10. Analiza struktury elektronowej czasteczekmradon/teaching/chkm/analizy.pdf · Jak dot ad...

91
10. Analiza struktury elektronowej cz asteczek Mariusz Rado´ n 2.04.2019, 9.04.2019

Transcript of 10. Analiza struktury elektronowej czasteczekmradon/teaching/chkm/analizy.pdf · Jak dot ad...

  • 10. Analiza struktury elektronowej cza֒steczek

    Mariusz Radoń

    2.04.2019, 9.04.2019

  • ◮ Jak dota֒d poznalísmy jedna֒ z metod chemii kwantowej,wkrótce poznamy też inne

    ◮ Metody te pozwalaja֒ znaleźć przybliżenie elektronowej funkcjifalowej

    Φe(1, 2, . . . ,N)

    funkcja 4N zmiennych (3N przestrzennych, N spinowych) –obiekt niezmiernie skomplikowany! trudność wyobrażenia,wizualizacji, itp.

    ◮ Potrzebujemy”narze֒dzi” do analizy i interpretacji struktury

    elektronowej:◮ Obserwable: ge֒stość elektronowa, ge֒stość spinowa, potencja l

    elektrostatyczny◮ Nie-obserwable: ladunki, populacje spinowe, rze֒dy wia֒zań

  • I. Obserwable:

    ◮ ge֒stość elektronowa

    ◮ ge֒stość spinowa

    ◮ potencja l elektrostatyczny

  • Ge֒stość elektronowa

    ρ(~r) = N∑σ1,...,σN

    ∫d3r2 . . . d

    3rN |Φe(~r1 = ~r , σ1, 2, . . . , N)|2

    ρ(~r) = 〈Φe |Nδ(~r −~r1)|Φe〉 = 〈Φe |N∑i=1

    δ(~r −~ri )|Φe〉 (1)

    ◮ Jest obserwabla֒

    ◮ Normalizacja∫

    d3r ρ(~r) = N

    ◮ Dla funkcji jednowyznacznikowej Φe = ΦSlate wzór (1)

    przyjmuje postać:

    ρ(~r) =∑i

    ni |ϕi (~r)|2 (2)

    gdzie ni liczby obsadzeń orbitali (ni = 2, 1, lub 0).

  • Kontury ge֒stości elektronowej dla cza֒steczki benzenu

    ρ(~r) = 10−4 a.u.

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Kontury ge֒stości elektronowej dla cza֒steczki benzenu

    ρ(~r) = 10−3 a.u.

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Kontury ge֒stości elektronowej dla cza֒steczki benzenu

    ρ(~r) = 10−2 a.u.

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Kontury ge֒stości elektronowej dla cza֒steczki benzenu

    ρ(~r) = 5× 10−2 a.u.

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Kontury ge֒stości elektronowej dla cza֒steczki benzenu

    ρ(~r) = 10−1 a.u.

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Kontury ge֒stości elektronowej dla cza֒steczki benzenu

    ρ(~r) = 0.3 a.u.

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Charakterystyczne punkty ge֒stości elektronowej

    ◮ Maksima ge֒stości elektronowej w pozycjach ja֒der(szpice, ∇ρ nie istnieje)

    limrA→0

    1

    ρ

    ∂ρ

    ∂rA= −2ZA,

    gdzie rA to odleg lość od ja֒dra atomowego A.

    ◮ Punkty siod lowe drugiego rze֒du, tzw. bond critical points

    ∇ρ = 0 i hesjan ( ∂2ρ

    ∂ξi∂ξj, ξ1 = x , ξ2 = y , ξ3 = z) ma 1 (+) i 2

    (-) wartości w lasne

  • Przyk lad: C2H4wykres ge֒stości elektronowej w p laszczyźnie cza֒steczki (RHF/6-31G(d), geom. eksp.)

    (Wie֒cej podobnych przyk ladów: L. Piela”Idee chemii kwantowej” str. 591–602;

    Bader at al. Rep. Progr. Phys. 1981, 44, 893.)

  • Ge֒stość różnicowaZmiana ge֒stości elektronowej w stosunku do izolowanych atomów

    ◮ Ge֒stość”promoleku ly”

    ρ0(~r) =∑A

    ρ(0)A (~r −

    ~RA) (3)

    Suma ge֒stości atomowych (uśrednionych sferycznie)wycentrowanych na ja֒drach atomowych w równowagowejgeometrii cza֒steczki

    ◮ Ge֒stość różnicowa (deformacyjna)

    ∆ρ(~r) = ρ(~r)− ρ0(~r) (4)

    Zmiana ge֒stości zwia֒zana z reorganizacja֒ chmuryelektronowej towarzysza֒ca֒ tworzeniu wia֒zania chemicznego.

  • Ge֒stość ca lkowita i różnicowa dla cza֒steczki H2

    Wykres warstwicowy ρ(~r) (a.u.)

    0.00

    0.05

    0.10

    0.15

    0.20

    0.25

    0.30

    ●●

  • Ge֒stość ca lkowita i różnicowa dla cza֒steczki H2

    Wykres warstwicowy ρ0(~r) (a.u.)

    0.00

    0.05

    0.10

    0.15

    0.20

    0.25

    0.30

    ●●

  • Ge֒stość ca lkowita i różnicowa dla cza֒steczki H2

    Wykres warstwicowy ∆ρ(~r) = ρ(~r)− ρ0(~r) (au)

    −0.06

    −0.04

    −0.02

    0.00

    0.02

    0.04

    0.06

    ●●

  • Ge֒stość ca lkowita i różnicowa dla cza֒steczki H2

    Wykres warstwicowy ∆ρ(~r) = ρ(~r)− ρ0(~r) (au)

    −0.015

    −0.010

    −0.005

    0.000

    0.005

    0.010

    0.015

    ●●

  • Ge֒stość ca lkowita i różnicowa dla cza֒steczki H2

    Poziomice funkcji ∆ρ(~r) wygenerowane w programie MOLDEN

    (z obliczeń RHF/STO-3G)

  • Ge֒stość ca lkowita i ge֒stość różnicowa dla cza֒steczki H2O

    Poziomice ρ(~r)

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Ge֒stość ca lkowita i ge֒stość różnicowa dla cza֒steczki H2O

    Poziomice ∆ρ(~r)

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Ge֒stość różnicowa dla cza֒steczki benzenu

    Poziomice funkcji ∆ρ(~r) wygenerowane w programie MOLDEN

    (z obliczeń RHF/6-31G(d))

  • Kontury ge֒stości różnicowej, C6H6

    Kontur ∆ρ = ±0.04 (a.u.)

  • Kontury ge֒stości różnicowej, C6H6

    Kontur ∆ρ = ±0.015 (a.u.)

  • Ge֒stość spinowa

    ◮ Możemy zliczyć osobno ge֒stość elektronów o danejwspó lrze֒dnej spinowej σ =↑ (α) lub ↓ (β)

    ρσ(~r) = N∑σ2,...,σN

    ∫d3r2 . . . d

    3rN |Φe(~r1 = ~r , σ1 = σ, 2, . . . , N)|2

    czyli: ρσ(~r) = 〈Φe |Nδ(~r −~r1)δσ1,σ|Φe〉 (5)

  • Ge֒stość spinowa

    ◮ Możemy zliczyć osobno ge֒stość elektronów o danejwspó lrze֒dnej spinowej σ =↑ (α) lub ↓ (β)

    ρσ(~r) = N∑σ2,...,σN

    ∫d3r2 . . . d

    3rN |Φe(~r1 = ~r , σ1 = σ, 2, . . . , N)|2

    czyli: ρσ(~r) = 〈Φe |Nδ(~r −~r1)δσ1,σ|Φe〉 (5)

    ◮ Suma tych tych ge֒stości daje ge֒stość elektronowa֒

    ρα(~r) + ρβ(~r) = ρ(~r) (6)

    natomiast ich różnica definiuje tzw. ge֒stość spinowa֒

    ρα(~r)− ρβ(~r) =: ρs(~r) (7)

  • Ge֒stość spinowa

    ◮ Możemy zliczyć osobno ge֒stość elektronów o danejwspó lrze֒dnej spinowej σ =↑ (α) lub ↓ (β)

    ρσ(~r) = N∑σ2,...,σN

    ∫d3r2 . . . d

    3rN |Φe(~r1 = ~r , σ1 = σ, 2, . . . , N)|2

    czyli: ρσ(~r) = 〈Φe |Nδ(~r −~r1)δσ1,σ|Φe〉 (5)

    ◮ Suma tych tych ge֒stości daje ge֒stość elektronowa֒

    ρα(~r) + ρβ(~r) = ρ(~r) (6)

    natomiast ich różnica definiuje tzw. ge֒stość spinowa֒

    ρα(~r)− ρβ(~r) =: ρs(~r) (7)

    ◮ Normalizacja:∫

    d3r ρs(~r) = Nα − Nβ

  • Kontur ge֒stości spinowej dla cza֒steczki C-PTI

    ρs= +0.01 auρs= ‒0.01 au

    O

    O

    N

    N

    CH3

    CH3

    CH3

    CH3

    O

    (z obliczeń UB3LYP/6-31G**)

  • Potencja l elektrostatyczny (ESP)

    U(~r) =∑A

    ZA

    |~RA −~r |−

    ∫ρ(~r ′)d3r ′

    |~r ′ −~r |(8)

    ◮ W celu wizualizacji mapujemy jego wartości na konturzege֒stości elektronowej ρ(~r) = 10−3 au; (umowna

    ”powierzchnia

    cza֒steczki”, jakościowo zbliżona do powierchni van derWaalsa).

  • Rozk lad ESP dla cza֒steczki ClCH2−CO−CH3

    +0.05

    ‒0.05

    ESP (a.u.)

    Cl

    O

    (z obliczeń RHF/def-SV(P))

  • Rozk lad ESP dla cza֒steczki C6F5I

    ESP (a.u.)

    +0.05

    ‒0.02

    F

    F

    F

    F

    F

    I

    (z obliczeń RHF/def-SV(P))

    ◮ Na atomie jodu tzw. σ-dziurajej obecność t lumaczy powstawanie tzw. wia֒zaniahalogenowego, R−X···Nu (X – halogen, Nu – nukleofil)

  • II. Analizy populacyjne i rze֒dy wia֒zań

  • Analizy populacyjne i rze֒dy wia֒zań

    ◮ cza֒steczka = uk lad z lożony z elektronów i ja֒der⇒ Φe , Ee , ρ(~r), ρs(~r), U(~r), . . .(obserwable, wielkości dobrze zdefiniowane, cze֒sto mierzalne)

  • Analizy populacyjne i rze֒dy wia֒zań

    ◮ cza֒steczka = uk lad z lożony z elektronów i ja֒der⇒ Φe , Ee , ρ(~r), ρs(~r), U(~r), . . .(obserwable, wielkości dobrze zdefiniowane, cze֒sto mierzalne)

    ◮ cza֒steczka = uk lad zbudowany z atomów po la֒czonychwia֒zaniami

  • Analizy populacyjne i rze֒dy wia֒zań

    ◮ cza֒steczka = uk lad z lożony z elektronów i ja֒der⇒ Φe , Ee , ρ(~r), ρs(~r), U(~r), . . .(obserwable, wielkości dobrze zdefiniowane, cze֒sto mierzalne)

    ◮ cza֒steczka = uk lad zbudowany z atomów po la֒czonychwia֒zaniami

    ◮ efektywne ladunki na atomach

    ◮ populacje spinowe na atomach

    ◮ rze֒dy wia֒zań

  • Analizy populacyjne: ladunki atomowe

    ◮ Dzielimy ca lkowita֒ liczbe֒ elektronów w cza֒steczce (N) naprzyczynki przypisane do poszczególnych atomów – tzw.populacje elektronowe NA

    N =atomy∑

    A

    NA

    (podzia l nie jest jednoznaczny; o różnych sposobach za chwile֒)

  • Analizy populacyjne: ladunki atomowe

    ◮ Dzielimy ca lkowita֒ liczbe֒ elektronów w cza֒steczce (N) naprzyczynki przypisane do poszczególnych atomów – tzw.populacje elektronowe NA

    N =atomy∑

    A

    NA

    (podzia l nie jest jednoznaczny; o różnych sposobach za chwile֒)

    ◮ Uwzgle֒dniaja֒c ladunki ja֒der (+ZA), możemy określićefektywne ladunki atomowe

    QA = ZA − NA

    (wielkości QA, podobnie jak NA, nie sa֒ obserwablami!)

  • Analizy populacyjne: populacje spinowe atomów

    ◮ Analogicznego podzia lu można dokonać osobno dla liczbyelektronów o spinie ↑ (Nα) oraz o spinie ↓ (Nβ)

    Nσ =atomy∑

    A

    Nσ,A, σ = α, β

    otrzymuja֒c populacje elektronów o zadanym spinie ↑ lub ↓przypisane do poszczególnych atomów (Nα,A, Nβ,A)

  • Analizy populacyjne: populacje spinowe atomów

    ◮ Analogicznego podzia lu można dokonać osobno dla liczbyelektronów o spinie ↑ (Nα) oraz o spinie ↓ (Nβ)

    Nσ =atomy∑

    A

    Nσ,A, σ = α, β

    otrzymuja֒c populacje elektronów o zadanym spinie ↑ lub ↓przypisane do poszczególnych atomów (Nα,A, Nβ,A)

    ◮ Suma tych dwóch populacji daje po prostu ca lkowita֒ populacje֒elektronowa֒ danego atomu (Nα,A + Nβ,A = NA), natomiastich różnica definiuje tzw. populacje spinowe atomów

    sA := Nα,A − Nβ,A.

  • Analizy populacyjne, c.d.

    ◮ Ca lkowite populacje elektronowe ( ladunki atomowe) wia֒ża֒ sie֒z rozk ladem ge֒stości ca lkowitej (ρ), a populacje spinowe wia֒ża֒sie֒ z rozk ladem ge֒stości spinowej (ρs). Niekiedy nazywa sie֒ jeindeksami atomowymi odpowiedniej ge֒stości (ρ lub ρs)

  • Analizy populacyjne, c.d.

    ◮ Ca lkowite populacje elektronowe ( ladunki atomowe) wia֒ża֒ sie֒z rozk ladem ge֒stości ca lkowitej (ρ), a populacje spinowe wia֒ża֒sie֒ z rozk ladem ge֒stości spinowej (ρs). Niekiedy nazywa sie֒ jeindeksami atomowymi odpowiedniej ge֒stości (ρ lub ρs)

    ◮ Oczywiste relacje

    ∑A

    QA = Q (9)

    ∑A

    sA = Nα − Nβ = 2S (10)

    (Q ladunek cza֒steczki, 2S + 1 mulitpletowość)

  • Analizy populacyjne, c.d.

    ◮ Ca lkowite populacje elektronowe ( ladunki atomowe) wia֒ża֒ sie֒z rozk ladem ge֒stości ca lkowitej (ρ), a populacje spinowe wia֒ża֒sie֒ z rozk ladem ge֒stości spinowej (ρs). Niekiedy nazywa sie֒ jeindeksami atomowymi odpowiedniej ge֒stości (ρ lub ρs)

    ◮ Oczywiste relacje

    ∑A

    QA = Q (9)

    ∑A

    sA = Nα − Nβ = 2S (10)

    (Q ladunek cza֒steczki, 2S + 1 mulitpletowość)

    ◮ Przez zawe֒żone sumowanie można określić ladunki /populacje spinowe ca lych fragmentów (np. grup funcyjnych)

  • Różne sposoby definiowania ladunków i populacjielektronowych na atomach(różne sposoby podzia lu ge֒stości elektronowej / ge֒stości spinowej mie֒dzy atomy)

    1. Podzia l w przestrzeni funkcyjnej(mie֒dzy AO przypisane do poszczególnych atomów)analiza populacyjna Mullikena, analiza populacyjna Löwdina

    2. Podzia l w przestrzeni fizycznejanaliza Hirshfelda, analiza Badera

  • Różne sposoby definiowania ladunków i populacjielektronowych na atomach(różne sposoby podzia lu ge֒stości elektronowej / ge֒stości spinowej mie֒dzy atomy)

    1. Podzia l w przestrzeni funkcyjnej(mie֒dzy AO przypisane do poszczególnych atomów)analiza populacyjna Mullikena, analiza populacyjna Löwdina

    2. Podzia l w przestrzeni fizycznejanaliza Hirshfelda, analiza Badera

    3. Ladunki wyznaczone z rozk ladu pot. elektrostatatycznegowokó l moleku ly ladunki ESP

  • Macierz ge֒stości(macierz ge֒stości jednocza֒stkowej w bazie funkcyjnej, macierz ladunków i rze֒dów wia֒zań)

    ◮ DefinicjaPPP = CCCnnnCCCT (11)

    gdzie CCC macierz LCAO, nnn diag. macierz liczb obsadzeń MO

  • Macierz ge֒stości(macierz ge֒stości jednocza֒stkowej w bazie funkcyjnej, macierz ladunków i rze֒dów wia֒zań)

    ◮ DefinicjaPPP = CCCnnnCCCT (11)

    gdzie CCC macierz LCAO, nnn diag. macierz liczb obsadzeń MO

    ◮ Dla RHF nRHF = diag(2, . . . , 2, 0, . . . , 0), czyli

    Pab = 2

    N/2∑i=1

    CaiCbi (12)

  • Macierz ge֒stości(macierz ge֒stości jednocza֒stkowej w bazie funkcyjnej, macierz ladunków i rze֒dów wia֒zań)

    ◮ DefinicjaPPP = CCCnnnCCCT (11)

    gdzie CCC macierz LCAO, nnn diag. macierz liczb obsadzeń MO

    ◮ Dla RHF nRHF = diag(2, . . . , 2, 0, . . . , 0), czyli

    Pab = 2

    N/2∑i=1

    CaiCbi (12)

    ◮ Dla UHF możemy zdefiniować osobne macierze ge֒stościw rozdzielczości spinowej:

    PPPσ = CCCσnnnσCCCσ, σ = α, β (13)

    PPP = PPPα + PPPβ (14)

    PPPs = PPPα −PPPβ (15)

    Macierz PPPs w równ. (15) to macierzy ge֒stości spinowej

  • Macierz ge֒stości a ge֒stość elektronowa

    ρ(~r) =MO∑i

    niϕ2i (~r) =

    MO∑i

    niϕi (~r)ϕi (~r)

    ϕi (~r) =AO∑a

    Caiχa(~r)

    ρ(~r) =MO∑i

    AO∑a

    AO∑b

    niCaiχa(~r)Cbiχb(~r) =AO∑a,b

    Pabχb(~r)χa(~r). (16)

    Ca lkuja֒c obustronnie po ca lej przestrzeni, otrzymujemy ważny wzór

    N =AO∑a,b

    PabSba = Tr(PPPSSS). (17)

    gdzie Sba = 〈χb|χa〉 to ca lka nak ladania AO, SSS to macierz ca leknak ladania.

  • Analiza populacyjna MullikenaRobert S. Mulliken (1896–1986)

    ◮ Podstawa֒ jest wzór (17)

    N = Tr(PPPSSS),

  • Analiza populacyjna MullikenaRobert S. Mulliken (1896–1986)

    ◮ Podstawa֒ jest wzór (17)

    N = Tr(PPPSSS),

    ◮ Wypisuja֒c jawnie sumowanie otrzymujemy

    N =∑ab

    PabSba =∑A

    ∑a∈A

    ∑b

    PabSba

  • Analiza populacyjna MullikenaRobert S. Mulliken (1896–1986)

    ◮ Podstawa֒ jest wzór (17)

    N = Tr(PPPSSS),

    ◮ Wypisuja֒c jawnie sumowanie otrzymujemy

    N =∑ab

    PabSba =∑A

    ∑a∈A

    ∑b

    PabSba

    ◮ Motywuje to naste֒puja֒ce definicje֒ populacji Mullikena

    NMullikenA =∑a∈A

    ∑b

    PabSba (18)

  • Analiza populacyjna LöwdinaPer-Olov Löwdin (1916–2000)

    ◮ Analiza Löwdina wykorzystuje możliwość przej́scia do bazyortogonalizowanych AO. Wykorzystuje sie֒ tzw. ortogonalizacje֒symetryczna֒ (Löwdina).

  • Analiza populacyjna LöwdinaPer-Olov Löwdin (1916–2000)

    ◮ Analiza Löwdina wykorzystuje możliwość przej́scia do bazyortogonalizowanych AO. Wykorzystuje sie֒ tzw. ortogonalizacje֒symetryczna֒ (Löwdina).

    ◮ W bazie ortogonalizowanych AO wzór (17)

    N =∑A

    ∑i∈A

    P̃ii

    gdzie P̃PP to macierz ge֒stości w bazie ortogonalizowanych AO(oczywíscie S̃SS = I, sta֒d P̃PPS̃SS = P̃PP).

  • Analiza populacyjna LöwdinaPer-Olov Löwdin (1916–2000)

    ◮ Analiza Löwdina wykorzystuje możliwość przej́scia do bazyortogonalizowanych AO. Wykorzystuje sie֒ tzw. ortogonalizacje֒symetryczna֒ (Löwdina).

    ◮ W bazie ortogonalizowanych AO wzór (17)

    N =∑A

    ∑i∈A

    P̃ii

    gdzie P̃PP to macierz ge֒stości w bazie ortogonalizowanych AO(oczywíscie S̃SS = I, sta֒d P̃PPS̃SS = P̃PP).

    ◮ Motywuje to naste֒puja֒ca֒ definicje֒ populacji Löwdina

    NLöwdinA =∑i∈A

    P̃ii (19)

  • Analiza topologiczna Badera

    ◮ Ja֒dra atomowe stanowia֒ atraktory (punkty przycia֒gania) dlalinii gradientu ge֒stości (dok ladniej −∇ρ).

    ◮ Przestrzeń można podzielić na baseny atrakcji poszczególnychja֒der – sa֒ to atomy Badera, atomy topologiczne, AIM (atomsin molecules)

    R.F. Bader”Theory of atoms in molecules”

    https://www.chemistry.mcmaster.ca/aim/aim_1.html

    https://www.chemistry.mcmaster.ca/aim/aim_1.html

  • Teoria AIM BaderaAtoms in Molecules

    R.F. Bader”Theory of atoms in molecules”

    https://www.chemistry.mcmaster.ca/aim/aim_1.html

    https://www.chemistry.mcmaster.ca/aim/aim_1.html

  • Atomy Hirshfelda

    ρA(~r) = wA(~r)ρ(~r) (20)

    Lokalny wk lad atomu do ge֒stości molekularnej jest z za lożeniaidentyczny jak do ge֒stości promolekularnej:

    wA(~r) =ρ(0)A (~r)

    ρ0(~r)(21)

    ρ0(~r) =∑A

    ρ(0)A (~r) (22)

    ∑A

    wA(~r) = 1 (23)

    (idea atomów –”akcjonariuszy”)

  • Ladunki ESP: wyznaczone z rozk ladu pot.elektrostatatycznego

    ◮ Molekularny potencja l elektrostatyczny

    U(~r) =∑A

    ZA

    |~RA −~r |−

    ∫ρ(~r ′)d3r ′

    |~r ′ −~r |

    ◮ Model: efektywne ladunki punktowe na atomach (w pozycjachja֒der)

    Ũ(~r) =∑A

    QA

    |~r − ~RA|

    ◮ Szukamy takich ladunków {QA}, żeby Ũ(~r) możliwie dobrzeprzybliża l prawdziwy potencja l U(~r) wokó l cza֒steczki (np.w wielu punktach na molekularnej powierzchni van derWaalsa; sa֒ różne sposoby dobierania tych punktów).

  • Uwagi dot. ladunków atomowych

    ◮ Ladunki i populacje spinowe na ogó l u lamkowe.W szczególności ladunki otrzymywane z analiz populacyjnychi ladunki ESP nie sa֒ równe ladunkom formalnym, jakiezaznaczamy na wzorach

    ◮ Różne definicje daja֒ zwykle jakościowo podobneprzewidywania, co do rozk ladu ladunku/spinu w cza֒steczce,ale ilościowo moga֒ sie֒ różnić. Ladunki/populacje spinowe niesa֒ obserwablami, nie moga֒ być jednoznacznie zdefiniowaneani zmierzone.

    ◮ Ladunki otrzymywane z analiz populacyjnych Mullikenai Löwdina sa֒ silnie zależne od użytej bazy funkcyjnej!(populacje spinowe też, ale zwykle w mniejszym stopniu).

  • Ladunki atomowe dla cza֒steczki HCOOH

    Obliczenia RHF/6-31G** (w próżni)podane ladunki wg definicji: Mullikena / Löwdina / ESP

  • Populacje spinowe dla cza֒steczki C-PTI

    0.279

    0.425

    0.258

    ‒0.121

    kontur gęstości spinowej

    pozostałe atomy (suma): 0.159

    Populacje spinowe Mullikena (UB3LYP/6-31G**)

  • III. Rze֒dy wia֒zań

  • Rze֒dy wia֒zań

    ◮ Nawia֒zuja֒ do tradycyjnych poje֒ć używanych w chemii,pozwalaja֒ ocenić moc oddzia lywań mie֒dzy parami atomów.

    ◮ Niestety, rze֒dy wia֒zań jeszcze trudniej zdefiniować niż ladunki.Trudność po la֒czenia klasycznej definicji (wia֒ża֒ce paryelektronowe) z natura֒ mechaniki kwantowej. Oczywistejedynie dla cza֒steczek dwuatomowych: B = (nb − na)/2

    ◮ Kilka podej́sć:◮ Rze֒dy wia֒zań Mayera (troche֒ analogiczne podjeście, jak

    w przypadku analizy populacyjnej Mullikena/Löwdina)◮ Rze֒dy wia֒zań Nalewajskiego-Mrozka (podej́scie różnicowe;

    promoleku la, przep lywy ge֒stości elektronowej); analiza NOCV(natural orbital for chemical valence)

    ◮ Przej́scie do orbitali zlokalizowanych; analiza NBO (naturalbonding orbitals)

  • A może rze֒dy wia֒zań wcale nie sa֒ potrzebne?

    H

    H

    H

    H

    H

    H

    1.323

    1.4681.323

    Długości wiązań C-C (Å):1,3-butadien

    ◮ Wyraźna korelacja rze֒du wia֒zań z jego d lugościa֒(obserwabla!) dla wia֒zań mie֒dzy atomami tego samego typu

  • Rze֒dy wia֒zań Mayera

    BMayerAB = 2∑a∈A

    ∑b∈B

    [(PPPαSSS)ab(PPPαSSS)ba + (PPPβSSS)ab(PPPβSSS)ba] (24)

    gdzie PPPσ (σ = α, β) to macierz ge֒stości w rozdzielczości spinowej.

  • Rze֒dy wia֒zań Mayera dla wybranych we֒glowodorów

    CH3H3C

    d(C1C2) = 1.527 ÅB

    Mayer(C1C2) = 0.962

    H

    HH

    H

    d(C1C2) = 1.317 ÅB

    Mayer(C1C2) = 1.983

    1

    2 3

    4

    d(C1C2) = 1.386 Å = d(C2C3) B

    Mayer(C1C2) = 1.454 =BMayer(C2C3)

    BMayer(C1C3) = ‒0.009B

    Mayer(C1C4) = 0.094

    d(C2C3) = 1.468 ÅB

    Mayer(C2C3) = 1.070

    d(C1C2) = 1.323 ÅBMayer(C1C2) = 1.903

    H

    H

    H

    H

    H

    H

    12

    3

    (wyniki obliczeń RHF/6-31G*)

  • Struktury rezonansowe (na przyk ladzie benzenu)

    ◮ Rezonans (mezomeria)◮ strza lka (dwustronna) nie oznacza reakcji◮ obie struktury mezomeryczne nie oznaczaja֒ realnych cza֒steczek

    ◮ Nie można przedstawić struktury benzenu jedna֒ struktura֒Lewisa (jednym wzorem strukturalnym): wia֒zania C−C wbenzenie nie sa֒ ani pojedyncze, ani podwójne

    ◮ 3 wia֒zania π sa֒ zdelokalizowane na uk lad 6 atomów we֒gla;zatem rza֒d wia֒zania π mie֒dzy każda֒ para֒ sa֒siednich atomówto średnio 0.5; razem z wia֒zaniem σ daje to sumaryczny rza֒dwia֒zania 1.5 (podobny wynik z rze֒dów wia֒zań Mayera).

  • Orbitale molekularne (typu π) dla etylenuZlokalizowane wia֒zanie typu π

    φ8

    φ9

    ε

    (HOMO)

    (LUMO)

    wiążący

    antywiążący

  • Orbitale molekularne (typu π) dla benzenuZdelokalizowane wia֒zanie typu π

    φ17

    φ20 φ21

    φ23φ22

    φ30

    ε

    (HOMO)

    (LUMO)

  • Jakościowy schemat MO typu π dla benzenu

    (źród lo: J. McMurry,”Chemia organiczna”, PWN, tom I)

  • ◮ Dla benzenu obie struktury rezonansowe sa֒ równoważnei maja֒

    ”jednakowe udzia ly” w prawdziwej strukturze

    elektronowej

    ◮ Nie zawsze tak be֒dzie.Przyk lad – struktury rezonansowe dla aniliny:

    NH2 NH2 NH2 NH2NH

    2

  • Stabilizacja rezonansowa rodnikówGrupa uwalniaja֒ca elektrony

    H

    H3C NH2

    C

    H

    H3C NH2

    C

    grupa uwalniająca elektrony

    centrum

    rodnikowe

    q = 0

    S = 1/2

  • Stabilizacja rezonansowa rodnikówGrupa uwalniaja֒ca elektrony

    H

    H3C NH2

    C

    H

    H3C NH2

    C

    grupa uwalniająca elektrony

    centrum

    rodnikowe

    q = 0

    S = 1/2

    Populacje spinowe Mullikena

    Crad 0.86N 0.15

  • Stabilizacja rezonansowa rodnikówGrupa wycia֒gaja֒ca elektrony

    O

    H3CCH3

    H

    C

    C

    O

    H3CCH3

    H

    C

    C

    grupa wyciągająca elektrony

    centrum

    rodnikoweq = 0

    S = 1/2

  • Stabilizacja rezonansowa rodnikówGrupa wycia֒gaja֒ca elektrony

    O

    H3CCH3

    H

    C

    C

    O

    H3CCH3

    H

    C

    C

    grupa wyciągająca elektrony

    centrum

    rodnikoweq = 0

    S = 1/2

    Populacje spinowe Mullikena

    Crad 0.84Ccarbonyl −0.11O 0.30

    D lugości wia֒zań (Å)

    H3C–Crad 1.49Crad–Ccarbonyl 1.44

  • IV. Orbitale zlokalizowane, naturalne i spinowe

  • Orbitale kanoniczne i swoboda wyboru orbitali

    ◮ Wyznacznik Slatera jest niezmienniczy wzgle֒dem dowolnejunitarnej transformacji orbitali zaje֒tych

    ϕ̃i (~r) =zaj.∑j

    Ujiϕj(~r) (25)

    ◮ Standardowe orbitale uzyskiwane z obliczeń metoda֒ HF toorbitale kanoniczne – funkcje w lasne F̂

    F̂ϕi = εiϕi

    Maja֒ określone energie orbitalne, maja֒ symetrie֒odpowiadaja֒ca֒ symetrii cza֒steczki (tworza֒ bazy reprezentacjinieprzywiedlnych grupy punktowej), sa֒ na ogó lzdelokalizowane

    ◮ Do celów interpretacyjnych użyteczne moga֒ być inne(równoważne) zestawy orbitali otrzymane wg transformacji(25), np. orbitale zlokalizowane wg różnych kryteriów

  • Orbitale zlokalizowane

    Różne kryteria lokalizacji (przyk ladowe):

    ◮ Kryterium Boysa – minimalizacja średniej odleg lości mie֒dzydwoma elektronami na orbitalu

    ∑i

    〈ϕ̃i ϕ̃i |(~r1 −~r2)2|ϕ̃i ϕ̃i 〉 = min

    ◮ Kryterium Edmistona-Ruedenberga – maksymalizacjaodpychania mie֒dzy dwoma elektronami na danym orbitalu

    ∑i

    〈ϕ̃i ϕ̃i |1

    |~r1 −~r2||ϕ̃i ϕ̃i 〉 = max

    ◮ Kryterium Pipka–Mezeya – maksymalizacja sumy kwadratów

    ” ladunków” wynikaja֒cych z przetransformowanych orbitali

    ∑A

    P̃2A = max

  • Orbitale kanoniczne dla cza֒steczki CH4

    ε(au)

    ‒11.2

    ‒0.94

    ‒0.55

    +0.19LUMO

    1a (φ1)

    1t2 (φ3, φ4, φ5)

    2a (φ2)

  • Orbitale zlokalizowane dla cza֒steczki CH4

    1sC

    t1 t2 t3 t4

  • Orbitale naturalne i naturalne orbitale spinowe

    ◮ Orbitale naturalne {ηi} to orbitale, których wspó lczynnikiLCAO sa֒ wektorami w lasnymi macierzy ge֒stości PPP; wartościw lasne ni nazwe֒ liczb obsadzeń (moga֒ być u lamkowe)

  • Orbitale naturalne i naturalne orbitale spinowe

    ◮ Orbitale naturalne {ηi} to orbitale, których wspó lczynnikiLCAO sa֒ wektorami w lasnymi macierzy ge֒stości PPP; wartościw lasne ni nazwe֒ liczb obsadzeń (moga֒ być u lamkowe)

    ◮ Naturalne orbitale spinowe {ξi} to orbitale, którychwspó lczynniki LCAO sa֒ wektorami w lasnymi macierzy ge֒stościspinowej PPPs ; wartości w lasne si maja֒ interpretacje efektywnych(na ogo l u lamkowych) liczb niesparowanych elektronów

  • Orbitale naturalne i naturalne orbitale spinowe

    ◮ Orbitale naturalne {ηi} to orbitale, których wspó lczynnikiLCAO sa֒ wektorami w lasnymi macierzy ge֒stości PPP; wartościw lasne ni nazwe֒ liczb obsadzeń (moga֒ być u lamkowe)

    ◮ Naturalne orbitale spinowe {ξi} to orbitale, którychwspó lczynniki LCAO sa֒ wektorami w lasnymi macierzy ge֒stościspinowej PPPs ; wartości w lasne si maja֒ interpretacje efektywnych(na ogo l u lamkowych) liczb niesparowanych elektronów

    ◮ Pozwalaja֒ zapisać w prosty sposób ge֒stość / ge֒stość spinowa֒:

    ρ(~r) =∑i

    ni |ηi (~r)|2 (26)

    ρs(~r) =∑i

    si |ξi (~r)|2 (27)

  • Orbitale naturalne i naturalne orbitale spinowe

    ◮ Orbitale naturalne {ηi} to orbitale, których wspó lczynnikiLCAO sa֒ wektorami w lasnymi macierzy ge֒stości PPP; wartościw lasne ni nazwe֒ liczb obsadzeń (moga֒ być u lamkowe)

    ◮ Naturalne orbitale spinowe {ξi} to orbitale, którychwspó lczynniki LCAO sa֒ wektorami w lasnymi macierzy ge֒stościspinowej PPPs ; wartości w lasne si maja֒ interpretacje efektywnych(na ogo l u lamkowych) liczb niesparowanych elektronów

    ◮ Pozwalaja֒ zapisać w prosty sposób ge֒stość / ge֒stość spinowa֒:

    ρ(~r) =∑i

    ni |ηi (~r)|2 (26)

    ρs(~r) =∑i

    si |ξi (~r)|2 (27)

    ◮ Dla funkcji UHF orbitale naturalne i naturalne spinowe nie sa֒funkcjami w lasnymi operatora Focka, czyli nie maja֒określonych energii orbitalnych!

  • Do czego przydaja֒ sie֒ orbitale spinowe?U latwiaja֒ interpretacje֒ ge֒stości spinowej!

    ρs(~r) ≈ |ϕSOMO(~r)|2

    Wyidealizowany obraz

    SOMO

    α MOs β MOs

  • Rzeczywistość jest bardziej skomplikowana. . . (dla C-PTI):

    70α MOs β MOs

    69

    68

    67

    66

    65

    64

    70

    69

    68

    67

    66

    65

    6464

    65 65

    64

    666667

    68

    69

    70

    67

    68

    69

    70

  • kontur orbitalu SOMO, ϕSOMO = ϕα66

    ge֒stość spinowa, ρs(~r ) ≈ |ϕSOMO(~r)|2

    ρs= +0.01 auρs= ‒0.01 au

    O

    O

    N

    N

    CH3

    CH3

    CH3

    CH3

    O

  • Naturalne orbitale spinowe dla C-PTI(o wartościach w lasnych |si | > 0.1)

    ξ1, s1=1(SOMO)

    ξ2, s2 = +0.11 ξ3, s3= ‒0.11

    Gęstość spinowa

    ρs(~r ) =∑i

    si |ξ(~r )|2 ≈ |ξ1(~r )|

    2 (28)

  • Przyk lad: struktura elektronowa Cpd I cytochromu P450

    π∗x π∗

    y a2u

    S = 3/2, 4A2u ↑ ↑ ↑S = 1/2 2A2u ↑ ↑ ↓

  • Przyk lad: struktura elektronowa Cpd I cytochromu P450

    π∗x π∗

    y a2u

    S = 3/2, 4A2u ↑ ↑ ↑S = 1/2 2A2u ↑ ↑ ↓

  • P450 Cpd I: Ge֒stości spinowe, populacje spinowe

    FeO: 2.03S: 0.46Por: 0.51

    FeO: 2.08S: -0.51Por: -0.58

  • P450 Cpd I: Naturalne orbitale spinoweDla stanu 2A2u modelowanego funkcja֒ typu UHF

    〈~̂S2〉 ≈ 1.8 6= 0.75 = S(S + 1) dla S = 1/2

    Wyznacznik |+π∗x

    +π∗y−

    a2u | nie jest czystym dubletem (S = 1/2),ale jest kombinacja֒ liniowa֒ dubletu i kwartetu (S = 3/2).

    ObserwableGestosc elektronowaGestosc spinowaMolekularny potencjał elektrostatyczny

    Analizy populacyjneWstepAnalizy populacyjne Mullikena i LöwdinaAnalizy Badera i HirshfeldaŁadunki ESPUwagi i przykłady

    Rzedy wiazanOrbitale zlokalizowane, naturalne i spinowe