzlabor bestätigt werden! 16. Betahämolyse (ßhem) Isolat auf Schafblutagar (z.B. Columbia Agar mit 5% Schafblut) ausstreichen. Bei der für das Isolat optimalen Temperatur nicht länger als 48 h bebrüten. Klare Zonen um die Kolonien herum zeigen Betahämolyse an. 17. Wachstum auf TCBS-Agar (TCBS) Isolat auf TCBS Agar (Thiosulfat-Citrat-Gallensalz-Saccharose-Agar) ausstreichen. Eine Bebrütungstemperatur von 30 bis 36° C ist optimal. TCBS-Agar ist ein selektives Differenzierungsmedium für Vibrio-Arten. 18. Voges Proskauer Reaktion (VP) Bestimmte Bakterienarten bilden Acetoin (Acetylmethylcarbinol) aus Glucose. Der Test kann in MR-VP Bouillon durchgeführt werden. Es gelten die Anweisungen für dieses Medium.


ANNEXE 2 FR:

Procédures recommandées pour les tests de confirmation 1. Croissance à 42 °C (42C) Préparer une suspension peu concentrée dans un milieu liquide adéquat (p. ex. Trypticase Soy Broth) avec au maximum 1 colonie de l'isolat et incuber à 42 °C (au bain-marie de préférence) pendant 18 à 24 h. La croissance est indiquée par l'augmentation de la turbidité du milieu. 2. Tests antimicrobiens par diffusion sur disque Appliquer les méthodes classiques de diffusion sur disque et les limites de diamètre de zone généralement employées (utiliser des boîtes de Mueller Hinton II Agar). Pour les besoins de ces tests, considérer les zones « intermédiaire » et « sensible » comme toutes deux sensibles (S). Les disques suivants sont utilisés :

Abréviation Agent antimicrobien

Charge du disque

AMI Amikacine 30 µg CAR Carbénicilline 100 µg NOV Novobiocine 30 µg POL Polymyxine B 50 UI TET Tétracycline 30 µg TOB Tobramycine 10 µg

3. Catalase (Cat) Appliquer une goutte de péroxyde d'hydrogène à 3 % (H2O2) de préparation récente sur une lame en verre. A l'aide d'une anse, retirer une colonie de l'isolat d'une boîte de 24 à 48 h et la mélanger avec la goutte de peroxyde d'hydrogène. La formation de bulles et de mousse indique une réaction positive. Ou alors, une goutte de peroxyde d'hydrogène à 3 % peut être appliquée sur les colonies s'étant développées dans la Trypticase Soy Agar. Ne pas appliquer de peroxyde d'hydrogène sur des géloses au sang (risque de fausse réaction positive). 4. Cétrimide (Cet) Strier l'isolat sur Pseudosel Agar (=Cetrimide Agar). Incuber pendant 18 à 24 h à la température optimale de l'isolat. Toute croissance obtenue dans ce milieu indique une réaction positive. 5. Coloration des colonies (Col) Strier l'isolat sur Trypticase Soy Agar et incuber pendant 2 à 3 jours à température optimale. Vérifier si les colonies se colorent (les colonies normales, non pigmentées, sont blanches, grises ou jaune pâle). Selon l'espèce, les colonies pigmentées peuvent être jaunes à brunâtres ou violettes. 6. Activité désoxyribonucléase (DNA) Strier l'isolat sur DNase Test Agar. Incuber pendant 2 jours à 36 ± 1 °C. Recouvrir la boîte de 1 N HCl et attendre 1 min environ. Une zone transparente apparaît autour des colonies positives à la désoxyribonucléase. Un milieu à turbidité homogène indique un résultat négatif à la désoxyribonucléase. 7. Coloration des flagelles De nombreuses méthodes sont données dans les références bibliographiques et toutes nécessitent une certaine expérience. 8. Gelatinase (Gel) Ensemencer par piqûre un tube de gélatine nutritive avec un inoculum important et incuber à température ambiante. Un test positif est indiqué par une liquéfaction de la surface du milieu dans les 18 à 48 h. Réaction négative : aucune liquéfaction. 9. Croissance sur MacConkey II Agar (McC) Préparer une suspension peu concentrée de l'isolat dans du sérum physiologique ou du Trypticase Soy Broth et ensemencer immédiatement une boîte de MacConkey II Agar avec le contenu d'une anse de cette suspension. Incuber à 36 ± 1° C pendant 20 à 24 h. Si la souche se développe faiblement sur une boîte de sang incubée à 36 ± 1 °C, incuber la boîte de MacConkey II Agar à une température inférieure mais sans dépasser une durée de 48 h. 10. Motilité (Mot) Déposer sur une lame une goutte de culture en bouillon de l'isolat ayant incubé pendant 6 à 8 h à 25 °C. Placer une lamelle sur la lame et, à l'aide d'un microscope à contraste de phase (immersion à l'huile), rechercher les bactéries motiles. Un objectif à immersion normal peut également être utilisé si le champ microscopique peut être obscurci. La motilité véritable est indiquée par un changement rapide de la position de certaines cellules bactériennes par rapport aux autres cellules. 11. Réduction du nitrate (NO3) Ensemencer un tube de bouillon de nitrate avec le contenu d'une anse de microorganismes prélevés dans une culture pure. Incuber pendant 18 à 48 h, entre 32 et 36 °C, bouchon légèrement desserré. Evaluer le test en ajoutant 0,5 mL de chacun des deux réactifs au nitrate, afin de détecter la formation du nitrite à partir du nitrate (coloration rouge). Si la réaction est


négative (incolore), ajouter de la poudre de zinc pour détecter le nitrate non utilisé. Si la couleur passe au rouge après ajout de poudre de zinc, le nitrate n'a pas été utilisé (=réaction négative) ; s'il reste incolore après ajout de poudre de zinc, le nitrate a été réduit en nitrite (=dénitrification ; réaction positive). 12. ONPG L'hydrolyse de l'ONGP (ortho-nitrophényl-ß-D-galactoside) peut être testée à l'aide d'un disque ONPG. Une couleur jaune indique une réaction positive. 13. Uréase rapide (Rur) Une réaction fortement positive de l'urée dans la chambre réactionnelle UREA du tube OXI/FERM après 18 à 24 h d'incubation est indiquée par une forte coloration rose. 14. Formation d'acide à partir de la salicine (Sali) Certaines bactéries produisent des acides à partir de la salicine. Utiliser le CTA Medium with Salicin pour ce test, et suivre le mode d'emploi de ce milieu. 15. Sérologie (serol) Les résultats de l'identification de Vibrio cholerae et de Pseudomonas pseudomallei doivent être confirmés par des tests sérologiques. Il peut s'avérer nécessaire de consulter un laboratoire de référence pour cette identification. 16. Bêta-hémolyse (ßhem) Strier l'isolat sur une boîte de gélose au sang de mouton (p. ex. Columbia Agar with 5% Sheep Blood). Incuber à la température optimale de l'isolat pendant une durée maximale de 48 h. L'apparition de zones transparentes en périphérie des colonies révèle une bêta-hémolyse. 17. Croissance sur TCBS Agar (TCBS) Strier l'isolat sur une boîte de TCBS (Thiosulfate-Citrate-Bile Salts-Sucrose Agar). Une température d'incubation de 30 à 36 °C est optimale. La TCBS Agar est un milieu différentiel sélectif pour les Vibrio spp. 18. Réaction de Voges-Proskauer (VP) Certaines espèces bactériennes produisent de l'acétoïne (acétyl méthyl carbinol) à partir du glucose. Le test peut-être effectué dans un bouillon MR-VP, en suivant le mode d'emploi de ce milieu.

APPENDICE 2 IT:

Procedure raccomandate per i test di conferma 1. Crescita a 42 °C (42C) Preparare una sospensione leggera in un terreno liquido adatto (es., Trypticase Soy Broth) con non più di 1 colonia dell’isolato e incubare a 42 °C (preferibilmente a bagnomaria) per 18 – 24 h. La crescita è indicata da un aumento della torbidità del terreno. 2. Test antibiotici mediante disco-diffusione Osservare le procedure convenzionali di disco-diffusione e i limiti dimensionali delle zone generalmente in uso (usare piastre agar Mueller Hinton II). A questo scopo, considerare come sensibili (S) sia le zone “intermedie“ che quelle “sensibili“. Vengono utilizzati i seguenti dischi.

Abbreviazione Antibiotico Carica del disco

AMI Amicacina 30 µg CAR Carbenicillina 100 µg NOV Novobiocina 30 µg POL Polimixina B 50 UI TET Tetraciclina 30 µg TOB Tobramicina 10 µg

3. Catalasi (Cat) Applicare su un vetrino una goccia di perossido di idrogeno (H2O2) al 3% preparato di fresco. Con un’ansa, prelevare da una piastra di 24 – 48 h una colonia dell’isolato e mescolarla con la goccia di perossido di idrogeno. Lo sviluppo di bolle e schiuma indica una reazione positiva. In alternativa, è possibile applicare una goccia di perossido di idrogeno al 3% alle colonie in crescita su Trypticase Soy Agar. Non applicare il perossido di idrogeno su agar sangue (in quanto potrebbe verificarsi una reazione falsa positiva!). 4. Cetrimide (Cet) Strisciare l’isolato di agar Pseudosel (= agar cetrimide). Incubare per 18 – 24 h alla temperatura ottimale per l’isolato. La crescita su questo terreno indica una reazione positiva.


5. Colorazione delle colonie (Col) Strisciare l’isolato su Trypticase Soy Agar e incubare per 2 – 3 giorni alla temperatura ottimale. Esaminare la colorazione delle colonie (le colonie normali, non pigmentate si presentano di colore bianco, grigio o giallo chiaro. A seconda delle specie, le colonie pigmentate si presentano di colore giallo-brunastro o violetto. 6. Attività DNasi (DNA) Strisciare l’isolato su agar per test DNasi. Incubare per 2 giorni a 36 ± 1 °C. Irrorare la piastra con 1 N HCl e aspettare circa 1 min. Attorno alle colonie DNasi positive si sviluppa una zona trasparente mentre quando il terreno è uniformemente torbido significa che la reazione è DNasi negativa. 7. Colorazione di flagelli Svariati metodi sono descritti nella letteratura pertinente e tutti richiedono una certa esperienza. 8. Gelatinasi (Gel) Inoculare in profondità con un inoculo di rilevante entità una provetta di gelatina nutriente e incubare a temperatura ambiente. La liquefazione del terreno sulla superficie entro 18 – 48 h indica che il test è positivo. Reazione negativa: nessuna liquefazione. 9. Crescita su agar MacConkey II (McC) Preparare una sospensione leggera di isolato in soluzione fisiologica o in Trypticase Soy Broth e inoculare immediatamente una piastra di MacConkey II Agar con un’ansa di questa sospensione. Incubare 36 ± 1 °C per 20 – 24 h. Se il ceppo evidenzia una crescita scarsa su una piastra di sangue incubata a 36 ± 1 °C, incubare la piastra di MacConkey II Agar ad una temperatura inferiore, ma per non oltre 48 h. 10. Motilità (Mot) Dispensare su una piastra una goccia di brodocoltura dell’isolato che è stato incubato per 6 – 8 h a 25 °C. Applicare un vetrino coprioggetti sulla piastra e osservare con un microscopio a contrasto di fase (immersione in olio) alla ricerca di batteri mobili. Nei casi in cui è possibile scurire il campo microscopico, si può usare anche un regolare obiettivo ad immersione in olio. La motilità effettiva è evidenziata da un rapido cambiamento di posizione delle cellule batteriche individuali in relazione alle altre cellule. 11. Riduzione del nitrato (NO3) Inoculare una provetta di brodo di nitrato con un’ansata di microrganismi prelevati da una coltura pura. Incubare a 32 – 36 °C per 18 – 48 h, con il tappo leggermente allentato. Valutare il test aggiungendo 0,5 mL di ciascuno dei due reagenti nitrati per individuare la formazione di nitrito dal nitrato (colorazione rossa). Se la reazione è negativa (incolore), aggiungere della polvere di zinco per rilevare il nitrato non utilizzato. Se il colore vira al rosso dopo l'aggiunta di polvere di zinco, significa che il nitrato non è stato utilizzato (= la reazione è negativa); se invece il contenuto della provetta resta incolore, significa che il nitrato è stato ridotto a nitrito (=denitrificazione; reazione positiva). 12. ONPG Per testare l’idrolisi di ONGP (2-nitrofenil-beta-D-galattopiranoside) è possibile utilizzare un disco ONPG. Lo sviluppo di una colorazione gialla indica una reazione positiva. 13. Ureasi rapida (Rur) Una forte reazione positiva nella camera reattiva UREA della provetta OXI/FERM dopo 18 – 24 h di incubazione, evidenziata da una colorazione rosa intensa è indice di positività. 14. Formazione di acido da salicina (Sali) Alcuni batteri producono acidi dalla salicina Per questo test, usare CTA Medium with Salicin e seguire le istruzioni fornite per questo terreno. 15. Sierologia (serol) L’identificazione dei risultati di Vibrio cholerae e Pseudomonas pseudomallei deve essere confermata mediante test sierologici. Per l’identificazione, occorre a volte consultare un laboratorio di riferimento!. 16. Beta-emolisi (ßhem) Strisciare l’isolato su una piastra di agar sangue di montone (es., Columbia Agar with 5% Sheep Blood). Incubare alla temperatura ottimale per l’isolato, per non oltre 48 h. La comparsa di zone trasparenti attorno alle colonie è indice di beta-emolisi. 17. Crescita su agar TCBS (TCBS) Strisciare l’isolato su una piastra di TCBS (agar tiosolfato-citrato-sali biliari-saccarosio). La temperatura ottimale per l'incubazione è 30 – 36 °C. L’agar TCBS è un terreno selettivo e differenziale per Vibrio spp. 18. Reazione di Voges-Proskauer (VP) Alcune specie batteriche producono acetoina (acetilmetilcarbinolo) dal glucosio. È possibile eseguire il test in brodo MR-VP, seguendo le istruzioni fornite per questo terreno.


APENDICE 2 ES:

Procedimientos recomendados para las pruebas de confirmación

1. Crecimiento a 42 °C (42C) Preparar una suspensión diluida en un medio líquido adecuado (por ej., caldo de soja Trypticase) con no más de 1 colonia del aislado e incubar a 42 °C (preferentemente en baño María) durante 18 – 24 h. El crecimiento se indica por un incremento en la turbidez del medio.

2. Pruebas de difusión en disco antimicrobiano Se deben aplicar los procedimientos convencionales en disco y los límites de tamaño de zonas generalmente utilizados (emplear placas de agar Mueller Hinton II). Con este fin, considerar las zonas tanto "intermedias" como "sensibles" como sensibles (S). Se utilizan los siguientes discos:

Abreviatura Antimicrobiano Carga del disco AMI Amikacina 30 µg CAR Carbenicilina 100 µg NOV Novobiocina 30 µg POL Polimixina B 50 UI TET Tetraciclina 30 µg TOB Tobramicina 10 µg

3. Catalasa (Cat) Aplicar una gota de peróxido de hidrógeno (H2O2) al 3% recién preparado a un portaobjetos de vidrio. Con un asa, retirar una colonia del aislado de una placa de 24 a 48 h y mezclarla con la gota de peróxido de hidrógeno. La formación de burbujas y espuma indica una reacción positiva. Asimismo, puede aplicarse una gota de peróxido de hidrógeno al 3% a las colonias cultivadas en agar de soja Trypticase. No aplicar peróxido de hidrógeno en los agares sangre (¡pueden producirse reacciones positivas falsas!)

4. Cetrimida (Cet) Extender el aislado en agar Pseudosel (=agar Cetrimida) Incubar durante 18 – 24 h a temperatura óptima para el aislado. El crecimiento en este medio representa un resultado positivo.

5. Coloración de colonias (Col) Extender el aislado en agar de soja Trypticase e incubar durante 2 a 3 días a la temperatura óptima. Examinar si las colonias presentan coloración (colonias normales sin pigmentación aparecen de color blanco, gris o amarillo pálido). Las colonias con pigmentación aparecen de color amarillo a marrón o violeta, según la especie.

6. Actividad de DNasa (DNA) Extender el aislado en agar ensayo de DNasa. Incubar durante 2 días a 36 ± 1 °C. Inundar la placa con ácido clorhídrico 1 N (HCl) y esperar aproximadamente 1 min. Se produce una zona transparente alrededor de las colonias positivas a la DNasa, mientras que el medio con una turbidez homogénea indica resultado negativo a la DNasa.

7. Tinción flagelar Se reseñan diversos métodos en la bibliografía. Todos requieren algo de experiencia.

8. Gelatinasa (Gel) Inocular insertando un inóculo denso en un tubo con gelatina nutriente e incubar a temperatura ambiente. Una prueba positiva se indica por la licuación del medio en la superficie en un plazo de 18 a 48 h. Reacción negativa: sin licuación.

9. Crecimiento en agar MacConkey II (McC) Preparar una suspensión diluida del aislado en solución salina o agar de soja Trypticase e inocular de inmediato una placa de agar MacConkey II con un asa llena de esta suspensión. Incubar a 36 ± 1 °C durante 20 – 24 h. Si la cepa muestra crecimiento escaso en una placa de agar sangre incubada a 36 ± 1 °C, incubar la placa de agar MacConkey II a una temperatura inferior, pero no más de 48 h.

10. Movilidad (Mot) Colocar sobre un portaobjetos una gota del cultivo de caldo del aislado incubado durante 6 – 8 h a 25 °C. Colocar una cubierta sobre el portaobjetos y observar con microscopio de contraste (objetivo de inmersión en aceite) si están presentes bacterias móviles. Un objetivo de inmersión en aceite común también puede utilizarse si el campo del microscopio se oscurece. La verdadera movilidad se demuestra con un cambio rápido de posición de las células bacterianas individuales en relación con otras células.

11. Reducción de nitrato (NO3) Inocular un tubo de caldo de nitrato con un asa llena de organismos extraídos de un cultivo puro. Incubar durante 18 - 48 h a 32 – 36 °C con las tapas un poco flojas. Evaluar la prueba añadiendo 0,5 mL de cada uno de los dos reactivos de nitrato para detectar la formación de nitrito a partir de nitrato (coloración roja). Si la reacción es negativa (incolora), añadir un poco de polvo de zinc para detectar el nitrato no utilizado. Si el color se vuelve rojo después de añadir el


polvo de zinc, no se ha utilizado el nitrato (es decir, la reacción es negativa); si el medio permanece incoloro, el nitrato se ha reducido más de nitrito (es decir, denitrificación; resultado positivo).

12. ONPG La hidrólisis de ONGP (orto-nitrofenil-ß-D-galactosida) puede analizarse por medio de un disco de ONPG. Un color amarillo indica una reacción positiva.

13. Ureasa rápida (Rur) Constituye un resultado positivo una intensa reacción positiva de urea en la cámara de reacción de UREA en el tubo OXI/FERM a las 18 - 24 h de incubación, indicada por una coloración rosa intensa.

14. Formación de ácido a partir de salicina (Sali) Ciertas bacterias producen ácidos a partir de salicina. Utilizar el medio CTA con salicina para esta prueba y seguir las instrucciones suministradas para este medio.

15. Serología (serol) Los resultados de identificación de Vibrio cholerae y Pseudomonas pseudomallei deben confirmarse con pruebas serológicas. Finalmente, se debe consultar un laboratorio de referencia para terminar la identificación.

16. Beta-hemólisis (ßhem) Extender el aislado en una placa de agar sangre de carnero (por ej., agar Columbia con sangre de carnero al 5%). Incubar a la temperatura óptima del aislado no más de 48 h. Las zonas transparentes alrededor de las colonias indican beta-hemólisis.

17. Crecimiento en agar TCBS (TCBS) Extender el aislado en una placa de TCBS (agar tiosulfato-citrato-sales biliares-sacarosa). Es óptima una temperatura de incubación de 30 – 36 ºC. El agar TCBS es un medio selectivo de diferenciación para las especies de Vibrio.

18. Reacción de Voges Proskauer (VP) Determinadas especies bacterianas producen acetoína (acetil metil carbinol) a partir de glucosa. La prueba puede realizarse en caldo MR-VP, siguiendo las instrucciones suministradas para dicho medio.

ANEXO 2: PT:

Procedimentos recomendados para a realização de testes de confirmação 1. Crescimento a 42°C (42C) Preparar uma suspensão pouco concentrada num meio líquido adequado (por exemplo, caldo de soja Trypticase) com apenas 1 colónia do isolado e incubar a 42°C (de preferência em banho-maria) durante 18 a 24 h. O crescimento é indicado através de um aumento da turvação do meio. 2. Testes de difusão em discos de antimicrobianos Deverão aplicar-se os procedimentos convencionais de difusão em discos e os limites de dimensão da zona normalmente utilizados (utilizar placas de agar de Mueller Hinton II). Neste caso, considerar tanto as zonas “intermédias“ como as “sensíveis“ como sensíveis (S). São utilizados os discos seguintes:

Abreviatura Antimicrobiano Carga do disco

AMI Amicacina 30 µg CAR Carbenicilina 100 µg NOV Novobiocina 30 µg POL Polimixina B 50 UI TET Tetraciclina 30 µg TOB Tobramicina 10 µg

3. Catalase (Cat) Aplicar uma gota de peróxido de hidrogénio (H2O2) a 3% recém-preparado numa lâmina de vidro. Utilizando uma ansa, retirar uma colónia do isolado de uma placa com 24 a 48 h e misturar com a gota de peróxido de hidrogénio. A formação de bolhas e formação de espuma indicam uma reacção positiva. Em alternativa. É possível aplicar uma gota de peróxido de hidrogénio a 3% às colónias que cresceram em agar de soja Trypticase. Não aplicar o peróxido de hidrogénio em agares de sangue (poderá verificar-se uma reacção falsa positiva!). 4. Cetrimida (Cet) Espalhar o isolado em agar Pseudosel (=agar cetrimida). Incubar durante 18 a 24 h à temperatura ideal para o isolado. O crescimento neste meio significa um resultado positivo.


5. Coloração das colónias (Col) Espalhar o isolado em agar de soja Trypticase e incubar durante 2 a 3 dias à temperatura ideal. Inspeccionar a coloração das colónias (as colónias normais, não pigmentadas aparecem com uma cor branca, cinzenta ou amarela pálida). As colónias pigmentadas aparecem com uma cor amarela a acastanhada ou violeta, consoante as espécies. 6. Actividade de DNase (DNA) Espalhar o isolado em agar de teste DNase. Incubar durante 2 dias a 36 ± 1°C. Inundar a placa com 1 N HCl e aguardar cerca de 1 min. Verifica-se a produção de uma zona transparente em volta das colónias positivas para a DNase, enquanto um meio homogeneamente turvo indica uma negatividade para a DNase. 7. Coloração de flagelos Na literatura estão apresentados vários métodos, para os quais é necessária uma certa experiência. 8. Gelatinase (Gel) Inocular por perfuração um tubo com Gelatina nutriente com um inóculo carregado e incubar à temperatura ambiente. O teste positivo é indicado através da liquefacção do meio à superfície no espaço de 18 a 48 h. Reacção negativa: ausência de liquefacção. 9. Crescimento em agar MacConkey II (McC) Preparar uma suspensão pouco concentrada do isolado em solução salina ou caldo de soja Trypticase e inocular, imediatamente, uma placa de agar de MacConkey II com uma ansa cheia desta suspensão. Incubar a 36 ± 1°C durante 20 a 24 h. Se a estirpe apresentar um crescimento insuficiente numa placa de sangue incubada a 36 ± 1°C, incubar a placa de agar de MacConkey II a uma temperatura mais baixa, mas não excedendo as 48 h. 10. Motilidade (Mot) Aplicar numa lâmina uma gota de uma cultura em meio líquido do isolado que tenha sido incubada durante 6 a 8 h a 25°C. Colocar uma lamela sobre a lâmina e examinar através de microscopia com contraste de fase (imersão em óleo) para verificar se existem as bactérias móveis. Além disso, é possível utilizar uma objectiva de imersão em óleo regular caso o campo microscópico possa ser escurecido. A motilidade verdadeira é demonstrada através de uma alteração rápida na posição das células bacterianas individuais em relação às outras células. 11. Redução de nitrato (NO3) Inocular um tubo de Caldo nitrato com uma ansa cheia de organismos obtidos a partir de uma cultura pura. Incubar durante 18 a 48 h, a uma temperatura entre 32 e 36°C, com a tampa ligeiramente desapertada. Avaliar o teste, adicionando 0,5 mL de cada um dos dois reagentes de nitrato para detectar a formação de nitrito a partir do nitrato (coloração vermelha). Se a reacção for negativa (incolor), adicionar pó de zinco para detectar o nitrato não utilizado. Se a cor ficar vermelha após a adição de pó de zinco, significa que o nitrato não foi utilizado (=reacção é negativa); se permanecer incolor após a adição de pó de zinco, significa uma redução do nitrato em nitrito (=desnitrificação ; positiva). 12. ONPG A hidrólise de ONGP (orto-nitrofenil-ß-D-galactosido) pode ser analisada através de um disco ONPG. O aparecimento de uma cor amarela indica uma reacção positiva. 13. Urease rápida (Rur) Uma reacção positiva e forte da ureia na câmara de reacção UREA do OXI/FERM tube no período entre as 18 e 24 h de incubação, indicada por uma coloração cor-de-rosa escuro, é positiva. 14. Formação ácida a partir da salicina (Sali) Determinadas bactérias produzem ácidos a partir da salicina. Utilizar o meio CTA com salicina para este teste e seguir as instruções apresentadas para o meio em questão. 15. Serologia (serol) Os resultados de identificação de Vibrio cholerae e Pseudomonas pseudomallei devem ser confirmados através de testes serológicos. Eventualmente, será necessário consultar um laboratório de referência para se obter a identificação! 16. Beta-hemólise (ßhem) Espalhar o isolado numa placa de agar de sangue (por exemplo, agar Columbia com sangue de ovelha a 5%). Incubar à temperatura ideal para o isolado, não excedendo as 48 h. As zonas transparentes em volta das colónias indicam a existência de beta-hemólise. 17. Crescimento em agar TCBS (TCBS) Espalhar o isolado numa placa TCBS (tiossulfato, citrato, sais biliares e sacarose). A temperatura ideal de incubação situa-se entre os 30 e 36°C. O agar TCBS é um meio diferencial selectivo para espécies Vibrio. 18. Reacção Voges Proskauer (VP) Determinadas espécies bacterianas produzem acetoína (acetil-metil-carbinol) a partir da glucose. O teste pode ser realizado em caldo MR-VP, de acordo com as instruções apresentadas para este meio.


TILLÆG 2 DK:

Anbefalede procedurer til bekræftelsestests 1. Vækst ved 42 °C (42C) Klargør en let suspension i et egnet flydende medium (f. eks. Trypticase Soy Broth) med højst 1 koloni af isolatet, og inkubér ved 42 °C (helst i vandbad) i 18 til 24 h. Vækst er indikeret ved en stigning i mediets klarhed. 2. Antimikrobielle diffusionstests på plader Det anbefales, at der anvendes traditionelle diffusionsprocedurer med plader og zonestørrelsebegrænsninger (benyt Mueller Hinton II Agar plader). Betragt både ”intermediære“ og ”følsomme“ zoner som værende følsomme (Susceptible = S) til dette formål. Følgende plader anvendes:

Forkortelse Antimikrobiel Plademængde AMI Amicacin 30 µg CAR Carbenicillin 100 µg NOV Novobiocin 30 µg POL Polymyxin B 50 IU TET Tetracyclin 30 µg TOB Tobramycin 10 µg

3. Catalase (Cat) Påfør en dråbe frisk klargjort 3 % brintoverilte (H2O2) på et objektglas. Med en steriliseret podenål fjernes en koloni af isolatet fra en 24 til 48 h plade, og kolonien blandes med brintoveriltedråben. Dannelse af bobler og skum er tegn på en positiv reaktion. En dråbe 3 % brintoverilte kan også overføres til kolonierne, der er dyrket på Trypticase Soy Agar. Påfør ikke brintoverilte på blodagar (der kan dannes falsk positive reaktioner!) 4. Cetrimid (Cet) Udstryg isolatet på Pseudosel Agar (=Cetrimide Agar). Inkubér i 18 til 24 h ved isolatets optimale temperatur. Vækst på dette medium er ensbetydende med en positiv reaktion. 5. Kolonifarvning (Col) Udstryg isolatet på Trypticase Soy Agar, og inkubér i 2 til 3 dage ved den optimale temperatur. Se efter tegn på farvning af kolonien (normal, upigmenteret, kolonierne er hvide, grå eller bleggule). Pigmenterede kolonier ser gullige til brunlige eller violette ud, afhængigt af arten. 6. DNase activity (DNA) Udstryg isolatet på DNase Test Agar. Inkubér i 2 dage ved 36 +/- 1 °C. Overhæld pladen med 1 N HCl, og vent i ca. 1 min. Der produceres en gennemsigtig zone omkring DNase positive kolonier, mens et homogent uklart medium betyder DNase negativitet. 7. Flagella-farvning Der findes en række forskellige beskrivelser af metoder i litteraturen, som alle kræver et vist erfaringsniveau. 8. Gelatinase (Gel) Inokulér med et stikmærke et glas Nutrient Gelatin ved hjælp af et tungt inokulat, og inkubér ved stuetemperatur. En positiv test ses ved forflydning af mediet ved overfladen inden for 18 til 48 h. Negativ reaktion: ingen forflydning. 9. Vækst på MacConkey II Agar (McC) Klargør en let suspension af isolatet i saltvand eller Trypticase Soy Broth, og inokulér straks en plade MacConkey II Agar med en podenål fuld af suspensionen. Inkubér ved 36 +/- 1 °C 20 til 24 h. Hvis stammen udviser ringe vækst på en blodagarplade ved 36 +/- 1 °C, inkubéres MacConkey II Agar pladen ved en lavere temperatur, men ikke længere end 48 h. 10. Bevægelighed (Motility = Mot) Placér en dråbe bouillondyrkning af isolatet, som har været inkuberet i 6 til 8 h ved 25 °C, på et objektglas. Læg et dækglas på objektglasset, og observér det ved brug af fasekontrastmikroskopi (olieimmersion) for tegn på bevægelige bakterier. Der kan også anvendes et almindeligt olieimmersionsobjektiv, hvis det mikroskopiske felt kan gøres mørkt. Sand bevægelighed ses ved en hurtig ændring i positionen af individuelle bakterieceller i forhold til andre celler. 11. Nitratreduktion (NO3) Inokulèr et glas nitratbouillon med en podenål fuld af organismer udtaget fra en ren dyrkning. Inkubér i 18 til 48 h ved 32 til 36 °C med låget løsnet en smule. Evaluér testen ved at tilsætte 0,5 mL af hvert af de to nitratreagenser til påvisning af nitritdannelse fra nitrat (rød farvning). Hvis reaktionen er negativ (farveløs), tilsættes der zinkpulver for at påvise ubrugt nitrat. Hvis farven bliver rød efter tilsætning af zinkpulver, er nitratet ikke blevet brugt (= negativ reaktion). Hvis reaktionen forbliver farveløs efter tilsætning af zinkpulver, er nitratet blevet omdannet til nitrit (= denitrifikation, positiv).


12. ONPG Hydrolysen af ONPG (ortho-nitrofenyl-ß-D-galactosid) kan testes ved hjælp af en ONPG-plade. Gul farve betyder en positiv reaktion. 13. Rapid urease (Rur) En stærkt positiv urinstofreaktion i UREA-reaktionskammeret i OXI/FERM-glasset efter 18 til 24 h inkubation – set ved kraftig lyserød farvning - er positiv. 14. Syredannelse fra salicin (Sali) Visse bakterier danner syrer af salicin. Benyt CTA Medium with Salicin til denne test, og følg anvisningerne til dette medium. 15. Serologi (serol) Identifikationsresultaterne Vibrio cholerae og Pseudomonas pseudomallei skal bekræftes med serologiske tests. Et referencelaboratorium skal på et tidspunkt konsulteres med henblik på identifikation! 16. Betahæmolyse (ßhem) Udstryg isolatet på en plade med fåreblodagar (fx Columbia Agar with 5% Sheep Blood). Inkubér ved isolatets optimale temperatur, højst 48 h. Gennemsigtige zoner omkring kolonierne er tegn på betahæmolyse. 17. Vækst på TCBS Agar (TCBS) Udstryg isolatet på en TCBS-plade (Thiosulfate-Citrate-Bile Salts-Sucrose Agar). En inkubationstemperatur på 30 til 36 °C er optimal. TCBS Agar er et selektivt differentialt medium til Vibrio arter. 18. Voges Proskauer Reaction (VP) Visse bakteriearter danner acetoin (acetyl methyl carbinol) fra glukose. Testen kan laves med MR-VP bouillon, ifølge anvisningerne til mediet.

BILAGA 2 SE:

Rekommenderade procedurer för bekräftande tester 1. Tillväxt vid 42 °C (42C) Bered en lätt suspension av ett lämpligt flytande medium (t.ex. Trypticase sojabuljong) med inte mer än 1 koloni av isolatet och inkubera vid 42 °C (helst i vattenbad) i 18 till 24 h. Tillväxt indikeras genom en ökning av mediets grumlighet. 2. Antimikrobiella diskdiffusionstester Konventionella diskdiffusionsprocedurer och zonstorleksgränser skall vanligtvis tillämpas (använd Mueller Hinton II-agarplattor). Betrakta både ”indeterminanta” och ”känsliga” zoner som känsliga zoner (S) för detta ändamål. Följande lappar används:

Förkortning Antimikrobiell Lappens belastning

AMI Amikacin 30 µg CAR Carbenicillin 100 µg NOV Novobiocin 30 µg POL Polymyxin B 50 IU TET Tetracyklin 30 µg TOB Tobramycin 10 µg

3. Katalas (Cat) Applicera en droppe nyligen beredd 3-procentig väteperoxid (H2O2) på ett objektglas. Avlägsna en isolatkoloni från en 24- till 28-h platta med en ögla och blanda kolonin med väteperoxiddroppen. Utveckling av bubblor och skumning indikerar en positiv reaktion. Alternativt kan en droppe 3-procentig väteperoxid appliceras på kolonier som odlas på Trypticase sojaagar. Väteperoxid skall inte appliceras på blodagar (falskt positiva reaktioner kan uppstå!). 4. Cetrimid (Cet) Stryk ut isolatet på Pseudosel-agar (=Cetrimid-agar). Inkubera i 18 till 24 h vid isolatets optimala temperatur. Tillväxt på detta medium betyder ett positivt resultat. 5. Kolonifärgning (Col) Stryk ut isolatet på Trypticase sojaagar och inkubera i 2 till 3 dagar vid optimal temperatur. Inspektera med avseende på kolonins färgning (normala icke-pigmenterade kolonier är vita, grå eller ljusgula). Pigmenterade kolonier är gula till brungula eller violetta, beroende på species. 6. DNase-aktivitet (DNA) Stryk ut isolatet på DNase-testagar. Inkubera i 2 dagar vid 36 ± 1 °C. Flöda plattan med 1 N HCl och vänta i cirka 1 min. En klar zon bildas runt DNase-positiva kolonier medan ett homogent, grumligt medium indikerar ett Dnase-negativt resultat.


7. Flagella-färgning En rad olika metoder ges i litteraturen, alla dessa kräver en viss erfarenhet. 8. Gelatinas (Gel) Stickinokulera ett rör näringsgelatin med ett tungt inokulat och inkubera i rumstemperatur. En positiv test indikeras genom kondensering av mediet vid ytan inom 18 till 48 h. Negativ reaktion: ingen kondensering. 9. Tillväxt på MacConkey II-agar (McC) Bered en lätt suspension av isolatet i koksaltlösning eller Trypticase sojabuljong och inokulera genast en platta med MacConkey II-agar med en ögla av denna lösning. Inkubera vid 36 ± 1 °C i 20 till 24 h. Om stammen visar svag tillväxt på en blodplatta som inkuberats vid 36 ± 1 °C, skall MacConkey II-agarplattan inkuberas vid en lägre temperatur, men inte längre än 48 h. 10. Motilitet (Mot) Placera en droppe av isolatets buljongkultur, som har inkuberat i 6 till 8 h vid 25 °C, på ett objektglas. Placera ett täckglas på objektglaset och observera med hjälp av faskontrastmikroskopi (oljeimmersion) om motila bakterier förekommer. Ett vanligt oljeimmersionsobjektiv kan också användas om det mikroskopiska fältet kan förmörkas. Sann motilitet visas genom en snabb förändring av individuella bakteriecellers läge i förhållande till andra celler. 11. Nitratreduktion (NO3) Inokulera ett rör nitratbuljong med en ögla av organismer som tagits från en renodling. Inkubera i 18 till 48 h vid 32 till 36 °C men locket något lossat. Utvärdera testen genom att tillsätta 0,5 mL av vardera två nitratreagenser för att detektera bildandet av nitrit från nitrat (röd färgning). Om reaktionen är negativ (färglös), tillsätt lite zinkpuder för att detektera oanvänd nitrat. Om färgen blir röd efter tillsatsen av zinkpudret har nitrat inte använts (=reaktionen är negativ); om den förblir färglös efter tillsats av zinkpuder har nitrat reducerats genom bildande av nitrit (=positiv identifiering). 12. ONPG Hydrolys av ONGP (orto-nitrofenyl-ß-D-galaktosid) kan testas med hjälp av en ONPG-lapp. En gul färg indikerar en positiv reaktion. 13. Snabb ureas (Rur) En stark positiv urea-reaktion i UREA-reaktionskammaren på OXI/FERM-röret efter 18 till 24 h inkubering, som indikeras av en stark rosafärgning, är positiv. 14. Gasutveckling från salicin (Sali) Vissa bakterier producerar syror från salicin. Använd CTA-medium med salicin för denna test och följ instruktionerna som ges för detta medium. 15. Serologi (serol) Identifieringsresultaten Vibrio cholerae och Pseudomonas pseudomallei måste bekräftas med serologiska tester. Ett referenslaboratorium måste slutligen konsulteras för identifiering. 16. Beta-hemolys (ßhem) Stryk ut isolatet på en fårblodagarplatta (t.ex. Columbia-agar med 5 % fårblod). Inkubera vid isolatets optimala temperatur, men inte längre än 48 h. Klara zoner runt kolonierna indikerar betahemolys. 17. Tillväxt på TCBS-agar (TCBS) Stryk ut isolatet på en TCBS- (Thiosulfate-Citrate-Bile Salts-Sucrose Agar) platta. En inkuberingstemperatur vid 30 till 36 °C är optimal. TCBS-agar är ett selektivt differentiellt medium för Vibrio-species. 18. Voges-Proskauer-reaktion (VP): Vissa bakteriearter producerar acetoin (acetylmetylkarbinol) från glukos. Testen kan utföras i MR-VP-buljong, följ instruktionerna som ges för detta medium.


ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ 2 GR:

Συνιστώµενες διαδικασίες για εξετάσεις επιβεβαίωσης 1. Ανάπτυξη στους 42 °C (42C) Παρασκευάστε ένα αραιό εναιώρηµα σε κατάλληλο υγρό υλικό καλλιέργειας (π.χ. ζωµός σόγιας Trypticase) µε 1 αποικία το πολύ του αποµονωµένου στελέχους και επωάστε στους 42 °C (κατά προτίµηση σε υδατόλουτρο) επί 18 έως 24 ώρες. Η ανάπτυξη υποδηλώνεται µε αύξηση της θολερότητας του υλικού καλλιέργειας. 2. Εξετάσεις διάχυσης σε δίσκο µε αντιµικροβιακούς παράγοντες Πρέπει να εφαρµόζονται οι συµβατικές διαδικασίες διάχυσης σε δίσκο και τα όρια µεγέθους ζώνης που χρησιµοποιούνται συνήθως (χρησιµοποιείτε πλάκες Mueller Hinton II Agar). Θεωρήστε τόσο τις “ενδιάµεσες” όσο και τις “ευαίσθητες” ζώνες ως ευαίσθητες (S) για το σκοπό αυτό. Χρησιµοποιούνται οι ακόλουθοι δίσκοι:

Σύντµηση Αντιµικροβιακό Φορτίο δίσκουAMI Αµικασίνη 30 µg CAR Καρβενικιλλίνη 100 µg NOV Νοβοβιοκίνη 30 µg POL Πολυµυξίνη B 50 IU TET Τετρακυκλίνη 30 µg TOB Τοµπραµυκίνη 10 µg

3. Καταλάση (Cat) Εφαρµόστε µια σταγόνα πρόσφατα παρασκευασµένου υπεροξειδίου του υδρογόνου (H2O2) 3% σε µια γυάλινη αντικειµενοφόρο πλάκα. Με ένα κρίκο, αφαιρέστε µια αποικία του αποµονωµένου στελέχους από µια πλάκα 24 έως 48 ωρών και αναµείξτε τη µε τη σταγόνα υπεροξειδίου του υδρογόνου. Ο σχηµατισµός φυσαλίδων και ο αφρισµός υποδηλώνουν θετική αντίδραση. Εναλλακτικά, είναι δυνατό να εφαρµοστεί µια σταγόνα υπεροξειδίου του υδρογόνου 3% στις αποικίες που αναπτύσσονται σε άγαρ σόγιας Trypticase. Μην εφαρµόζετε το υπεροξείδιο του υδρογόνου σε αιµατούχο άγαρ (ενδέχεται να λάβει χώρα ψευδώς θετική αντίδραση!). 4. Σετριµίδη (Cet) Επιστρώστε γραµµωτά το αποµονωµένο στέλεχος πάνω σε άγαρ Pseudosel (=Άγαρ σετριµίδης). Επωάστε επί 18 έως 24 ώρες στη βέλτιστη θερµοκρασία του αποµονωµένου στελέχους. Η ανάπτυξη σε αυτό το υλικό καλλιέργειας σηµαίνει θετικό αποτέλεσµα. 5. Χρώση αποικιών (Col) Επιστρώστε γραµµωτά το αποµονωµένο στέλεχος σε άγαρ σόγιας Trypticase και επωάστε επί 2 έως 3 ηµέρες στη βέλτιστη θερµοκρασία. Επιθεωρήστε τη χρώση των αποικιών (οι φυσιολογικές, µη κεχρωσµένες αποικίες εµφανίζονται λευκές, γκρι ή αχνό κίτρινο). Οι κεχρωσµένες αποικίες εµφανίζονται κίτρινες έως καστανωπές ή ιώδεις, ανάλογα µε το είδος. 6. ∆ραστικότητα DNάσης (DNA) Επιστρώστε γραµµωτά το αποµονωµένο στέλεχος πάνω σε άγαρ εξέτασης DNάσης. Επωάστε επί 2 ηµέρες στους 36 ± 1 °C. Κατακλύστε την πλάκα µε HCl 1 N και περιµένετε επί 1 λεπτό περίπου. Γύρω από τις θετικές στην DNάση αποικίες σχηµατίζεται µια διαυγής ζώνη, ενώ ένα οµοιογενώς θολερό υλικό καλλιέργειας υποδηλώνει αρνητικότητα στην DNάση. 7. Χρώση µαστιγίων Στη βιβλιογραφία αναφέρεται µια ποικιλία µεθόδων, οι οποίες απαιτούν όλες κάποια εµπειρία. 8. Ζελατινάση (Gel) Ενοφθαλµίστε µε εµβολιασµό ένα σωληνάριο µε θρεπτική ζελατίνη µε ένα πυκνό ενοφθάλµισµα και επωάστε σε θερµοκρασία δωµατίου. Τυχόν θετική εξέταση υποδηλώνεται µε υγροποίηση του υλικού καλλιέργειας στην επιφάνεια εντός 18 έως 48 ωρών. Αρνητική αντίδραση: χωρίς υγροποίηση. 9. Ανάπτυξη σε άγαρ MacConkey II (McC) Παρασκευάστε ένα αραιό εναιώρηµα του αποµονωµένου στελέχους σε αλατούχο διάλυµα ή ζωµό σόγιας Trypticase και ενοφθαλµίστε αµέσως µια πλάκα άγαρ MacConkey II µε ένα γεµάτο κρίκο µε το εναιώρηµα αυτό. Επωάστε στους 36 ± 1 °C επί 20 έως 24 ώρες. Εάν το στέλεχος εµφανίζει ελάχιστη ανάπτυξη σε µια αιµατούχο πλάκα που επωάζεται στους 36 ± 1 °C, επωάστε την πλάκα άγαρ MacConkey II σε χαµηλότερη θερµοκρασία, αλλά όχι περισσότερο από 48 ώρες. 10. Κινητικότητα (Mot) Τοποθετήστε µια σταγόνα µιας καλλιέργειας ζωµού του αποµονωµένου στελέχους, η οποία έχει επωαστεί επί 6 έως 8 ώρες στους 25 °C πάνω σε µια αντικειµενοφόρο πλάκα. Τοποθετήστε µια καλυπτρίδα πάνω στην αντικειµενοφόρο πλάκα και παρατηρήστε µε µικροσκοπία αντίθεσης φάσης (µε ελαιοκατάδυση) για κινητά βακτηρίδια. Εάν είναι δυνατή η σκίαση του µικροσκοπικού πεδίου, µπορεί επίσης να χρησιµοποιηθεί ένας κανονικός ελαιοκαταδυτικός αντικειµενικός φακός. Αληθής κινητικότητα καθίσταται εµφανής µε την ταχεία µεταβολή της θέσης των επιµέρους βακτηριδιακών κυττάρων σε σχέση µε άλλα κύτταρα.


11. Αναγωγή νιτρικών (NO3) Ενοφθαλµίστε ένα σωληνάριο ζωµού νιτρικών µε ένα γεµάτο κρίκο µικροοργανισµών που λαµβάνονται από µια καθαρή καλλιέργεια. Επωάστε επί 18 έως 48 ώρες στους 32 έως 36 °C µε το καπάκι ελαφρώς ξεσφιγµένο. Αξιολογήστε την εξέταση µε προσθήκη 0,5 ml καθενός από τα δύο αντιδραστήρια νιτρικών για την ανίχνευση του σχηµατισµού νιτρωδών από νιτρικά (ερυθρή χρώση). Εάν η αντίδραση είναι αρνητική (απουσία χρώµατος) προσθέστε λίγη σκόνη ψευδαργύρου για την ανίχνευση τυχόν µη χρησιµοποιηµένων νιτρικών. Εάν το χρώµα γίνει ερυθρό µετά την προσθήκη σκόνης ψευδαργύρου, δεν έχουν χρησιµοποιηθεί τα νιτρικά (=η αντίδραση είναι αρνητική). Εάν το µείγµα αντιδραστηρίων παραµείνει άχρωµο µετά την προσθήκη σκόνης ψευδαργύρου, τα νιτρικά έχουν αναχθεί σε νιτρώδη (=απαζώτωση, θετική). 12. ONPG Η υδρόλυση του ONGP (ο-νιτροφαινυλ-β-D-γαλακτοζίτης) είναι δυνατό να ελεγχθεί µέσω ενός δίσκου ONPG. Η εµφάνιση κίτρινου χρώµατος υποδηλώνει θετική αντίδραση. 13. Ταχεία εξέταση ουρεάσης (Rur) Μια έντονα θετική αντίδραση ουρίας στο θάλαµο αντίδρασης UREA του σωληναρίου OXI/FERM στις 18 έως 24 ώρες επώασης, η οποία υποδηλώνεται από µια έντονη ροζ χρώση, είναι θετική. 14. Σχηµατισµός οξέος από τη σαλικίνη (Sali) Ορισµένα βακτηρίδια παράγουν οξέα από τη σαλικίνη. Για την εξέταση αυτή, χρησιµοποιείτε το υλικό καλλιέργειας CTA µε σαλικίνη και ακολουθείτε τις οδηγίες που δίνονται για αυτό το υλικό καλλιέργειας. 15. Ορολογία (serol) Τα αποτελέσµατα ταυτοποίησης του Vibrio cholerae και του Pseudomonas pseudomallei πρέπει να επιβεβαιώνονται µε ορολογικές εξετάσεις. Τελικά, για την ταυτοποίηση πρέπει να συµβουλευτείτε ένα εργαστήριο αναφοράς! 16. Β-αιµόλυση (βhem) Επιστρώστε γραµµωτά το αποµονωµένο στέλεχος πάνω σε πλάκα άγαρ µε αίµα προβάτου (π.χ. άγαρ Columbia µε αίµα προβάτου 5%). Επωάστε στη βέλτιστη θερµοκρασία του αποµονωµένου στελέχους το πολύ επί 48 ώρες. Οι διαυγείς ζώνες γύρω από τις αποικίες υποδηλώνουν β-αιµόλυση. 17. Ανάπτυξη σε άγαρ TCBS (TCBS) Επιστρώστε γραµµωτά το αποµονωµένο στέλεχος πάνω σε πλάκα TCBS (άγαρ Thiosulfate-Citrate-Bile Salts-Sucrose – Θειοθειικών/Κιτρικών/Χολικών αλάτων και Σακχαρόζης). Βέλτιστη θερµοκρασία επώασης: 30 έως 36 °C. Το άγαρ TCBS είναι ένα εκλεκτικό διαφορικό υλικό καλλιέργειας για είδη Vibrio. 18. Αντίδραση Voges Proskauer (VP) Ορισµένα είδη βακτηριδίων παράγουν ακετοΐνη (ακετυλοµεθυλοκαρβινόλη) από τη γλυκόζη. Η εξέταση είναι δυνατό να διεξαχθεί σε ζωµό MR-VP, σύµφωνα µε τις οδηγίες που δίνονται για αυτό το υλικό καλλιέργειας.

DODATEK 2: PL

Zalecane procedury testów potwierdzających 1. Wzrost w temp. 42°C (42C) Przygotować rozcieńczoną zawiesinę w odpowiednim podłożu płynnym (np. Trypticase Soy Broth) i inkubować w temperaturze 42°C przez 18–24 godz. w łaźni wodnej, o ile to możliwe. Do inkubacji należy dodać nie więcej niż jedną kolonię. Wzrost rozpoznaje się na podstawie zwiększenia zmętnienia podłoża. 2. Test wrażliwości na środki przeciwbakteryjne metodą dyfuzyjno-krążkową Należy stosować standardowe metody testów dyfuzyjno-krążkowych i przyjęte wymiary stref zahamowania wzrostu (stosować płytki z podłożem Mueller Hinton II Agar). Na potrzeby omawianego celu strefy „pośrednie” i „wrażliwe” należy traktować jako wrażliwe (S). Należy stosować następujące krążki:

Skrót Środek przeciwbakteryjny

Zawartość w krążku

AMI Amikacyna 30 µg CAR Karbenicylina 100 µg NOV Nowobiocyna 30 µg POL Polimyksyna B 50 IU TET Tetracyklina 30 µg TOB Tobramycyna 10 µg

3. Katalaza (Cat) Nanieść kroplę świeżo przygotowanego 3% roztworu nadtlenku wodoru (H2O2) na szkiełko podstawowe. Używając ezy, pobrać kolonię z izolatu hodowanego przez 24–48 godz. na płytce i zmieszać z kroplą nadtlenku wodoru. Tworzenie


pęcherzyków i spienienie oznacza dodatni wynik reakcji. Ewentualnie można również nanieść kroplę 3% roztworu nadtlenku wodoru na hodowlę kolonii na podłożu Trypticase Soy Agar. Nie stosować nadtlenku wodoru na podłożach krwistych, z uwagi na możliwość wystąpienia fałszywie dodatniego wyniku reakcji. 4. Cetrymid (Cet) Wykonać posiew izolowanej kolonii na podłożu Pseudosel Agar (=Cetrimide Agar). Inkubować przez 18–24 godz. w temperaturze optymalnej dla danego izolatu. Wzrost na tym podłożu oznacza dodatni wynik reakcji. 5. Zabarwienie kolonii (Col) Wykonać posiew izolowanej kolonii na podłożu Trypticase Soy Agar i Inkubować przez 2–3 dni w optymalnej temperaturze. Sprawdzić zabarwienie kolonii (normalne kolonie bez zawartości barwnika są białe, szare lub bladożółte). Kolonie z zawartością barwnika są żółte do brązowawych lub fioletowe, w zależności od gatunku. 6. Aktywność DNAzy (DNA) Wykonać posiew izolowanej kolonii na podłożu DNase Test Agar. Inkubować w temperaturze 36 +/- 1°C przez 2 dni. Zalać płytkę 1N roztworem HCl i odczekać ok. 1 min. Wynik dodatni polega na wytworzeniu klarownej strefy wokół kolonii zawierających DNAzę, a homogenne zmętnienie podłoża oznacza brak wytwarzania DNAzy. 7. Barwienie wici W literaturze opisano różnorakie metody; należy pamiętać, że barwienie wici wymaga odpowiedniego doświadczenia. 8. Gelatynaza (Gel) Zaszczepić przez wkłucie zagęszczone inokulum w probówce z podłożem Nutrient Gelatin i Inkubować w temperaturze pokojowej. Dodatni wynik testu polega na skropleniu powierzchni podłoża w ciągu 18–48 godzin. Ujemny wynik reakcji: brak skroplenia. 9. Wzrost na podłożu agarowym BD MacConkey II Agar (McC) Przygotować rozcieńczoną zawiesinę izolowanej hodowli w soli fizjologicznej lub podłożu Trypticase Soy Broth i natychmiast wykonać posiew przez naniesienie pełnej zawartości ezy na płytkę z podłożem MacConkey II Agar. Inkubować w temperaturze 36 +/- 1°C przez 20–24 godz. Jeżeli szczep wykazuje niewielki wzrost na płytce z podłożem krwawym podczas inkubacji na w temperaturze 36 +/- °C, należy wykonać posiew na podłożu MacConkey II Agar i inkubować w niższej temperaturze przez co najwyżej 48 godzin. 10. Test ruchliwości (Mot) Po zakończeniu inkubacji w temperaturze 25°C przez 6–8 godzin umieścić na szkiełku podstawowym kroplę bulionu z hodowlą izolowanego szczepu. Umieścić szkiełko nakrywkowe na szkiełku podstawowym i obserwować w mikroskopie fazowo-kontrastowym (z immersją) pod kątem ruchliwości bakterii. Można również stosować standardowy obiektyw immersyjny pod warunkiem stosowania obserwacji w ciemnym polu. Rzeczywistą ruchliwość rozpoznaje się na podstawie szybkiej zmiany położenia poszczególnych komórek bakteryjnych w stosunku do innych komórek. 11. Redukcja azotanów do azotynów (NO3) Wykonać w probówce posiew podłoża Nitrate Broth zawierającego pełnej zawartości ezy drobnoustrojów pobranych z hodowli. Inkubować przez 18–48 godz. w temperaturze 32–36°C z lekko uchyloną zatyczką. Ocenić wynik testu, dodając po 0,5 ml każdego z odczynników zawierających azotan – obserwować czerwone zabarwienie świadczące o powstawaniu azotynów. Jeżeli wynik reakcji jest ujemny (bezbarwny), dodać niewielką ilość pyłu cynkowego w celu detekcji niezużytego azotanu. Zmiana zabarwienia na czerwone po dodaniu pyłu cynkowego świadczy o niewykorzystaniu azotanu, co potwierdza ujemny wynik reakcji; utrzymywanie się braku zabarwienia po dodaniu pyłu cynkowego świadczy o dokonanej redukcji azotanu do azotynu (i denitryfikacji), co świadczy o dodatnim wyniku reakcji. 12. ONPG Hydrolizę ONGP (orto-nitrofenylo-ß-D-galaktozydu) można ocenić przy użyciu krążka ONPG. Żółte zabarwienie oznacza dodatni wynik reakcji. 13. Szybki test ureazowy (Rur) Silna dodatnia reakcja ureazowa w komorze reakcyjnej UREA probówki OXI/FERM po inkubacji przez 18–24 godz., na którą wskazuje intensywne różowe zabarwienie. 14. Tworzenie kwasu z salicyny (Sali) Niektóre gatunki bakterii wytwarzają kwasy z salicyny. W celu wykonania tego testu należy stosować podłoże CTA Medium with Salicin i postępować zgodnie z instrukcjami producenta. 15. Serologia (serol) Wyniki identyfikacji Vibrio cholerae i Pseudomonas pseudomallei należy potwierdzić za pomocą testów serologicznych. Ostatecznie, w celu identyfikacji należy się skontaktować z laboratorium referencyjnym! 16. Hemoliza typu beta (ßhem) Wykonać posiew izolowanej hodowli na płytce agarowej z krwią owczą (np. Agar Columbia 5% Sheep Blood). Inkubować w temperaturze optymalnej dla izolatu przez nie dłużej niż 48 godz. Przejrzyste strefy wokół kolonii oznaczają wystąpienie hemolizy beta.


17. Wzrost na podłożu agarowym TCBS Agar (TCBS) Wykonać posiew izolowanej hodowli na płytce z podłożem TCBS (Thiosulfate-Citrate-Bile Salts-Sucrose Agar). Optymalna temperatura inkubacji wynosi 30–36°C. TCBS Agar jest wybiórczym podłożem selektywnym dla gatunków z rodzaju Vibrio. 18. Reakcja Vogesa-Proskauera (VP) Pewne gatunki bakterii wytwarzają acetoinę (metanol acetylowo-metylowy) z glukozy. Test można wykonać w pożywce MR-VP na podstawie instrukcji załączonych do tego podłoża.


APPENDIX 3 GB: Availability of media and reagents needed for the performance of the confirmatory tests DE: Verfügbarkeit von Medien und Reagenzien für die Durchführung der Bestätigungstests

FR: Disponibilité des milieux et des réactifs nécessaires pour réaliser les tests de confirmation IT: Disponibilità dei terreni e reagenti necessari per l’esecuzione dei test di conferma

ES: Disponibilidad de los medios y reactivos necesarios para la realización de las pruebas de confirmación

PT: Apresentação dos meios e reagentes necessários para o desempenho de testes de confirmação DK: Tilgængelighed af nødvendige medier og reagenser til udførelse af bekræftelsestests SE: Tillgänglighet för medier och reagens som behövs för utförande av bekräftande tester

GR: ∆ιαθεσιµότητα υλικών καλλιέργειας και αντιδραστηρίων που χρειάζονται για την εκτέλεση των εξετάσεων επιβεβαίωσης

PL: Dostępność podłoży i odczynników niezbędnych do wykonania analizy wydajności testów potwierdzających

Procedure number according to APPENDIX 2

Nummer des Verfahrens laut APPENDIX 2 Numéro de procédure spécifié dans l'ANNEXE 2/ Numero della procedura come per APPENDICE 2 Número de procedimiento según el APÉNDICE 2

Número de procedimento de acordo com o ANEXO 2 Procedurenummer iflg. TILLÆG 2 Procedurnummer enligt BILAGA 2

Αριθµός διαδικασίας σύµφωνα µε το ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ 2 Numer procedury zgodnie z DODATKIEM 2

Name of Medium or Reagent Name des Mediums oder Reagenz

Nom du milieu ou du réactif Nome del terreno o del reagente

Denominación del medio o reactivo Nome do meio ou reagente

Navn på medie/reagens Namn på medium eller reagens

Όνοµα του υλικού καλλιέργειας ή του αντιδραστηρίου

Nazwa podłoża lub odczynnika

1 Trypticase Soy Broth 221092 2 Mueller Hinton II Agar 1 254032 2 AMI (AN 30) 254703 2 CAR (CB 100) 231555 2 NOV (NB 30) 230890 2 POL (PB 300) 254828 2 TET (TE 30) 231344 2 TOB (NN 10) 231569

3, 5 Trypticase Soy Agar 1 254051 4 Pseudosel Agar 1 254419 6 DNase Test Agar 1 255506 8 Nutrient Gelatin 220974 9 MacConkey II Agar 1 254025 11 Nitrate Broth 221830 11 Nitrate Reagent 1 266691 11 Nitrate Reagent 2 266681

11 Zinc Dust/ Poudre de zinc/polvere di zinco/polvo de cinc/ pó de zinco /zinkstoev/ zinkpudret/ κονιορτός ψευδαργύρου

*

12 Taxo ONPG Discs 231249 14 CTA Medium with Salicin 221641 16 Columbia Agar with 5% Sheep Blood 1 254005 17 TCBS Agar 1 254432 18 MR-VP Broth 221667 18 VP Reagent 1 266661 18 VP Reagent 2 266651

1 Ready-to-use plated media/ Fertigplatten/ Milieux en boîtes de Pétri prêts à l'emploi/ Terreni su piastra pronti per l’uso/ Medios en placa listos para usar/ Meios em placas prontos a usar/ Plademedier klar til brug/ Färdigställda odlingsplattor/ Έτοιµα για χρήση υλικά καλλιέργειας σε πλάκα/ Gotowe podłoża na płytkach hodowlanych * Available from chemical suppliers/ Disponible chez les fournisseurs de produits chimiques/ Disponibile presso i fornitori di sostanze chimiche/ Disponibles de proveedores de productos químicos/ Disponível a partir dos fornecedores químicos/ Fås fra kemikalieforhandlere/ Tillgängliga från leverantörer av kemiska produkter/ ∆ιατίθενται από προµηθευτές χηµικών προϊόντων / Dostępne w sklepach z zaopatrzeniem dla pracowni chemicznych


BD Diagnostic Systems Tullastrasse 8 – 12 D-69126 Heidelberg/Germany Phone: +49-62 21-30 50, Fax: +49-62 21-30 52 16 [email protected]

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BBL Oxi/Ferm II Tube Biocode Manual - mibius · Avant d'utiliser le BBL Oxi/Ferm Tube II System,...

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